玄武门是宫城的北门，地位重要，是中央禁卫部队屯守之所。武德九年六月三日，李世民秘密向父亲上奏说自己的哥哥即太子李建成和四弟李元吉“淫乱”后宫。李渊一听，不禁愕然，决定第二天问个清楚。李渊当然知道三个儿子之间早就不和，所以六月四日这天他先是召集了大臣裴寂等商量此事，想然后再召三个儿子劝和。但他有所不知的是这个时候李世民率长孙无忌、尉迟敬德等人伏兵于玄武门了。
后宫张婕妤探知李世民有所动作，立刻向李建成报告。李建成找来李元吉商量，想想自己也早已作好在京城的军事准备，自己的旧属常何守在玄武门，所以还是决定入宫上朝。当二人行至临湖殿时，发觉有点反常，刚想拨马东归，李世民随后呼喊，一箭射死李建成。尉迟敬德带领七十骑兵奔驰而来，射杀了元吉。东宫和元吉齐府的精兵二千人发觉事情有变，结阵猛攻玄武门。玄武门的将领常何、敬君弘等早已为太宗收买，这时奋不顾身，率兵坚决抵抗。不明就里的部分驻守玄武门的士兵则采取观望的态度，一时之间战斗不分胜负。
由于李世民方人数较少，越战越不利，众将士惊恐万分。尉迟敬德灵机一动，提着元吉和建成的头展现在齐府和东宫将士前，众人一看自己的主人已经人头落地，便无斗志，纷纷溃散。当尉迟敬德杀气腾腾地向李渊报告为何在玄武门发生战斗时，李渊马上明白了整个局面，只能写下手敕，命令所有军队一律听秦王的处置。同时又派黄门侍郎裴矩到东宫晓谕诸将卒，事变很快平息了下来。
三天后，李渊立李世民为皇太子，而且表示大小政事今后全听太子处理。过了几天，他又提出自己应加尊号为太上皇，表示自己想早点退位。两个月后，他下制传位于太子，李世民正式即位。
“玄武门之变”以李世民的彻底胜利而告终，所以以后各种史书在记录这一事变时都站在唐太宗的角度阐述事情的经过，而把失败者他的兄弟李建成、李元吉以及他的父亲李渊描写成昏庸无能的样子，使得后人大多认为“玄武门之变”是正义的，是不可避免要发生的。然而，随着对这一历史事件研究的深入，已经有越来越多的学者提出了一些疑问，如事变到底是谁发起的？李渊在立李世民为太子之后，为什么在短短的两个月内就让位了呢？
有人根据现有史料的记载，认为唐高祖爱好酒色，昏庸无能，他用佞人，忌功臣。太子李建成爱好酒色畋猎，亲近赌徒恶霸，同李渊一样是个纨绔无赖子。第四子李元吉，也是凶险的一个人。他们勾结宫中宠妃们，极力想谋害李世民。可以这样说，这种时候唐朝的前途十分危险，唐太宗其实是无奈之下的自卫，对国家来说是有利于大局的行动。一些学者发现，李建成、李元吉看到在实战中不断建立功名的李世民，心中十分不安，引树党友，想置李世民于死地。早在武德七年夏天，李建成就私自召募健儿，打算用武力除掉李世民。甚至还让宫中妃嫔向李渊报告，李世民曾经说自己有天命，应该为天下主。玄武门之变的前几天，李建成乘征北突厥的机会，还想夺秦王府的兵权，只是没有成功而已。
不同意这种观点者认为玄武门之变的实质其实是李世民和李建成争夺皇位，是同室操戈，自相残杀。要搞清楚历史的真相，首先要从史书的真实性谈起。从史源上说，现在的史书主要是来自于朝廷编修的实录。然而自清代以来，就不断有学者指出唐初的实录不实，不能尽信其记载。自唐初起，史官由国家任命，负责编修本朝国史，宰相负责监修。当时负责修改实录的是许敬宗。《旧唐书·许敬宗传》中记载他喜欢凭个人的爱憎随意删改实录，而且也有史料记载太宗自己也曾强行审读过实录，并命令史官按其意进行修改。由此可见，太宗和高祖两朝实录的真实程度确实值得怀疑。司马光的《资治通鉴》中一方面对实录的诸多记载表示怀疑，但同时有关唐初政治内容还是大量参照了实录。如此一来，实录之后的史书，包括两唐书和《资治通鉴》在内，均没有摆脱实录记载的影响。因此所有史书关于这一事件的记载是不能全部相信的。
实录不实，我们对一些问题的看法就要多加个心眼了。史书记载李渊是庸愚昏暗，李建成是冥顽不灵，整日沉湎于酒色之中，这些是真的吗？
学者指出，其实李渊出身于北周军事贵族，富有政治、军事经验。虽然他举兵反隋时已年过五十，但仍不失为一个雄心勃勃、英勇干练的领导人物。温大雅在《大唐创业起居注》中称他“身怀经世之略，有经纶天下之心”，且待人接物不论贵贱都表现得谦逊有礼，在当时颇得人心。他策划了太原起兵，并成功地引导唐军进入隋都。在大唐建立之初，李渊又利用自己与旧贵族和官僚的关系，网罗了一批周、陈、隋朝的宗室贵戚在新朝中央供职。在经挤上实行租庸调法与均田制，前者在开皇旧制的基础上扩大了纳绢代役的范围，后者对抑制土地兼并和保证农民获得少量土地起到了一定的积极作用。这些都可说明李渊不仅在整个反隋建唐的战争过程中功不可没，而且在他统治的武德时期也颇有作为，为后来李世民的“贞观之治”奠定了基础。
