1.接受“武士道”熏陶
山本五十六戎装像山本五十六原姓高野，1884年4月4日生于新渴县长冈市古志郡竹泽村一个破落的士族家庭。父亲高野贞吉在戊辰战争时曾任洋枪队小队长，战争结束后，回到故乡长冈，在柏奇县政府工作，后转任古志郡一个小学校长。
高野贞吉是由长谷家族入赘高野家的，最初与高野家的大女儿成婚，生下让、登、丈三、留吉4个儿子。其妻病死后，又与妻妹峰子成亲，生下嘉寿、季八和五十六。五十六是他的第六个儿子，是年高野贞吉56岁，故取名高野五十六。
高野五十六从小就受到军国主义和武士道精神的熏陶。他的父母经常给他讲述祖父高野贞通和养祖父山本带刀的故事。明治维新时期，一些不甘心失败的封建势力在幕府的号召下，发起戊辰战争，企图推翻明治新政府。长冈藩与幕府关系密切，动员了所有的武士参加“奥羽越列藩同盟”，以武力对抗新政府。高野五十六的祖父和养祖父都参加了战争。在两个多月的战斗中，长冈数百名武士奋力拼杀，经因众寡悬殊，最后战败。高野五十六的祖父当时上已77岁高龄，在长冈城陷落时，坚持与夫人留下守城，用6支祖传的火枪毙敌数十人后阵亡。高野五十六的养祖父山本带刀在战斗最激烈的时候接替了身受重伤的河井继之助的总指挥职务，指挥队伍顽强抵抗。战败后，山本带刀被官军所俘，不降被杀，年仅24岁。祖辈忠勇刚烈、战死疆场的武士道精神，在山本幼小的心灵中打下了深深的烙印。
少年时代的高野五十六家境贫寒。戊辰战争结束后，明治政府颁布了一系列法令，废除了武士阶层的封建特权和食禄制度。武士们过去不从事生产劳动，缺乏基本的生活技能，大多数武士生活水平急剧下降，家境贫寒。
高野家在明治维新前俸禄是120石，在长冈镇算得上中上家庭。戊辰战争中，高野家2死3伤，财产付之一炬，家境一下子败落了。战争结束后，仅仅依靠政府发放的金禄公债勉强度日。然而祸不单行，高野五十六的大哥高野让主持的农场在一场火灾中化为灰烬，让只得用全部家产赔偿，其女高野京子被迫放弃学业，到东京帝国大学医院当了一名护士。生活在这样一个破败的士族家庭中，高野五十六从幼年就开始参加一些力所能及的劳动，如照看菜园、打扫庭院，和大人一起捕鱼。艰苦的生活磨炼了高野五十六的意志，造成了他沉默寡言的性格。
1890年3月，高野五十六进入阪上小学，开始了学校生活。他聪明，勤奋，好学，学习成绩一直很好，每年都能得到学校的奖励。小学毕业那年，得到学校的优等奖，以及教育奖励会樱花银质奖牌一枚。
1896年4月，高野五十六升入长冈中学。这是一个有着特殊背景的学校，学校的老师大部分是旧长冈藩的武士，学生则是士族子弟。当时，无论是学校老师还是社会上的武士都认为，要改变长冈的地位，最有效的手段就是用他们的武士精神培养优秀人才。1875年成立的长冈社，就是一个武士发起以育英为目的的团体，专门资助那些家境贫困但品学兼优的有用人才。
高野五十六的情况十分符合长冈社的标准，因而得到了长冈社的资助，每月1日元。资助的数额虽小，但高野五十六觉得受到了莫大的精神鼓励，他几乎放弃一切娱乐，努力学习。在上中学的几年中，大部分教科书都是自己抄写的，5年的时间，他只穿了一套校服，回到家马上脱下，换上母亲做的土布衣服。他寡言少语、朴素实干，有一种超乎常人的不达目的誓不罢休的顽强品格，同时，又待人真诚，乐于助人，同情敏感，被称为“长冈武士的榜样”。进入长冈中学后，高野五十六受到更加浓烈的武士道精神教育，开始更多地关心外界事物，爱好也更加广泛。还经常利用学校的单杠、木马等体操用具进行体育锻炼。有人说他是7岁的秀才，到了15岁就成了蠢才，但他从不为自己辩解。沉默而显得有些木讷的五十六，在军国主义思想的熏陶下，已经暗中选择了自己的目标，即当一名拓展日本帝国疆土的海军军官。
1901年，高野五十六中学毕业。据其老师后来所说，个子矮小瘦削、寡言少语、“老实朴素的高野五十六，其最后成绩在全班40名学生中，名列第五，其中品行课得96分，为全班最高成绩。”可见他这个时期受军国主义思想毒害已达到何种程度。
接下来高野五十六就要为自己报考海军学校作出努力了。为了能够考上海军学校，实现自己的愿望，高野五十六专门跑到他姐姐家里躲在一间小屋里复习。五十六的姐姐嘉寿子嫁给了旧长冈藩的藩士、学校教员高桥牛三郎。五十六只有这一个姐姐，比他大18岁。高野很小的时候，就非常讨姐姐的喜欢，嘉寿子自出嫁后一直没有生孩子，因而对五十六更是爱护备至。在听说他要来她家准备考试后，非常支持他的选择，并迅速清扫了1个多年不用的房间供他使用。经过几个月的准备，7月9日，五十六顺利通过考试。在得到录取通知以后，高野五十六异常高兴。当有人问他为什么去当兵时，他决然回答说：“武士家的孩子成为武士岂不是理所应当。”
1901年11月，高野五十六来到了他久已向往的江田岛海军学校。江田岛位于濑户内海的南端，东与日本著名的军港吴军港隔海相望，在行政上属广岛县管辖，距神户大约有150海里。
日本海军兵学校是日本军国主义培养海军军官的摇篮，创立于明治初年。明治维新后不久成立的明治政府，在西方列强日益渗透的压力之下，为维持民族独立提出了“富国强兵”的口号，并以此为国策，首先进行了全面的兵制改革。1868年1月，建立海陆军务科，负责建军和国防事务。2月，改海陆军务科为军防事务局。在这一过程中，明治政府认识到，作为岛国的日本，海军的有无和强弱对其生存和发展有着无比重要的意义，而兴建海军的当务之急，是开设军校培养军官，因此下令军务官筹办海军学校。1869年9月，兵部省为培养日本海军军官，在东京筑地旧广岛藩邸创建了海军操练所，作为统一的海军教育机构，并令鹿儿岛、山口、佐贺等16藩派出18到22岁的青年前来学习。1870年二月，海军操练所改称海军兵学寮。此即海军兵学校的前身。在海军兵学校组建初期，由于日本在军制上是陆军取法国式，海军取英国式，因此从英国招聘了许多有经验的海军教官，依靠他们使其海军教育走上了正规。1876年海军兵学寮正式改称海军兵学校。
日本在建立近代军队和军事教育体系的过程中，继承了封建武士道的精神传统，向军队灌输绝对尊崇天皇的思想。1878年，先由陆军中将兼陆军部长山县有朋发布《军人训诫》，把效忠天皇作为军人的天职，竭力向士兵灌输“忠义”、“勇敢”、“服从”的武士道精神。1882年，又以天皇的名义进一步发布《军人敕谕》，明确规定军人应尽忠节、正礼仪、尚武勇、重信义和崇俭朴，必须“忠君爱国”，把天皇作为“神”来崇拜。
所谓“武士道”，本是封建武士的道德规范，忠君爱国是其根本，它强调杀伐为荣，宣扬自我牺牲精神，甘为主子卖命。武士为了殉主之死，或者为了挽回因打败仗而招致的耻辱，必须勇于剖腹自杀，以表示对其主子的绝对忠诚。至近代，日本统治集团接过这一精神传统，并百般加以美化，冒充日本民族的固有精神，强加给广大士兵和人民，致使军国主义武士道精神的反动性和野蛮性愈益突出，达到了无以复加的地步。
在日本海军兵学校，武士道精神得到彻底贯彻，被称为“江田岛精神”。每到重大节日，学校都要组织学生举行升军旗仪式。向天皇的照片行叩拜之礼，每个星期都要朗读、背诵一遍天皇的《军人敕谕》；为了磨练学生“意志”和适应任何环境的能力，除了正常的军事课程之外，学校经常举行残酷的训练，各种剑术、柔道、相扑更是不可或缺。学校的目的是把学生培养成为天皇拿枪的奴隶。
一名英国人在谈到他对日本海军兵学校的印象时写道：“在日本的青年中选择那些出类拔萃者，在这里接受世界上严酷无比的艰苦训练，他们的身心在经过只有十分顽强的人才能经受住的锻炼后，被培养成具备古代武士道德的现代海军军官。因此，从海军兵学校毕业的年轻人，既有一副能经受一切艰难困苦的身体，也有一种不屈不挠的精神。为了天皇和祖国，他们可以不惜一死。”至日俄战争时，为消灭旅顺的俄国军舰，因沉船堵口而身死被奉为“军神”的广濑武夫，正是这种野蛮的武士道精神培育出来的军国主义怪物。
高野五十六所向往的海军兵学校正是这样一所训练战争贩子的学校。他入校的成绩，在同年入校的300多名新生中名列第二。据其档案记载，各科成绩分别为：代数79分，几何97分，算术100分，三角95分，汉语70分，作文90分，英译日78分，日译英71分，语法62分，总计749分。
