六部
特指明清中央行政机构中直接对皇帝负责的吏部、户部、礼部、兵部、刑部及工部。汉光武帝刘秀在尚书台设三公、吏部曹、民曹、客曹、二千石曹、中都官曹等六曹尚书，为六部前身。西晋时，有吏部、殿中、五兵、田曹、度支、左民六曹，属尚书省。南北朝亦有六部，然名称因王朝而异。隋初六部名为吏部、礼部、兵部、度支、都官及工部。至唐代改度支为户部，改都官为刑部，遂成吏、户、礼、兵、刑、工六部，统于尚书省。宋代因之。元代改统于中书省。明代废中书省，六部乃直接对皇帝负责，成为主管全国行政事务的最高机构。各部置尚书一人，总管本部政务，下有左右侍郎各一人，为尚书之副。清代于天聪五年（1631）仿明制设六部。初以贝勒（亲王、郡王）分别总理各部部务；各设满洲、蒙古及汉承政、参政、启心郎、额哲库等官。顺治元年（1644），停贝勒总理部务；并改承政为尚书，参政为侍郎，理事官为郎中，副理事官为员外郎，额哲库为主事；启心郎未改，至顺治十五年裁。雍正元年（1723）以后常以大学士兼管各部，尚书以下各官时有增减。据光绪朝《大清会典》及《历代职官表》记载，清代各部职官设有：尚书（从一品）、左右侍郎（正二品）、郎中（正五品）、员外郎（从五品）、主事（正六品）以及堂主事、司务、笔帖式、七品小京官等。六部职掌，明清略同，各部下辖诸司及官属，则有出入。
吏部
吏部为管理文职官员的机关，掌品秩铨选之制，考课黜陟之方，封授策赏之典，定籍终制之法。吏部下设四司：明清为文选清吏司、验封司、稽勋司和考功司。文选清吏司掌考文职之品级及开列、考授、拣选、升调、办理月选。验封司掌封爵、世职、恩荫、难荫、请封、捐封等事务。稽勋司掌文职官员守制、终养、办理官员之出继、入籍、复名复姓等事。考功司掌文职官之处分及议叙，办理京察、大计。
户部
户部掌全国疆土、田地、户籍、赋税、俸饷及一切财政事宜。其内部办理政务按地区分工而设司，明十三司：河南、山东、山西、陕西、浙江、江西、湖广、广东、广西、四川、福建、云南、贵州。清增江南司，为十四司。各司除掌核本省钱粮外，亦兼管其他衙门的部分庶务，职责多有交叉。除以上各司外，清还设有掌管八旗事务的八旗俸饷处及现审处。隶于户部的机构有：掌铸钱的钱法堂及宝泉局；掌库藏的户部三库；掌仓储及漕务的仓场衙门。
礼部
礼部掌典礼事务与学校、科举之事。考吉、嘉、军、宾、凶五礼之用；管理全国学校事务及科举考试及藩属和外国之往来事。礼部下设四司，明清皆为：仪制清吏司，掌嘉礼、军礼及管理学务、科举考试事；祠祭清吏司，掌吉礼、凶礼事务；主客清吏司，掌宾礼及接待外宾事务；精膳清吏司，掌筵飨廪饩牲牢事务。四司之外，清设有铸印局，掌铸造皇帝宝印及内外官员印信。会同四译馆，掌接待各藩属、外国贡使及翻译等事。
兵部
明职掌全国军卫、武官选授、简练之政令，清职掌全国绿营兵籍及武职官员的机构。职掌内外武职官员的除授、封荫之典，乘载、邮传之制，甄核、简练之方，制诰之宝士籍、军实之数。兵部下设四司：武选清吏司，考核武职官员的品级与选补、升调、承袭、封赠诸事，并管理土司；车驾清吏司，掌全国马政及驿传等事；职方清吏司，掌武职官员的叙功、核过、抚恤、军旅之简阅、考察、巡防等事，并管理关禁与海禁；武库清吏司，掌全国之兵籍、军器并武科考试之事。此外，清设稽俸厅，掌稽察武职官俸；会同馆，管理京师驿传事务；捷报处，掌递送文书。
刑部