至于太子李建成，他为人宽简仁厚，有政治军事才干。在辅佐李渊处理政务、稳定后方、支援前线方面起过巨大的作用，在统一全国的战争中有显著军功，决非实录描绘的是荒唐无能之人。李建成的威望之所以没有李世民那样高，是因为他大部分时间都在北方边疆防御突厥人，比起李世民接连战胜窦建德和王世充，他的战功表现得不太明显。
既然李渊不是昏君，李建成也并非是无能之辈，在李世民的授意下史书在刻意掩盖事实，那么玄武门之变也决不会是一场正义全在唐太宗这一边的战争。早在上世纪四十年代，著名史学家陈寅恪先生就已经说过：“唐自开国时建成即号为皇太子，太宗以功业声望卓越之故，实有争嫡之图谋，卒酿成武德九年六月四日玄武门之事变。”陈先生的话可谓一针见血。问题的实质其实是李世民想抢皇位，而李建成想保持皇位，所以双方明争暗斗。
更有一些人直接指出，玄武门之变是一场宫廷政变。立长不立贤是古代社会的传统，建成身为嫡长子，为唐朝的建立立下了汗马功劳，又不见其有失德之事，由他继承皇位，本无可争议。建成无除掉李世民的本意，而李世民却是蓄谋已久地发动了玄武门之变。因为如果通过正当途径他是无法登上皇位的，只能用杀兄戮弟逼父的办法达到个人的目的。按例杀掉建成自己当上太子，事变应该结束，但唐太宗并不满足，杀建成仅仅是第一步，接下来他先把李渊架空，二个月后干脆连皇帝也抢了过来。至于当时为什么不马上抢皇位，主要是李世民为了避免得到逼父篡位的恶名而已。
与上述问题相关的是，在玄武门之变中，李渊的态度也成了讨论的焦点。
在李建成和李世民兄弟明争暗斗的过程之中，李渊的态度是有倾向性的。如果光从史书的记载来看，他似乎更加青睐李世民。太原刚刚起兵之时，他就对李世民说过，事成之后，要立他为太子。杨文干造反时，他也许诺李世民，等讨平杨文干后，“立汝为太子”。李世民自己也说：“武德六年之后，太上皇有废立之心而不之定也。”有大臣觉得唐朝建立后，秦王李世民权力过重，威胁到太子建成的地位，建议乘早将他外放为官，李渊不但没有听取，反而擢李世民为天策上将，开馆延四方学士，从而导致了李世民周围聚集了一大帮心腹。玄武门之变时，李渊似故意在太极高泛舟海池，并不急着去阻止儿子间的争斗。当大臣劝李渊立李世民为太子时，他立刻表示“此吾之夙心也”。因此许多人认为李渊从一开始就是偏袒李世民的，到最后他其实是放手让李世民与其兄弟一争高低。
然而，正如众所周知的那样，初唐的实录并不可信，李世民在当上皇帝后，对自己的这段历史尽力加以粉饰，从而使自己的即位显得合情合理。因此，又有人认为，高祖其实是倾向于李建成的，因为他默许李建成增募长林兵以加强长安的力量，又眼睁睁看着李世民的两个最重要的谋士房玄龄和杜如晦被革职而不闻不问。李元吉被派往抵御突厥人之时，随身带走了李世民手下最优秀的将军和精锐的士兵，对于这件事，李渊也并无反对意见。作为一位封建帝王，嫡长子继位的观念在他身上从没有动摇过。除非建成身上出现什么问题，否则废立太子是根本不可能的。事实上建成也很有军事才能，唐初在安排职务时，建成统率左三军，李世民统率右三军，建成在军事上的能力并不亚于李世民。相反，李渊对李世民的哆哆逼人是有所看法的，曾经不满地说：“这个儿子带兵的时间太长了，在外面专制独断惯了，周围的一帮读书人教了他许多坏点子，已经不是我原来的儿子了。”
除了以上两种相反的看法之外，还有人认为李渊并没有什么倾向性。眼看着两个儿子争权夺利，他只想把一碗水端平。因此，他一方面空许诺李世民，要立他为太子，一方面又对李建成、李元吉兄弟的诸多阴谋视而不见。
玄武门之变的结束是以唐高祖李渊退位、唐太宗李世民即位而告终的，但史书对这一过程记载十分简略，因此李渊禅位十分让人产生联想。
有人认为当时的唐高祖已年迈花甲，精力不足，当上皇帝之后，安逸的宫廷生活消磨了他当年带兵打仗时的锐气。宫中妃嫔众多，生活日益腐化。他在关中各地巡幸、打猎，好不快活。然而由于唐王朝建立才不久，隋朝灭亡的过程还记忆犹新，他虽不愿再为朝政而日理万机，但也不想断送辛苦建立的唐朝政权。在这种情况下，他决定把大权交给才华横溢的李世民，自己当太上皇，坐享奉养之福。其次李世民的地位已经确立，做皇帝只是早晚的问题，对高祖来说，让位比不让位要保险得多。持这种观点者还称赞高祖主动禅位是明智之举。
也有人认为高祖的让位是被迫的。李世民发动玄武门之变，最终的目的是为了夺取皇位，六月四日喋血禁门只是达到目标的第一步，即对高祖釜底抽薪，逼他让出帝位才是真正的目的。为了缓和舆论，李世民先让高祖当傀儡皇帝二个月，之后演了一出内禅剧。所谓内禅，无非是将高祖软禁后逼其退位的代名词。而李渊的确害怕李世民像隋炀帝那样为了夺取皇位最终杀害自己的父亲，所以只能选择禅位的形式。