五十六在海军兵学校学习的3年，正是日俄矛盾日益尖锐激化的时期。1900年俄国借出兵镇压中国义和团运动之机，占领了中国东北全境，其中包括几年前日本被迫退出的辽东半岛。这自然不能为日本所容忍。日本全国上下一致要求驱逐沙俄，单独霸占中国东北，于是日本政府马上开始了对俄作战准备，日俄之战已势不可免。
笼罩在日本国土上的日俄战争风云，激励着年轻的高野五十六发奋用功。在五十六同年级学生中，可谓“人才济济”，后来就有4人升任大将（包括五十六）、3人升任中将。就在这样一个群体中，五十六仍以其刻苦、严肃获得了声誉，被人称为“顽强的五十六”。至三年级时，他是第9分队的队长，在学校进行的黄海海战和攻占旅顺的各次模拟训练中，均获得优异成绩。在社交方面，由于五十六寡言少语、同情敏感，拥有长冈武士朴素、实干的精神，乐于助人、待人诚恳，被称为“长冈武士的榜样”。在海军兵学校他与堀悌吉（后来早于五十六升任中将）结成了莫逆之交，这对其后来的发展也有较大的影响。
在海军兵学校的3年，军国主义武士道的江田岛精神在高野五十六身上打上了深深的烙印。
贫穷的学生生活和特殊的家庭背景造就了山本五十六特殊的性格，盲目的忠君思想和武士道精神造成了他人生的悲剧。
2.改姓山本
1904年，21岁的高野五十六从海军学校毕业。以少尉候补生的身份，到战舰“日进”号上任职，随即参加了日俄战争。日俄战争结束后，高野五十六在海军中的职位不断上升。1907年任中尉，1909年任大尉，成为训练舰队宗谷分队的指导官，对实习的少尉候补生进行指导。1910年12月1日，高野五十六被海军大学录为将校科乙种学生，学习舰炮、水雷和航海。1914年再次被海军大学录为将校科甲种学生。1915年，被授于四等瑞宝勋章，升任海军少佐。经过战争洗礼和高等教育的高野五十六，已经在各个方面渐趋成熟。他依旧沉默寡言，不露声色，但对任何重大问题都能做到反复琢磨、深思熟虑、独立思考，一旦作出决定，即果敢行动，给周围的人留下极其深刻的印象。这一时期，高野五十六生活中发生两件较为重要的事。一是改姓山本，一是与三桥礼子成亲。
高野五十六的故乡长冈是一个武士道精神盛行的地方，有着悠久的封建历史和浓厚的封建思想残余。戊辰战争以后，长冈在国家中的地位一落千丈，常成为人们的话柄。长冈武士为此感到耻辱，他们时刻准备重整旗鼓，再振长冈。武士们认为，要为长冈振名声，最好的办法就是培养出身名门世家的大人物。于是，长冈人一致把目光对准了崭露头角的高野五十六。由于五十六门户一般，不能从声望上代表长冈，而长冈最有名的望族山本家又在戊辰战争之后后继无人，一些人便开始策划高野的改姓活动。以让高野五十六继承长冈武士名门山本家的遗业。
到1915年，随着高野五十六少佐即将从海军大学毕业，他们看到了希望。因为除了高野本人是一名很有前途的海军军官而外，他还是与山本家的中兴之祖山本老于齐结为刎颈之交的高野荣轩的子孙，继承山本衣钵者几乎非他莫属。藩主牧野为恳请高野五十六再兴山本家，绞尽了脑汁，付出了异常的努力，并动员曾担任高野家长老的田中浪江、山本家的旧臣渡边廉吉等人一同来做高野的工作。
此时的山本家，经过明治维新的冲击，庞大的家产早已被政府没收而消散，作为可继承的财产只有一套褪了色的破旧麻质武士礼服和位于长冈市稽古班长兴寺的山本家荒凉的墓地。然而聪明的高野五十六并没有计较这些，他考虑到自古以来高野家和山本家历代的关系，更重要的是，满脑子充斥着武士道思想的高野五十六，认识到继承山本遗魂，对其将来的发展会产生不可估量的作用。因为它符合日本近代天皇制利用封建残余加强统治、对外实行扩张侵略的需要，以他的话来说，就是继承长冈第一名门是长冈藩士的天命所在。几经考虑，他答应了牧野的请求。
1916年5月19日，经过精心准备，选择了长冈藩最有纪念意义的长冈城落成纪念日，举行了高野五十六改姓山本的仪式。在其五哥高野季八主持证明下，高野五十六作为山本家的后嗣，改名为山本五十六。
改名后，山本五十六所作的第一件事是在藩士们的簇拥下，厚祭山本家历代祖先，清理自戊辰战争以来已经荒废了50多年的山本家墓地；接着他又修心静身，于当日用了一个通宵将山本家祖先自庆长以来的各代法号、戒名全部书写了一份，并于第二天在长兴寺大作法事道场，以资纪念招魂。
改姓之后，山本五十六这个长冈武士的后代无形中又增加了一种荣耀，长冈遗魂以及一些旧武士倡导的军国主义色彩极浓的“长冈精神”、“常在战场”的遗训，刺激着他为了不辱山本名门之“声誉”更加竭尽全力，勤学苦练，忠于职守。
在山本五十六武士战袍加身后的第二年，即1918年，35岁的山本五十六与三桥礼子结婚。
三桥礼子出生在一个普通的家庭，身高1.54米，身体结实，能吃苦耐劳。据山本五十六的至交，曾任海军中将的堀悌吉说，山本的妻子在日本这样的国度里，堪称是个贤妻良母，是日本名副其实的一流女性。但是，两人婚后的生活有许多不和谐的地方。升任高级将领后，每逢山本看到部下在船舱内摆着妻子的照片，就深有感触地说：“你们是经自由恋爱而结婚，情投意合，多好啊！我是无可挽回了！”悔意溢于言表。这种想法并非因为山本地位变了才有的，而是一开始就隐藏着一些矛盾。从山本订婚时的情形看，他同意这桩婚事，主要是因为女方出身劳动家庭，体魄健壮，能够吃苦，而且生于祖辈曾经流血牺牲的地方，至于个人性格等因素却未过多考虑。婚后两人经常吵架，一遇到闹别扭，山本总是蒙头大睡，度过难关。家庭的矛盾和枯燥的军人生活促使山本五十六在婚姻以外寻找感情寄托。在他的一生中，曾与许多艺妓保持长期的密切关系，其中关系最密切的就是千代子。在山本五十六荣任联合舰队司令长官时，山本曾秘密携带其一同前往。即使大战爆发以后，山本五十六也总是找各种机会与之幽会，甚至为讨其欢心，还曾谎称治病，背着千代子在大街上走。河合千代子对山本也是感情笃深，在战火纷纷的年月里给了山本五十六莫大的安慰。
3.从军校生到联合舰队司令长官
山本五十六日本海军大学毕业后，在海军省军务局就职，1919年他被派往美国留学研修，进一步深造。
1921年7月，山本五十六结束了在美国的研修生活，回到日本。最初山本被任命为军舰“北上”舰的副舰长到中国沿海一带活动，旋又任命为海军大学教官，教授军政学。在海军大学担任教官的一年多时间里，山本五十六得以摆脱艰苦的海上生活，消化美国之行的收获。但海军当局给他的时间并不多。1923年7月，他又奉命考察华盛顿会议后的欧美现状，踏上旅欧之途。
参察完欧洲之后，山本五十六又来到美国，考察美国海军军备情况，并视察了日本投资经营的奥伦治油田。回国后，他曾大力劲说日本石油公司向美国进军开发油田。作为一名校级军官，长期的海外生活，托层了他的生活和视野，使他更加闰注世界军事技术的每一项，并使他最终走上为之献身的军事航空事业。
1934年9月7日，山本五十六被任命为伦敦海军裁军会议预备会议日本方面的海军首席代表。山本五十六的伦敦之行，不过是日本统治集团利用“顽强的山本”，对英美实行愚弄和欺骗而已，因为他们期望山本既能使日本达到废除条约的目的，而又不背上舆论和道义上的不利压力。
山本五十六在谈判桌上的高超技巧，赢得了国际国内法西斯的一致喝彩。回国后日本海军当局还为他举行了归国报告会。通过裁军谈谈判，山本五十六对世界海军大势的发展非常明了了，他认为当时日本的国力与美国相差很远，所以不能卷入和美国无限制的造舰竟赛。他在给一个朋友的信中写道：“不可否认，我帝国之国力较之美国确有天壤之别……吾等深感日本帝国是到了谨慎自重、发奋图强的时候了……可以想象，一战前的德国，如果再忍耐50年的话，它当今也能与同强国相匹敌。前车之覆，后车之鉴。今天我们日本帝国必须冷静自重。积蓄力量，盛国强兵。尽管此次谈判已毫无胜利可言，但只要我们能清醒地意识到上述各点，并使之付诸实施，将不愁英美拜倒在我们的麾下。”
最后他满怀信心地说，“对海军来说，至为重要的也是谨慎自重，艰苦努力，当务之急就是无论如何也要迅速发展海上航空兵。”山本五十六，这位刚在伦敦裁军会议预备会议上提升的海军中将，已经成为世界法西斯主义分子瞩目、日本国内家喻户晓的人物了。
这一时期日本的国内局势动荡不安。在大资产阶级的扶植、纵容下，日本法西斯运动达到了疯狂的地步。日本军部在中国发动“九一八”事变成功后，法西斯分子深受鼓舞，便开始在国内实施暗杀政变等手段，企图建立法西斯独裁统治。