刑部为主管全国刑罚政令及审核刑名的机构，与督察院管稽察、大理寺掌重大案件的最后审理和复核，共为“三法司制”。刑部的具体职掌是：审定各种法律，复核各地送部的刑名案件，会同九卿审理“监候”的死刑、案件以及直接审理京畿地区的待罪以上案件。刑部的内部组织机构的设置是按省设司，明为十三司，名称与户部诸司同。清增加直隶、奉天、江苏、安徽四司，为十七司。清刑部各司除分核本省刑名外，职掌他省及衙门的部分文书收发和某些日常政务。此外，清设督捕司，掌督捕旗人逃亡事；秋审处，掌核秋审、朝审各案；减等处，掌汇核各省及现审各案之遇赦减等事；提牢厅，掌管狱卒，稽察南北所监狱的罪犯，发放囚衣、囚粮及药物等；赃罚库，掌收放现审案内赃款及没收各物件，并保管本部现银及堂印；赎罚处，掌罚罪事；律例馆，掌修订法律。
工部
工部为管理全国工程事务的机关。职掌土木兴建之制，器物利用之式，渠堰疏降之法，陵寝供亿之典。凡全国之土木、水利工程，机器制造工程（包括军器、军火、军用器物等），矿冶、纺织等官办工业无不综理，并主管一部分金融货币和统一度量衡。明清工部下设四司：营缮清吏司，掌宫室官衙营造修缮；虞衡清吏司，掌制造、收发各种官用器物，主管度量衡及铸钱；都水清吏司，掌估销工程费用，主管制造诏册、官书等事；屯田清吏司，掌陵寝修缮及核销费用，支领物料及部分税收。除四司外，清设有制造库，掌制造皇帝车驾、册箱、宝箱、仪仗、祭器等；节慎库，掌收发经费款项；料估所，掌估工料之数及稽核、供销京城各坛庙、宫殿、城垣、各部院衙署等工程。
光绪二十七年（1901），清政府改总理各国事务衙门为外务部，这是六部之外增设新部之始。二十九年又增设商部。三十一年再增设学部及巡警部。六部之制逐渐变化。
光绪三十二年，清政府宣布“仿行宪政”，将户部改称度支部，兵部改称陆军部，工部与新设之商部合并为农工商部，原来的理藩院改称理藩部，刑部改称法部，另增设民政部、邮传部。将原设之太常寺、光禄寺、鸿胪寺并人礼部，礼部内部机构中添设承政、参议二厅，仪制、太常、光禄三司及礼器库、礼学馆。至宣统三年（1911）四月，清政府成立责任内阁。五月，责任内阁颁布官制，设立制诰、铨叙等局，吏部遂撤。六月，将礼部改为典礼院，成为清政府专管朝廷坛庙、陵寝之礼乐及制造典守事宜，并掌修明礼乐、更定章制的机关。六部之制，遂告变革。
内阁
明清设于内廷，专主票拟的中央政务机构；北洋政府时期的最高行政机关。
明明初，设中书省，置左右丞相，总理全国政事。洪武十三年（1380）初，明太祖为加强君主集权统治，废中书省和丞相。九月，设春夏秋冬四辅官，位在左右都督之下，尚书之上。每月分上中下兰旬，由四辅官分别依次轮值，备皇帝顾问，就皇帝交办之奏疏，提出意见，亻共皇帝裁决。当时内外奏疏和一切政务，直接由皇帝处理，遇大事大疑，皇帝同臣下一起“朝堂论政”，面奏取旨。故四辅官虽设，而其官不备，亦不关政本。十五年七月，废除四辅官。九月，又仿宋制设华盖殿、武英殿、文渊阁、东阁等大学士数人，官秩仅五品，为皇帝侍从顾问，无所掌印信，在翰林院履任支俸，此即内阁之滥觞。成祖即位，于当年（1402）八月和九月，特简翰林院编修、检讨等官，人文渊阁当直，参预机密重务。因文渊阁地处内廷，阁臣又常侍皇帝于殿阁之下，故称内阁。其时，专理诏册和制诰，不置官属，不得专制诸司，诸司章奏亦不通过内阁，一切章疏批答皆出自皇帝。紫禁城太和殿入阁诸臣谓之人阁办事，后渐升至学士、大学士。洪熙时，内阁权力渐重，可以条对皇帝提出的议题，大学士加官至师、保及尚书、侍郎。