1932年，他们迫使政党内阁倒台，军队内的法西斯分子也分裂成“皇道派”和“统制派”。两派相互残杀，并于1936年2月26日制造了大规模的流血事件——“二二六事件”。大约1500多名皇道派官兵打着“天诛”的旗号，对统制派实行突然袭击。杀戮持续了近4天，统制派遭到了残酷的清洗。81岁的藏相高桥是清、海军大将斋膝实、海军大将铃木贯太郎、首相冈田启介等重要人物均遭袭击。铃木和冈田侥幸活命，高桥和斋腾实被杀。2月29日，天皇下旨平息叛乱。得到大财阀支持的法西斯统制派趁机剪除异己，控制了政府。事变后的广田内阁，实际上是军部的傀儡。在法西斯主义分子的操纵下，广田内阁加快了侵略扩张步伐。8月，通过了《帝国国防方针》和《国策基准》，决定“在确保帝国在东亚大陆地位的同时，向南发展”。11月，日本和德国签订《关于共产国际协定》，把矛头指向美国。
国内局势的变化使刚被任命为海军航空本部部长的山本五十六忧心忡忡。他对过激分子的行为十分反感。在“二二六”事件爆发之初，曾有人到航空本部动员海军参加，结果被山本赶出办公室。事件发生后，山本曾说：“如果陆军做得太过分，使叛乱势态继续恶化下去，海军也准备出面干涉，最终难免同陆军兵戈相见。”这虽然是一时气话，不过也反映了他的态度。
山本五十六反对过激分子的行为，并不意味着他主张世界和平。事实上，在效忠天皇、对外扩张方面，他同任何法西斯分子的思想都是一脉相通的，只不过他比一般人看得更远，考虑得更周到罢了。从这个意义上说，他是一个更具危害性的法西斯战争贩子。
制定袭击珍珠港计划的山本五十六山本认为，就日本的国力而言，打一场同世界强国之间的战争，条件还不成熟。如果非打不可，那么绝不能依靠巨舰大炮与之海上决战，唯一可以扼制敌人的办法就是依靠飞机打击。他曾设想，在一般情况下，如果具有强大优势的美海军横渡大洋攻击日本，日本海军可以使用一种大型的远程陆基机对之进行轰炸拦阻，不断削弱其力量。当他们到达日本近海时，力量就被削弱到与日本舰队差不多，甚至劣于日本舰队。后来的战争发展表明，在美国舰队攻击日本本土时，日本采用的就是这种战略。
出于这种思考，山本五十六竭其所能发展空军力量。在他任航空本部技术处长时，他就开始对飞机进行技术改造，生产全金属高性能飞机，并提出“国产化”的口号。
1933年，他主持设计成功远程陆基机“八试特种侦察机”，1934年成功地改造为“九试中型陆基轰炸机”，1936年投入大批量生产，被称为“九六式陆基轰炸机”。这种飞机在当时世界各国中，技术和攻击力堪称一流。
山本五十六在任航空本部部长期间，每月至少要到三菱重工业公司和名古屋的飞机制造工厂去访问一到两次，并且想方设法争取三井、住友和日立三大公司参与航空工业的发展。此外，他还经常到曾经工作过的霞浦海军航空队探视，给予海军航空事业高度关注。其间曾经发生许多有趣的事情。当时，由于技术和人员素质方面的原因，航空队事故发生率很高，航空队副队长桑原雄虎对此一筹莫展。这时，有人向他推荐了一名看相先生，说是能够分辨哪些人适合驾驶飞机，桑原向有关方面提出建议，结果引起一片嗤笑。只有山本表示大力支持。事实证明，这种看相的方法实际上是一种经过长期观察积累的经验方法，在当时科技尚未发达的情况下，不失为一种办法。结果，这位看相先生被正式任命为海军航空本部顾问。这件事既表明了山本对部属的关心，也说明了山本在某些方面与常人想法不同，几乎完全凭直观的判断。这或许也是他袭击珍珠港的原因吧！
在山本五十六的心血浇注下，日本海军航空飞速发展，日本的飞机生产能力跃居世界第二，空军战斗力也迅速提高。1937年8月，为配合陆军大规模侵华，日本海军发动“八一四”空战，虽然遭到失败，但其跨海作战能力令世界瞩目。
值得庆幸的是，山本的航空打击和空海军思想并未能被海军首脑所接受。早在1934年10月，日本海军军令部就确立“帝国海军第三次造舰补充计划”，决定建造配备18英寸大口径火炮。总吨位达7.2万吨的巨型战舰“大和”号和“武藏”号。山本对此激烈反对，但他的建议未被采纳。几年后，这两艘巨舰尚未显示威力，就被美国飞机击沉了。可想而知，如果山本的思想在日本占据主导地位，将给世界人民带来多么沉重的灾难！
“二二六”事件以后，广田弘毅组阁。他任命海军大将永野修身担任海军大臣，取代了大角岑生的位置。永野修身是一位很有才华的海军大将，但是过于自负，极易冲动，山本对他常抱轻蔑态度。然而永野对山本却十分推崇。早在他出使参加伦敦裁军会议时，就曾邀山本参加，被拒绝。担任海军大臣后，他首先选中山本五十六担任海军省次官，山本再次拒绝。永野不高兴地问山本是否对他抱有成见，存心不予配合。在这样的情况下，山本五十六不十分情愿地答应了担任海军次官职务。
尽管山本五十六对海军省次官的职位不感兴趣，但担任要职却为他推行自己的主张提供了条件。他一方面全力协助永野修身整饬海军，另一方面极力鼓动永野与陆军抗衡。使他失望的是，永野在对待陆军问题上经常表现出软弱。1937年1月，国会中残存的政党势力指责军部干预政治，并指名陆军大臣寺内寿一应当切腹自杀。陆军态度十分强硬，提出政党要进行反省，内阁召开会议，解散国会。在军部的干预下，广田弘毅内阁于1月23日瓦解，永野修身只好离开海军省。为了加强海军的地位，山本说服永野推荐米内光政任海军大臣。于是，在林铣十郎大将的内阁中，米内担任海军大臣，山本继续任次官，开始了海军省的米内一山本体制时代。米内对山本十分信任，这不仅因为两人曾同在炮术学校学习，并结下深厚友谊，更因为思想观点甚至性格都十分接近。一般情况下，山本的意见和建议都能得到采纳，米内也由于有山本这样的得力助手十分省心。
山本任海军省次官期间，日本侵华战争全面爆发。然而在日本军部内部，对待侵华战争的态度却不一致。一些强硬派认为，中国不堪一击，主张立即解决中国问题。以海军省为代表的人则认为，日本对外扩张的真正敌人是苏美等国，不能把力量消耗在中国大陆。山本五十六就属于后者。据说，他曾经对知心朋友武井大助说：“陆军中的这些混蛋们，果然挑起了战火，简直要把人气疯了。我从此戒烟，直到这次事件结束为止。”他对陆军的反感，经常是公开化的。据说在一次陆海军首脑同时参加的会议上，山本坐在一位陆军将军旁边。会议开始后，这位将军大发议论，山本感到十分乏味，就把他的椅子悄悄往后挪了挪，结果让这位将军扑通一声摔在地上。还有一次，陆军次官东条英机炫耀陆军飞机的性能和战斗力，山本竟尖刻地说：“实在了不起，你们的飞机也能飞了。不过，你可别忘了，有人常说：‘海上的雄鹰，陆上的鸡。’”这句话引得哄堂大笑，只有东条和山本本人面无表情。然而，不管山本和海军省如何努力，也无法左右形势的发展，日本政府已决心在华大打一场。从“七七事变”到1937年年底，不断对华派兵遣将，并以4万多人的代价于年底占领上海。国内外局势日益向着山本五十六意愿相反的方向发展。
日本军国主义政府一面加紧对华侵略，一面寻找国际支持，这与处于同样境地的法西斯德意不谋而合，双方关系日趋密切。1938年1月，里宾特洛夫向日本表示：“我们应当签订一个使日德关系更加亲善密切的条约。”2月，德撤回驻华军事顾问团，正式承认满洲国。10月，日本政府也调回反对三国同盟的东乡茂德大使，任命亲德的大岛浩任驻德大使。日本政府的这一行动使得山本五十六和海军省十分焦虑。因为山本十分清楚，与德意结盟自然就意味着与英美苏为敌，其后果不堪设想。所以，山本和米内主持的海军省极力反对同德意结盟，而主张对英美实行安抚政策。
1937年12月12日，正当日军进军南京的时候，美国炮艇“珀内”号载着使馆人员和西方记者撤离南京。杀红了眼的日海军航空兵明知是美国舰只，依然疯狂地炸沉了“珀内”号。山本听到消息后大为震惊，他连忙发表声明，承认“这次事件的责任全在日本方面，海军应当诚恳认错”，并将直接责任者海军第2联合航空司令三并贞三少将免职查办。但是海军省并不能在日本政府中起主导作用。在陆军的坚持下，1938年11月，首、陆、海、外、藏五相召开会议，通过了促进日、德、意三国协定的决议，并制定部分接受德方提议的日本方案。不料，驻德大使大岛浩和陆军坚持全盘接受德国提出的协议方案，不同意五相会议提出的只把苏联作为作战对象，从而导致近卫内阁辞职。由枢密院议长平沼骐一郎组阁的新政府在三国同盟问题上依然束手无策，只好频繁召开会议，先后达70多次。
山本五十六的苦心并未得到法西斯主义分子的理解。他们把山本反对同德意结盟看成是亲英美行动，许多右翼分子开始对山本采取针对个人的行动。右翼政党大日本生产党的一个团体决议中写道，鉴于山本在海军中影响甚大，成了一些人的精神支柱，“要搜集山本次官私生活方面的材料，即他同他的情妇——新桥的艺妓梅龙（即河合千代子）间来往的情况，以此作为突破口，在社会上把山本搞臭，破坏他的形象”。
山本对此毫不在意，他对那些人说：“难道你们不拉屎放屁吗？假如你们之中有人不拉屎放屁，也从未和女人有过云雨之情的话，我倒要见识见识，听听他的高见。”这招未能奏效，极右分子又采取恐吓、暗杀的办法。海军省经常收到“宣言书”、“请愿书”、“劝辞书”和恐吓信，许多极右分子甚至当面提出“替天行道，诛讨山本”。无奈，山本只好求助警察署，外出时随身携带特制催泪器，而且做好了随时遇难的准备，甚至在5月31日预先写好了遗书，声称“丹可磨而不可夺其色，兰可播而不可灭其香。吾身可灭，而吾志不可夺也”。死心踏地效忠天皇和法西斯主义之情志溢于言表。
正当日本国内就同德意结盟纷纷扬扬时，长期对立的苏联和德国突然签订互不侵犯条约。这与德日之间签订防共协定是根本矛盾的，使力主与德结盟的大岛浩大使狼狈不堪，日本国内一片哗然。8月25日，平沼内阁召开最后一次五相会议，决定停止三国同盟条约的工作，8月28日全体辞职。米内光政也因此离开海军大臣的位置。由于不愿看到山本在海军省被杀，米内推荐了吉田善吾担任海军大臣，让山本接任吉田联合舰队司令长官兼第10舰队司令长官职务。
4.偷袭珍珠港
摆脱海军省，担任联合舰队司令长官，令山本五十六的心情格外畅快。
因为从此以后，伴随着他的，不再是次官邸那昏暗的光线和沉闷的空气，也不是终日监视着他并给他生命带来威胁的右翼分子的眼睛，而是明媚的阳光，新鲜的海风和时刻保卫着他的4万联合舰队官兵。
不知是偶然的巧合，还是冥冥之中的安排，山本五十六接任联合舰队司令一职，正值时年56岁，与他父亲生他的那一年同岁。
雄心勃勃的山本，似乎对他的这一任职充满了自信。报纸以“飞向波涛起伏喧闹的大海——时隔六载后的出征，威严的山本提督”为题，对山本的任职进行了大肆报道：
就任海军联合舰队司令长官的山本中将，精神振奋，从他的面部表情中看得出，他对天皇陛下的信任充满了感激之情并决心效忠于天皇。他身穿一套十分合体的雪白军服，迈着矫健的步伐步入海军省会见了记者。山本提督素不饮酒，可是今天却破例地将一杯酒一饮而尽。接着，就开始了他任提督后的首次答记者问。
面对记者的提问，山本答道：“这次身负如此重任，实感惶恐，愿尽我微薄之力为国效劳。受命任联合舰队司令长官，此乃一军人之最高荣誉。我已下定决心，誓死尽职。”8月31日，身着白色军礼服、左胸前佩戴着一等瑞宝勋章的山本，在东京火车站站长的陪同下，走下了贵宾候车室的阶梯。站台上早已挤满了前来为他送行的人，有地位显赫的将军，无处不在的新闻记者，山本的亲朋好友，也有花柳界那些使他夜不归宿的相好。
下午1时整，临时增发的特快列车“海鸥”号，载着山本徐徐驶离东京。同6年前离别战舰一样，山本摘下了头上的军帽，轻轻地挥动着，和送行的人们告别。路基两旁的建筑物、树木等急速地向后退去，月台上的人们越来越模糊了，很快就消失在山本的视野之中，唯有为他送行而击打的太平鼓的声音还隐约可闻。
9月1日，山本到达大皈和歌之浦联合舰队驻地。在舰队特意安排欢迎他的吹管乐的嘀嗒声中，山本登上了联合舰队的旗舰“长门”号。他诙谐地对副官藤田中佐说：
“长官这个称呼不错嘛！很吃得开嘛！海军次官算什么，不过是个高级勤杂工而已。”
山本作梦也没有想到他会在这个挺吃香的职位上丧命大海。如果说他在这一天登上“长门”号有什么不吉利的暗示的话，那就是稍后传来的德国军队全线进攻波兰的消息。
两天后，英国、法国分别对德宣战，第二次世界大战全面爆发。
9月5日，踌躇满志的山本五十六，第一次向联合舰队的全体官兵发表讲话：
“鄙人虽不谋该职，但天皇陛下授命，只好就任，值此，深感责任重大。”
“不言而喻，今天欧洲的形势，乃世界再度出现大动乱之先兆也。值此风云突变之时，吾深感帝国海军任重道远。望全体官兵更加同心协力，自重自爱，不辞辛劳，昼夜兼练，以保持联合舰队之最高威力，担负起保卫国防之重任，不负于天皇陛下之所望。”山本上任后不久就恢复了因交接而中断的日常训练。他第一次站在“长门”号上看着由自己亲自指挥的这支世界第三大舰队拨锚起航。
“离港还有15分钟，各舰航海值班人员各就各位。”一声令下，各舰从舰首到舰桥，立刻呈现出一片紧张繁忙的气氛和景象。总共80艘大小战舰井然有序，烟囱里冒出的黑烟笼罩了整个和歌之浦码头。“第2战队第1号舰正起锚。”随着报告声完毕，“长门”号的汽笛发出一声长呜，下达了“立即出港”的命令。
负责舰队警戒任务的潜艇部队最先驶出港口。山本手里拿着双筒望远镜来到舰桥。他一边听着航海科传令兵关于各战队各舰的行动情况报告，一边直接观察着舰队出港。传令兵继续报告：
“第4战队正在出港：‘高雄’、‘爱宕’、‘鸟海’、‘摩耶’出港了。”“后面是‘伊势’出港了，‘日向’、‘扶桑’出港了。”“‘赤城’、‘加贺’、‘苍龙’、‘飞龙’第1、2航空战队依次出港了。”当山本看到随后驶出的庞大的航空母舰时，他的眼睛好像一下明亮起来：现在该是将自己的航空战术思想付诸实践的时候了。
山本首先改变了老一套的训练方法。在海军，舰队夜间出入港口是舰队训练中难度很大且有危险的科目，稍有失误，就会发生损伤“天皇军舰”的事故，情节严重者要受到切腹的惩罚。因此在已往的训练中，一般是各舰都要打开信号识别灯，并以无线电保持各舰间的通信联络，以免发生军舰相撞毁伤舰只的事故，这已成为联合舰队不成文的惯例。但山本认为，这是不符合实战要求的。因为战时，舰队出港是不允许打开信号灯和使用无线电的，即使使用微弱的无线电波联络也是被禁止的。他要求各舰一律不准开信号灯，并关闭舰上的无线电联络装置。舰与舰间保持一定距离依次跟着各自的旗舰摸黑前进。
这是难度相当大的出入港训练。几万吨的庞然大物，启动后的惯性是相当大的，在黑暗中各舰保持一定的距离和准确的方向，使舰上人员高度紧张。一旦发现舰与舰间的距离过近时，靠舰上机械的制动能力是很难抑制住巨大的惯性的。山本的目的就是要训练日本海军的夜战能力。
山本五十六在海上进行实战训练。接着山本在完成前任总司令官吉田善吾制定的年度训练计划后，到1940年便改以他心中构思已久的以航空兵力为中心的训练1940年3月，山本为了检验海军航空兵的攻击能力，安排了一次代号为“123号作业”的演习。演习的计划安排是，驻在志布的舰队从有明湾出发，经过九州东岸北上，向佐旧湾进发；航空队则搜索北上的舰队并利用夜间对舰队实施轰炸。
指挥鱼雷轰炸机的是“赤城”号航空母舰飞行队长渊田美津雄少佐。他在发现山本五十六的舰队之后，便紧紧盯住山本的座舰——旗舰“长门”号。“长门”号打开探照灯，试图扰乱追踪飞机的视线，并用高射炮向空中的飞机猛烈射击，同时，加快舰速拼命躲避。渊田率飞机巧妙地躲开了高射炮的反击，连连向舰上投放训练用的鱼雷炸弹，弹不虚发，发发命中。
看到这一情景，山本心中十分高兴。
如果仅就地位和荣誉而言，山本应当满足了。因为在日本海军中，海军省、军令部和联合舰队是三位一体的。海军省负责海军行政，参与内阁决策；军令部就是总参谋部，负责军令、作战计划和训练；联合舰队司令部是执行机构，是负责指挥作战的最高机构。作为联合舰队的司令长官，也就是一名海军军官的最高荣誉了。
可是山本并未陶醉在荣誉和地位的光环里。
手扶旗舰“长门”号栏杆，望着纪洲海面上80多艘穿梭往来的军舰，山本陷入沉思之中。国际局势日益恶化，日本的对外扩张欲望如脱疆的野马，海军中的激进分子正蠢蠢欲动……作为世界第三大舰队的司令长官，责任重大啊！献身天皇的责任感和使命感使山本五十六的心情突然显得格外沉重。
他在给岛田繁太郎的信中写道：“当前，欧洲出现了大动荡，每当想到我们日本与德、意之间的关系，就使我不寒而栗。”
为了应付可能发生的战争局面，他一面指挥舰队日常训练，一面针对欧洲战场局势的发展，特别是美国海军的发展和夏威夷太平洋舰队对日本造成的威胁，把日本海军防御线从小笠原群岛连结马里亚纳群岛推进到从东卡罗林群岛到马绍尔群岛的防线。
令山本五十六最不愿看到的事情终于发生。随着欧洲战场的急剧变化，荷兰、法国宣布投降，日本军部首脑感到无比兴奋。他们把眼睛盯上了英法等欧洲国家在东南亚的殖民地，企图趁其无暇东顾之际，将这些殖民地据为己有，控制太平洋，也从根本上打击亲英美的蒋介石。
发动了侵华战争的近卫文在第二次组阁前，召集陆相东条英机、外相松冈洋右和海相吉田善吾，在其私邸获洼山庄举行了“荻洼会议”，制定了新内阁的行动方针，其中包括建立“大东亚新秩序”，尽快解决中国事变，与德意签订三国同盟条约等内容。1940年7月26日，近卫内阁通过了《基本国策纲领》，三国同盟问题再次提上日程。
闻听此讯，正在海上训练的山本五十六大为震惊，他多次上书吉田善吾海军大臣，陈述与德意签订同盟条约的危害，指出为避免日美冲突，绝不可缔结日德同盟。然而，吉田未能阻止同盟条约的签订。尽管山本在海军首脑会议上极力反对，新任的海军大臣及川古志郎强行通过了海军同意三国同盟条约的决定。三国同盟条约遂于9月27日在柏林签署，约定三缔约国中任何一国遭到尚未参战的国家的攻击，三国须用所有政治、经济和军事手段相互援助。日本彻底绑上第二次世界大战的列车。
局势的变迁终于把山本作为一个悲剧性角色推到历史的前台。他在内心深处反对同美国交战，但作为联合舰队司令长官的职责又必须面临同美国交战；对英美国家的了解使他深知战争必败，但效忠天皇的武士道精神又迫使他必须夺取战争的胜利。
在回答首相近卫文的询问时，山本无可奈何地说：“如果非打不可的话，在开始的半年或一年中，可以奋战一番，并有信心争取打胜。如果战争持续下去，以至拖上二三年，那我就毫无把握了。三国同盟条约已经缔结，只有破釜沉舟背水一战了。尽管如此，我还是希望政府能设法回避同美国交战。”可见，山本五十六当时的心情非常矛盾。然而，局势的迅速恶化已经不允许他怨天尤人了。
在同他的间谍秘书原田一起进餐时，山本忧郁地说道：“在我看来，我们要同美国打仗，就必须作好几乎向全世界挑战的准备……我将竭尽我的全部力量，但是我希望战死在我的旗舰‘长门号’的甲板上。在那些不祥的日子里，你将至少3次看到东京被夷为平地。其结果将是延长人民的痛苦。而你和近卫，还有其他人，也许会被人民群众千刀万剐，尽管想起这种情景是很遗憾的，局势确实令人困惑。我们已经陷入这种困境，命运注定在劫难逃。”
既然日本早已使自身走向一条既定的道路，山本也没有多少选择的余地。更何况山本本人毫无疑问也是一名深入骨髓的军国主义者。他的好战心理源于他根深蒂固的武士道传统，他像当时大多数的日本人一样，相信只有日本人才完全符合逻辑地充当亚洲国家的“救世主”，将亚洲从白种人的统治之下解放出来。
他陷入了两种磨难之间：一方面，他看到资源贫乏的日本不仅要与美国，而且还要和中、英、荷，也许还和苏联同时作战的暗淡前景；另一方面，他要承担作为联合舰队司令长官必须执行的职责的压力。为了取得印尼的石油，向南方作战，必须避免美国太平洋舰队从夏威夷出发打击日本的侧腹，还需要把美国太平洋舰队阻挡在南方水域之外，至少在头几个关键月份中应做到这一点。如何才能办得到呢？自山本登上“长门”号之后，他就在苦苦思索这个问题。
山本认为，依靠海军历来对美作战的正统的战略思想，是不可能完成上述任务的。长期以来，日本海军奉行的是以日俄对马海战为依据的大炮巨舰主义的舰队决战战略，坚持以战列舰为核心的传统作战方式。自从1905年日本海军大将东乡平八郎在日本海大海战中大胜沙俄舰队以来，日本海军就充满着海上争霸思想，并把美国视为其在西太平洋争夺海上霸权的主要敌人。日俄战争以后，日本在1907年制订的《帝国国防方针》和《帝国用兵纲要》就提出了建设“八八舰队”、确定对美采取截击作战的战略方针。所谓截击作战，就是基本原封不动地采用在对马海战中截击歼灭沙俄波罗的海舰队的东乡战略，即以战列舰为主力的联合舰队利用地理条件以逸待劳，伺机同美国海军主力进行决战并加以歼灭。以后虽几经修改，但其基本方针未变。在1936年修订的《帝国用兵纲要》中规定：一旦日美开战，陆海军首先协同攻占菲律宾和关岛，迫使美舰队远渡重洋进至西太平洋实施进攻作战，“我则把前卫线推移到马绍尔群岛一线，使主力舰队在小笠原群岛和马里亚纳群岛一带求笛决战。”
日本的海军将领们把未来事件的进程看成是这样：一支强大的美国舰队向西挺进，长途跋涉远道而来。这时，日本以南洋各群岛为基地，用潜艇和陆基飞机不断削弱美国舰队的力量，待其实力削弱到大体和日本舰队的实力相匹敌或弱于日本舰队时，以战列舰为核心的日本舰队进入有利的战略位置，寻机与之决战；双方都横过空阔的洋面，把各自的舰只排成战斗序列，打出所有的炮弹，当硝烟和火光散去之后，日本的胜利将自然浮现出来，美国的钢铁巨兽将一只跟一只地凄凉地瘸着脚朝家逃窜，或者舰首向上，如同向大海行死亡前的敬礼，然后永远消失。在山本看来，这种战略思想是一厢情愿的，不过是军令部的那些年轻参谋脱离实际的纸上谈兵而已。战争一旦爆发，除侥幸外，谁也不会相信战争会按着这个模式发展下去。山本的好友掘涕吉在战后整理的《五峰录》中总结山本的看法时说：不论是海军大学所进行的沙盘演习，还是军令部所提出的对美作战的战略计划，实际上都是脱离实际的主观臆断，是主观主义的产物。以军令部的作战计划而论，如前所述，概括起来包括这样四点内容：一、日本主动攻下菲律宾；二、迫使或诱惑美国舰队前来救援；三、在马里亚纳群岛一带逐步削弱敌舰队的力量；四、进行舰队决战，一举全歼前来之敌。这纯属用想当然代替现实的概念游戏。是把敌人的行动规范在自己想象之中的脱离实际的主观臆断，不过是一厢情愿而已。既然如此，那么对于保证日本侧翼不受美舰队干扰，同时又要把主力用于南方战役的课题，山本就必须找到有效的答案。
1940年3月，联合舰队举行演习。山本站在当作靶舰的战列舰上观看航空部队在统一指挥下进行白天鱼雷攻击演习。长机率领着成群飞机，越过战舰的密集炮火，向下俯冲，鱼雷从战舰的桅杆掠过，划出一道白光，接连向舰腹冲去。演习用的鱼雷是不会爆炸的，当撞上舰体后，鱼雷即浮上水面冒出白烟，演习完毕后可再收回。山本看到这一情景，心里十分高兴，他情不自禁地向站在身旁的参谋长福留繁少将问道：“参谋长，能不能用飞机攻进夏威夷？”福留中等身材，结实，有着肥厚的胸膛和健壮的肩膀。这位海军大学的优等生，是一名不折不扣的舰炮专家。美作家高尔登·普朗格在他的名著《我们沉睡在黎明》中这样描写他：“他的头脑不像山本那样突然爆出主意，许多主意在他头脑中像植物生长那样慢慢地成熟。”“他支持向南扩张，但他缺乏山本那种先知先觉的睿智、个性和训练。”
此刻，他正疑惑不解地看着山本，像在听天书。
的确，夏威夷距离日本有3000海里之遥，若要击溃夏威夷的美国太平洋舰队，就得牺牲大量的机动舰队，在袭击之前，如被对方巡逻机发现，反有被歼灭的危险。把仅有的航空母舰投入具有赌博性的战争，值得吗？两个月后，5月7日，在东太平洋举行大规模演习的美国太平洋舰队，没有像往年那样演习后返回西海岸，而是接到了就地停泊于珍珠港的命令。美国总统罗斯福想利用太平洋舰队进驻夏威夷对日本施加压力，以遏制日本的南进。
可是，罗斯福自己却没有想到，恰恰是他的这一行动激发了在大洋另一端的山本五十六袭击珍珠港的决心。1940年11月，山本和他的同届同学吉田善吾、岛田繁太郎同时晋升为海军大将。海军军阶达到顶点的山本更加卖命。同月，为响应政府南进的号召，他率联合舰队进行进攻荷属东印度的图上演习。在演习过程中，山本更加明确地认识到，如果对荷属东印度动手，英、美是不会袖手旁观的。他在写给朋友的一封信中说道：我们发动针对荷属东印度群岛的军事行动，有很大可能会导致与美国过早交战，并因为英国和荷兰将和美国站在一边，我们对荷属东印度群岛的军事行动在完成一半之前，将几乎确定无疑地发展成与美国、英国和荷兰作战，因此山本主张，从制定战略方针的角度来看，不管对哪个国家动手，必须从一开始就制定一个对三国作战的切实可行的方案。而在执行这一方案时，日本海军的大部分兵力一旦投入资源丰富的南方地区，其侧腹就暴露给了强大的美国海军。只要美国舰队主力向日本进攻，日本海军届时就不得不匆忙从南方作战中调回决战兵力。如果到了这个地步，日本海军的命运就惨了。
演习结束后，山本迫于这样一种严峻的形势，以一个赌徒特有的心理，终于下决心采取在胸中构思已久的攻击珍珠港的方案：在开战之初，抓住绝妙良机，不惜投下相当大的赌注，断然对夏威夷瓦胡岛的美国太平洋舰队发动突然袭击，并给以沉重打击。山本五十六终于找到了出奇制胜的办法。11月下旬，山本亲至东京向海军大臣及川古志郎谈了自己的这一想法。转年到了1941年，成熟的方案在山本的心中再也隐藏不住了，他想到的不是让这一方案只变成电光一闪的火花，而是付诸实施的炸雷。1月7日，元旦刚过去才几天，山本坐在停泊在广岛湾柱岛的“长门”号上的座舱里，用了整整9页海军格纸。给及川古志郎写了一封《关于战备的意见》的长信。山本在这封信中，第一次正式提出了自己内心酝酿已久的关于夏威夷战役的设想。
山本的意见书在一开头写道：“任何人对紧张的国际形势的发展都无法正确预测，但是，海军，特别是联合舰队，应该以对美、英必战的决心，进入认真备战并制定作战计划的时期，这是毋庸置疑的。”在作战方针上，山本写道：“关于历来作战方针的研究，总是把堂堂正正的以迎击为主的作战方式作为对象。然而从过去多次举行的图上演习的结果来看，采取迎击战法，使用主舰队决战，帝国海军尚未取得一次大胜，而且，每次总因为这样下去会削弱日本海军的实力而不得不中止演习。如果是为了决定战争如何发展，这样做尚称可以，但一旦开战，为了战则必胜，这样的作战断断不可。”
山本在意见书中鉴于对美作战的特殊形势，完全摈弃了在西太平洋迎击美国舰队的进攻，以舰队决战歼灭美国舰队的这一日本海军传统的战略思想，转而主张“开战之初，就猛攻并击沉敌人主力舰队，挫伤美国海军及美国国民的士气，使之达到无可挽救的程度。”山本认为“只有这样，才能确保日本立于不败，维持大东亚共荣圈的建设”。军国主义的疯狂性，使本来对美国的物质力量作出准确判断的山本，却完全错误地估计了美国人民的精神力量，使他犯了一个战略家不应犯的致命错误。山本在信中接着强调，“在战争爆发之际，我们应该竭尽全力，要有决胜败于第一天的决心”。山本具体设想了执行这一方案的几种情况：第一，在敌主力舰大部分泊于珍珠港内时，“以飞机队彻底击溃之，并封锁该港”；第二，在敌主力舰艇泊于珍珠港外的情况下，“按照第一种情况处理”；第三，在敌主力舰艇首先从夏威夷出击并发动进攻的情况下，“派决战部队迎击，并一举歼灭之。”
在兵力的使用上，一、使用第1航空战队（航空母舰“赤城”号、“加贺”号）和第2航空战队（航空母舰“苍龙”号、“飞龙”号）待月夜或黎明，以全部航空兵力对敌人发动强袭，以期全歼。二、一个水雷战队，负责搭救因不能避免敌机反击而沉没的航空母舰上的官兵。三、一个潜水战队，逼近珍珠港，迎击狼狈出动之敌。如可能，于珍珠港入口处断然击沉敌舰，利用敌舰封锁港口。四、补给部队，为补给燃料，以数艘加油船充实该部队。
当然，山本也没有忽视日本的主要目标。“夏威夷作战要和菲律宾、新加坡方面的作战同一天实施。但只要击灭了美主力舰队，菲律宾以南的杂牌部队就会丧失士气，不敢逞能。”
“尽管夏威夷作战损失可能很大，但如果我们对其采取守势，等待敌人来攻，那么敌人就有可能一举袭击我本土，烧毁帝国首都及其他大城市。如果发生这样的事态，国内舆论哗然，我们海军将受到舆论的谴责，国民的士气也将跌落。”他坚信，“虽然此次作战之成功并非容易，但有关将士若能上下一体，坚定以死奉公之决心，可期天佑以获成功。”
最后山本在意见书中提出他个人的请求：“卑职真心希望自身担任攻击珍珠港的航空舰队司令长官，亲自指挥夏威夷作战。”
从1941年1月开始，山本五十六全力组织力量论证和制订具体作战方案。他首先把制订基础方案的任务交给了密友，第11航空队参谋长大西沈次郎少将。
大西是日本航空界的优秀人才，性格和思维与山本极其相似。接到任务后，大西找来第1航空队参谋“王牌战斗机飞行员”源田实中佐，协助他一起制订基础方案。
经过近两个月的苦苦思索计算，3月份拿出第一草案，即：以全部航空母舰尽可能靠近珍珠港，以飞机进行多次反复轰炸，使敌人失去反击能力；轰炸的主要目标是美国航空母舰（山本原计划主要攻击战列舰），以及瓦胡岛上的陆基飞机。这份草案融合了空军、海军将领的创造性思想，山本十分满意。
随后，山本召集第二航空舰队有关人员进行讨论。面对争执不休的两派将领，山本宣布：“诸位，请你们了解，只要我还担任联合舰队司令长官这个职务，这一仗就非打不可。希望你们研究万全之策。”会后，联合舰队设置4个预备研究小组，由首席参谋黑岛龟人主要负责。
4月末，黑岛赴东京军令部解释袭击珍珠港的计划。然而，军令部并不同意山本的作战方案，理由是这一作战计划成功的两个前提条件即保证大型航空母舰远渡重洋而不被发现，以及美国太平洋舰队一定停泊在珍珠港内是靠不住的。在这种情况下发动战争，无疑具有很大的风险。而战争不同于赌博，不能抱有侥幸心理。最后，军令部只答应海军大学的年度图上演习提前到9月，在图上演习中论证黑岛的作战方案。
正当日本海军内部为夏威夷之战争论不休的时候，国际局势又发生了戏剧性变化。1941年6月22日，德国撕碎条约，悍然发兵入侵苏联，苏德战争爆发。
7月2日，天皇召开御前会议，确立了针对英美国家的南进扩张政策。
7月28日，4万日军在东南亚登陆，不久便占领了西贡和金兰湾。
日本的南下政策直接危害英国和美国的利益，英国宣布废除《日英通商航海条约》，美国下令实行对日禁运，冻结在美国的日本资产，加拿大、新西兰等国也相继采取了报复措施。国际局势的这一系列变化使日美战争成了必然趋势。
9月6日，天皇再次召开御前会议，审议《帝国国策施行要领》。近卫文、永野修身、丰田贞次郎、及川古志郎、铃木贞一等相继发言，都对外交谈判不抱希望，主张以战争为主，外交为辅。这时，从未在御前会议上发过言的天皇，突然拿出一张写有明治天皇在日俄战争前夕而作的一首短诗的纸条，并朗读道：“四海本来皆兄弟，缘何世上起风波。”他告诉大家：“我很早以前就拜读过大帝的这首诗，我正奋力以继承先大帝爱好和平之精神。”然后起身退出了会议。实际上，裕仁天皇以日本的“腹艺”方式表明了开战的抉择。
御前会议结束不久，海军大学的图上演习也开始了。夏威夷海战演习结果表明，日军重创了美海军，自己也受到很大损失。基于此，军令部仍然对山本的计划迟疑不决。
山本再也按捺不住了，他大发雷霆，声称作为联合舰队的司令长官，他将对计划负全责，否则宁愿辞职。
消息传到军令部，总长永野修身大将深为感动，当即表示：既然山本长官那样有信心，作为总长，我有责任批准他的要求，实行这一计划。
然而，谁也不会想到，山本在给自己最好的朋友堀悌吉的信中是这样说的：“我下了和我的意愿完全相反的决心，没有别的选择，只得沿此道路走下去。有什么能比违背自己的意愿而更难以忍受的呢？难道说这是命中注定？”
随着时间的推移，日本军部的战争气焰日益嚣张。可是当战争贩子们在一片叫嚷声中等待近卫文的一声令下时，这位优柔寡断的首相却退缩了。在陆相东条英机的指责和嘲笑下，10月16日近卫内阁总辞职。
10月18日，素有“刺刀”之称的屠夫东条英机内阁成立。23日，东条内阁决定，在决定开战的前提下，做好战争准备，同时继续执行外交谈判政策，利用外交途径迷惑美国。
从袭击珍珠港的计划确定开始，日本海军就着手于对珍珠港的侦察间谍活动了。1941年3月，军令部根据山本的要求，派遣海军情报专家吉川猛夫潜伏珍珠港。
经过了大约8个多月艰苦的侦察，这位并没有间谍经验但异常机警的情报人员对夏威夷的海军情况已了如指掌。11月上旬，吉川顺利地把一份份极有价值的军事情报成功地送到日本，为联合舰队袭击珍珠港提供了可靠的资料。
11月5日，山本接到了军令部总长永野奉天皇旨意发来的“大海令第一号”命令，预定于12月上旬对美、英、荷开战，命联合舰队做好一切战斗准备。
从5日至11日，山本根据永野的命令，连续发布第一至三号作战密令，确定12月8日向美国开战，由南云忠一中将担任司令官，袭击夏威夷珍珠港。
11月13日，山本参加了联合舰队作战会议，他在一段精彩的演说之后指出：在华盛顿举行的与美国的谈判，如果在X日（即12月8日）的头一天上午11时以前达成妥协的话。我将命令作战部队撤回。
11月21日，山本发布联合舰队第5号作战令：机动部队务于11月26日自单冠湾出发，竭力保持行动隐蔽，12月3日傍晚进入待机海域并加油完毕。按照这一命令，11月26日清晨6时30分，由6艘航空母舰、3艘巡洋舰、11艘驱逐舰、3艘潜艇、2艘高速战列舰以及7艘加油船等30多艘舰只组成的机动舰队，按照空袭部队、警戒部队、支援部队、巡逻部队、破坏中途岛部队和补给部队编制，以所谓的“第1警戒航行序列”的环形队形，悄悄地朝珍珠港扑去。
就在袭击珍珠港部队出发后的第七天，即12月2日，联合舰队司令部接到军令部根据天皇命令发来的“大海令第十二号”命令，最后确定了攻击日期为12月8日。山本立即向南云机动舰队发出了“攀登新高山1208”的密电，即：开战日期决定在12月8日零时，按计划偷袭珍珠港。
对于日本暗中进行的如此巨大的军事行动，大洋彼岸的美国人似有察觉。
11月22日，美国的魔术情报（即海军密码破译小组）已经判断出日本将要发动战争的迹象。罗斯福总统甚至在给丘吉尔的电报中指出，我们必须面对日本即将发动战争，而且是在不久的将来这一事实。25日，在白宫召开的最高军事会议上，罗斯福又提醒与会者，日本人在不宣而战这点上本来就是臭名昭著的，所以美国可能在12月1日前后遭到攻击。
但是，美国军界认为，日本的矛头肯定是印度支那地区，他们做梦也不会料到日本偷袭珍珠港的计划已经投入实施了。
然而，美国仍然有时间做出必要的准备。就在12月8日凌晨南云忠一下令攻击机群从指定海域起飞的时候，美国海军密码破译小组已经破译了日本政府给美国的“最后通牒”的最后部分，电文的内容是：“鉴于美国政府所采取的态度，日美之间已无法达成协议，特此通知美国政府，并深表遗憾。”然而，如此重要的情报，由于美海军作战部长斯塔克怕黎明前影响太平洋舰队司令金梅尔睡眠而被人为地耽误了。当参谋总长马歇尔上午11点看完破译电文后，他确信日本很快就会发动攻击，并决定向全军发出紧急戒备的指令。
不幸的是，马歇尔的电报命令并没有通过紧急通讯系统或海军无线电发出，而是被陆军情报局远东科科长布莱顿交给了陆军部信号中心，又被擅自决定通过商业通讯系统发出。布莱顿违背了马歇尔“以最快最安全的办法拍发给各级指挥官”的命令，当电报指令传送到各级指挥官手中时，已经是珍珠港遭袭击7个小时以后了。
珍珠港内爆炸声隆隆，火光四起。美国高层的判断失误，军队中的松散习气，为山本五十六大胆而又缜密的行动创造了条件，偷袭珍珠港获得巨大成功。
美国时间12月7日下午1时19分（夏威夷时间12月7日早晨7时49分，东京时间12月8日凌晨3点19分），负责空袭的指挥官渊田命令发出了“脱，脱，脱”的攻击信号，“脱”在日语中是“突击”的第一个假名，音译为英语就成了“虎”的发音。
旋即，354架日本各型飞机分两个攻击波次向毫无准备、沉浸在假日欢乐中的美国海军发起猛烈袭击。霎时间，珍珠港内爆炸声隆隆，火光四起。
日本仅用不到2个小时的时间，击毁美机188架，击伤159架，击沉或重创战舰18艘。岛上的机场和设施遭到巨大破坏，击毙美国军民2403人，在港的美太平洋舰队主力遭到毁灭性打击。而日本只损失了29架飞机，55名飞行员，6艘潜艇。当远在日本海域停泊的“长门”号旗舰上的山本得到确切的消息时，只是睁大双眼，默默地点了点头。
几乎在南云忠一率领的联合机动舰队大获全胜的同时，由冢原三二四中将司令和大西泷治郎参谋长率领的第11航空舰队，开始袭击菲律宾的美军基地。
在日本的南进计划中，菲律宾具有十分重要的战略位置。这里不仅有丰富的物产资源，而且是处于通向东南亚和西南太平洋的交通枢纽。1941年7月，为了加强防御和对日本的制约，美国成立远东美军司令部，任命麦克阿瑟为远东军司令，在菲的美军基地得到了空前的加强。这就更加阻碍了日本的南扩进程，因此，按照山本的计划，必须在袭击珍珠港的同时，摧毁菲律宾的美军基地。
历史似乎在有意与美国人作对。如果说珍珠港在毫无防范中遭到毁灭性打击尚可原谅的话，菲律宾战役就太不应该了。按照计划，大西的近400架飞机也应在12月8日凌晨攻击美军空军基地。然而，是日凌晨日军基地却大雾弥漫，飞机无法起飞。直到南云部队袭击开始以后，大雾仍无散去迹象。这时，如果拥有35架空中堡垒B-17轰炸机的美军前来袭击，日本航空队必将遭到毁灭性打击。出人意料的是，老谋深算的麦克阿瑟元帅不仅未曾作如是设想，甚至对来自华盛顿的严重警示也未作出应有的反应。下午12时45分，近400架日机几乎未遇到任何阻拦地到达美军机场上空。经过近1个小时的狂轰滥炸，18架B-17轰炸机，53架P—40战斗机和其他30多架美军飞机被撕成碎片。日本以极小的代价夺得菲律宾的制空权。
极力主张与英美亲和的山本五十六，终因受武士道精神毒害之深，走出了袭击美军珍珠港的罪恶一步，成为日本军国主义的殉道者。
5.丧命太平洋
美国的大意失荆州，使珍珠港受到毁性灭的打击，气极败坏的美国政府立即对日宣战。听到天皇和东条煽动性极强的演说，正在南行迎接南云舰队的山本五十六这样写道：
“今我已下定决心，一旦奉大诏而堂堂出击，则置生死于度外，闯过难关。
然而此战为未曾有之大战，种种曲折亦必有之。倘存借名誉而保自身之私心，则绝不能完成此大任。因之以诗曰：
浩荡皇恩记心间，弃誉舍命何所惜。”
这些思想充分暴露了山本五十六作为一个十足战争贩子的罪恶灵魂。
山本终于有机会验证自己“航空优先”的观点了。不仅在袭击太平洋舰队和菲律宾美军基地中，日本飞机显示了巨大威力，就是在两天后马来亚海战中，山本也再一次证明了巨舰大炮时代的结束。
12月10日，英国“威尔士亲王”号和“反击”号军舰在日本飞机的猛烈轰炸中沉没，包括英国远东舰队司令菲利普上将在内的800多名英国官兵遇难。
两天以后，裕仁天皇赐语山本五十六：“联合舰队航空部队歼灭敌方英国远东舰队主力于南中国海，宣扬威武于中外，朕特嘉奖。”
同一天，即12月10日凌晨，一支由3艘轻巡洋舰、6艘驱逐舰和4艘其它运输船只组成的日本舰队在袭击威克岛的战斗中失败。
12月16日山本派遣第2航空母舰战队和第8巡洋战队助战；数十架日机对威克岛进行了轮番轰炸，岛上美机全部炸毁，日军成功地占领威克岛。
为了扼制德日扩张势头，1942年初，盟军在东南亚建立统一作战司令部，海军司令由荷兰少将杜尔曼担任。这支由4国海军组成的作战部队，由于空中打击力量很差，而且各自独立作战，投入战斗不到3个月，就被拥有数百架飞机的南云舰队击溃。
1942年3月9日，日本海军控制了爪哇并结束了荷兰对东印度群岛3个世纪的统治。在短短3个月的时间里，日本海军席卷了整个西太平洋地区，在亚太地区的扩张达到了顶峰。
在国内外法西斯分子的一片颂扬声中，山本五十六从“长门”号旗舰迁至超级战列舰“大和”号上。这艘曾遭山本极力反对建造的豪华战舰成了新的海军指挥中心。
这时的山本，可谓踌躇满志了，南云舰队的连连捷报，使得这位工于心计、心狠手毒的战争赌徒飘飘然。
战争形势的发展使他突发奇想，认为要想更好地护卫本土免遭空袭，应当再次出击，彻底消灭美国太平洋舰队。他把自己的注意力放到太平洋中的一个小岛——中途岛上。日本海军创造了这么多奇迹，难道不能占领中途岛，以此为基地，进而消灭美国的航空母舰？山本又一次把大胆的设想告诉了军令部。这一次与夏威夷的作战计划有所不同了，山本的设想虽然开始遭到军令部的坚决反对，但海军的巨大战果使得海军中大多数人对山本崇敬备至，他的作战方案仅在上交的第8天，即4月10日便得到了军令部的批准。又过了8天，一直沉浸在胜利狂热气氛中的日本遭到了美国的空袭，这一事件更加坚定了山本进攻中途岛的决心。
山本五十六并不知道，命运之神已经不再青睐于他了。嗜赌成性、一赌到底的品格既造就了他偷袭珍珠港成功的业绩，也为他在正义面前遭到可耻失败埋下了伏笔。
美国海军从一艘被击沉的日潜艇中打捞到日本海军联络密码本，美情报破译中心很快就获知了日本南下占领莫尔兹比港，切断美澳供应线的作战企图。
刚刚上任不久的美太平洋舰队司令尼米兹海军上将得到消息后，立即调兵遣将。5月5日，由航空母舰“列克星顿”号、“约克城”号及英国“芝加哥”号、“澳大利亚”号、“霍巴特号”等重巡洋舰组成的美第17特混舰队，在弗莱彻少将的指挥下，迅速进入战争状态。这时，担负占领莫尔兹比港任务的日本第4舰队按计划进入珊瑚海，他们没有想到，美国特混舰队此时正在向西北方向疾驶。
5月7日，日本和美国为首的盟军之间展开了史无前例的航空母舰大战。经过了大约3天的鏖战，日本损失了2艘轻型航空母舰、1艘驱逐舰和3艘登陆驳船，1艘重型航空母舰受到重创，美方则损失了1艘重型航空母舰、l艘驱逐舰和1艘油船，另有1艘重型航空母舰受到重创。尽管美国损失较重，但是最后却破坏了日军的战略，打破了日本海军强大无比的神话。
珊瑚海之战受挫，并没有使海军有所清醒，相反，盲目乐观、骄傲狂妄的气氛却日益浓厚，包括山本在内，绝大多数高层军官未能重新审视中途岛作战计划，中下层军官和士兵就更加肆无忌惮了。在这种狂妄心理的支配下，不仅整体战略规划出现许多漏洞，许多军中大忌也屡见不鲜。
山本的整个战略部署，一直采用原来的密码传达，这个密码早已为美军掌握。有一个水上机队，甚至在出发前发出通知说：“6月中旬以后，凡寄交本队的邮件，收件地址一律写‘中途岛’。”日本海军无所顾忌的行动当然逃不过早就严阵以待的美国海军。
1942年5月，美海军密码破译小组在日本人电报中发现一个代号为“AF”的地名，小组负责人罗奇福特少校为了证实“AF”是中途岛，拍发了一个中途岛淡水设备故障的假情报，日本大和田海军通讯队信以为真，立即把这一假情报通知给参战部队，从而证实了“AF”就是中途岛。很快，美海军对日本联合舰队的兵力、计划、日程甚至舰长和航线都了如指掌。冷静沉着、精明强干的尼米兹紧急部署。
5月28日，由斯普鲁恩斯少将指挥的第16特混舰队离开珍珠港，两天后，由弗莱彻指挥的第17特混舰队也向预定海域进发。日本联合舰队尚未采取实质性重大行动，美国海军就已经撒开了一张无形的大网，等待日军来投了。
对于即将来临的厄运，山本似乎有所察觉。5月28日出发前，他在给情妇千代子的信中流露出不安：“29日就将起锚出征，在海上约需3周左右的时间，我将亲自指挥全军奋战。说心里话，对这次出征作战，我并不寄予多大希望。今天是纪念日，道路崎岖坎坷，已到顶点。”（纪念日指日本海军节）。
山本的话不幸言中，就在山本的潜艇警戒部队到达预定海域时，美第16、17特混舰队早就通过了。6月1日和2日，情报部门发现美军调度频繁，“大和”号甚至截获了美国航空母舰在夏威夷的信号。然而，一向嗅觉灵敏的山本对此却无动于衷，甚至于运输舰队已遭到了中途岛空军的两次袭击，也未能引起山本的警觉。
6月5日，按时到达中途岛西北240海里水域的南云舰队向岛内发起攻击。这时，南云只有18架战斗机执行空中战斗巡逻任务，庞大的舰队成了美军随时猎取的猎物。正如渊田美津雄中佐当时所描述的：“我们就像一个背着满口袋黄金，单身在森林里赶路的人，自然会引起强盗的注意。哪个强盗发现了，都会首先猛扑过来。”自信有余的南云忠一根本就不相信附近会有美国舰队。
由于岛上早有准备，南云的第一次攻击毫无收获。南云没有采纳防备敌舰袭击的建议，决定对中途岛发动第二次攻击。正当4艘航空母舰上的勤务人员匆忙为飞机换装炸弹时，中途岛对南云舰队的攻击开始了。南云的3架零式战斗机迅速投入战斗，美国海军6架攻击机或坠或逃。南云忠一轻轻地松了一口气。
恰在这时，日军4号侦察机由于走错了航线，意外地发现了美国特混舰队，并立即发回了消息。突发的敌情变化使得盲目自信又墨守成规的南云忠一吃惊不小，他拿不定主意是攻击美国舰队还是进攻中途岛，因为进攻中途岛的飞机刚装上炸弹，南云的护航飞机已经很少了。
第2航空母舰战队司令官敦促南云，应当立即攻击美国舰队，而南云却作出了暂时向北挺进，捕捉并歼灭敌机动部队的指示。这样，刚刚换上进攻中途岛炸弹的飞机不得不再次换装鱼雷和对舰炸弹，这些换下来的普通炸弹被任意搁置，最终导致了巨舰的引爆自毁。
6月5日6时25分，美国舰队的攻击开始了。然而，战斗力极强的日本零式战斗机3个小时内便击退了美军不下8次空袭。正当南云趁空袭间隙下达“第二攻击波准备起飞”命令时，美俯冲轰炸机群突然向航空母舰扑来。仅仅几分钟时间，南云的多艘舰只中弹起火，“赤城”、“加贺”、“苍龙”3艘航空母舰失去了作战能力，只剩下“飞龙”号航空母舰在山口多闻司令官的指挥下孤军奋战。
下午2点30分，美军轰炸机发动了新的攻击，山口无奈地下达了弃舰命令，并把自己绑在舰桥上沉入海底。此时，像赌红了眼的赌徒一样的山本五十六已经明白，日本失败的命运已定。21点15分，他下达了停止攻击中途岛的命令。
中途岛之战，日本海军元气大伤，共损失了4艘航空母舰，1艘重巡洋舰，322架飞机，3500多名官兵，而军事力量明显处于弱势的美国海军，却只损失1艘航空母舰，1艘驱逐舰，147架飞机和307名士兵。这一结果明显改变了太平洋日美军事力量的对比。山本五十六预谋已久的速战速决速谈判的计划彻底破产。从此，为了护卫本土和巩固对南方资源地区的占领，日本军部取消了原来的作战计划，不得不采取保守的防卫措施。相反，拥有雄厚工业基础的美国的军事力量却日益壮大。中途岛战役成了第二次世界大战的重要转折点。
中途岛战败，山本心情沮丧，懊恼万分。他在给自己亲朋及情妇们的信中不时流露出厌倦的心态。然而，被武士道精神和赌徒心理浸透了灵魂的山本五十六决不会就此消沉下去。
1942年8月，抱着报仇雪耻心理，山本五十六率全部联合舰队，再次投入在瓜达尔卡纳尔岛（以下简称瓜岛）展开的与美国太平洋舰队的决战。
8月8日，由三川中将率领的舰队首先与美舰队遭遇，由于美军的疏忽，三川舰队在夜里突然发起的袭击中大获全胜。山本意识到美国海军绝不会善罢甘休，遂率舰队主力于8月17日南下瓜岛，决心与美国决一雄雌。与此同时，负责攻取瓜岛的陆军也派出一本清直大佐率领的1000人先遣队。比海军还狂妄的陆军认为，有1000人就足以解决瓜岛问题了。他们不会想到，这时的瓜岛已经驻守了拥有各式重武器的美军精锐部队1.6万人。
海军复仇的心理与陆军轻敌的思想交织在一起，再一次把日本推向惨败的深渊。在长达半年的瓜岛争夺战中，日本共伤亡陆、海、空将士5万余人，舰艇24艘（约13万余吨位）。1943年2月，山本五十六奉命将瓜岛1.3万名日军撤回，日本侵略者已是穷途末路了。
山本似乎对日本的命运和自己的命运已经有所预感了。1943年初，他在给好友堀悌吉的信中写道：“开战以来，阵亡将士已近1.5万人，实在令人悲伤、慨叹。痛定思痛，我写下这两句诗文，以抒郁怀：兵戈声声一年去，阵亡将士若云消。”
在给原田雄熊的信中，他甚至写道：“我已做好在今后百日之内贡献余生的思想准备。”山本要以自己的行动证明他曾经说过的“以我众多部下的性命去换取大量敌人伤亡之时，即是我恶贯满盈之日”。
1943年2月，山本再次将旗舰移至更加豪华的“武藏”号。在这艘堪称世界一流的战列舰上，山本推出“伊号作战”计划，准备在南太平洋再次组织大规模的反击。谁也没曾想到，山本竟会在这次精心策划的战役中丢掉了性命。1943年4月7日，联合舰队按计划发起第一次攻击，由于日军战斗力的下降和美海军的有力防御，日军没有达到目的。为了不使山本失望，飞行队长竟然谎报战功，使山本误认为“伊号作战”旗开得胜。在以后的4天中，空中作战部队继续夸大战果。为了鼓舞士气，慰问将士，就在原计划的最后一天，即4月13号，山本突然决定视察部队。这一提议当即遭到部下的坚决反对。可是，一意孤行的山本很少听从别人的劝阻。4月18日，按照事先安排。山本率视察队伍登上了前往巴莱尔的飞机。此时，准确截获了山本行动情报的尼米兹上将早已布下了天罗地网。9点34分，在4架P-38“闪电”式战斗机的猛烈炮火下，视察人员的座机相继坠落。
美机围歼山本五十六。第二天，日军搜索部队找到了失事地点。只见山本坐在飞机的座垫上，左手握军刀，套有白色手套的右手也按在军刀上，左胸流着血。山本的军医长高田六郎少将倒卧在旁边，两具尸体都已生蛆，臭气冲天。
据后来推测，山本临死时的情景可能是：飞机坠毁后，高田还没死，他把山本拖出机舱，经过匆忙的整容后，自己也断了气。4月20日，海军少佐军医田渊义三郎写下下面的尸检报告：“左肩肿骨的中央部，有一个食指大小的子弹孔，子弹的走向是右前上方；左下颌角有一个小手指肚大小的子弹射入孔，出口在右眼外眼角，像拇指压痕一样大小……显然系因损伤主要内脏器官而致命。”
1943年5月21日，日本政府发布了山本的死讯，追授他大勋位、功一级、正三位和元帅称号。6月5日，山本的国葬仪式在东京举行。仪式之后，骨灰一分为二，一部分安葬在东乡平八郎的墓旁，一部分由他的姐姐高桥嘉寿子带回故乡长冈长兴寺。
山本五十六果然如他信中所说，在百日内就结束了自己的生命，但他在太平洋战争和珍珠港犯下的罪恶却使爱好和平的人们至今思之犹痛。