自后，多以尚书、侍郎授殿阁大学士，六部也逐渐要禀受内阁奉旨而后施行。宣德和正统时，先后设东制敕房和西诰敕房，由中书官掌办文书，是为内阁属吏，阁制始备。皇帝批答内外所上奏疏，始命阁臣拟出意见，用小票墨书贴在各疏面上，谓之条旨或票拟。然后，由皇帝朱笔批出，谓之批红。大事大疑仍命大臣面议，议定后再传旨处理。英宗以幼龄即位，凡事令内阁议行，票拟遂成定例。内阁以有代言拟旨之责，渐成为协助皇帝决策的中央机构。内阁之职不同于前代之相，主票拟而不身出与事。明中叶后，大学士主持阁务者称首辅，余称次辅、群辅，朝位班次皆列六卿之上。嘉靖至万历初，首辅独专票拟，阁权至重，无宰相之名，而有宰相之实，六部不过奉行而已。明代著名大学士有杨士奇、张璁、夏言、严嵩、徐阶、高拱、张居正等，其中尤以张居正事功最显。正统以来，皇帝往往不亲政事，阁票人内，例由司礼监承旨批复，故内阁之权多为宦官所制。隆庆、万历间，阁臣相构，时与司礼监相结，以为助力。天启时，魏忠贤擅政，以内阁为羽翼，内外大权一归宦寺。崇祯时，阁臣一概以占卜的方式选举，谓之“枚卜”，以防臣下结党，十七年中五十人入阁，君臣猜忌，无补于国。
清清入关前，于后金天聪三年（1629）设文馆于盛京，后于天聪十年改文馆为内三院。人关后，于顺治十五年（1658）仿明制，改内三院为内阁。置大学士满、汉各二人，秩正一品。掌赞理机务，表率百僚。十八年复改内阁为内三院。康熙九年（1670）再改内三院为内阁，自此遂成定制。乾隆十三年（1748）定大学士以保和、文华、武英三殿及文渊、体仁、东阁三阁人衔。另设协办大学士满、汉各一人，与大学士同理阁务。设学士掌敷奏本章，传宣诏令。又有侍读学士掌收发本章，总稽翻译。清代内阁的主要职掌是票拟本章，即京内外的题奏本章，均先由内阁草拟批复谕旨，经皇帝同意后，由批本处批红，发六科抄出执行。另外，在康熙朝以前，内阁大学士、学士等还参与天下庶政的决策。
为防止阁臣专权，清初设有议政王大臣，凡军国政务，多不由阁臣票发，都交议政王大臣会议。康熙年间设南书房，选调词臣优者人值，以撰拟谕旨并备顾问。雍正时又设立军机处，以之承旨出政，这样分散了内阁的权力，而皇帝则乾纲独揽。尤其是雍正朝之后，清内阁名义上仍为“掌议天下之政，宣布绦纶，厘治宪典，总钧衡之任”，是清代最高级的官署，内阁大学士为最高级的文官，但实际上，只起到了办理本章、起草诏令兼备咨询的作用。内阁内部设有典籍厅、诰敕房、满本房、汉本房、蒙古房、满票签处、汉票签处、’批本处、稽察房、副本库等机构，以处理各项例行事务。
清末，仿行君主立宪制度，于宣统三年（1911）四月，将内阁与军机处、会议政务处拾并，成立责任内阁，为最高国务机关。设总理大臣一人，协理大臣二人，并外务、民政、度支、学务、陆军、海军、司法、农工商、邮传、理藩各部大臣一人，皆为国务大臣，由皇帝特旨简任。国务大臣辅弼皇帝，担负责任。总理大臣为国务大臣之领袖，秉承皇帝之意，定政治之方针，保持行政之统一；协理大臣为其副，赞助政务。责任内阁内属机构有承宣厅、制诰局、叙官局、统计局、印铸局，以分理各项事务。别设法制院，厘定法制。当时清廷命庆亲王奕勖为总理大臣，其他国务大臣也多是皇族亲贵，故称“皇族内阁”。在遭到人民的反对后，清廷迫不得已于同年11月2日，任命袁世凯为内阁总理大臣，可自择国务大臣，由清廷批准，谓之完全内阁。清亡，完全内阁为民国内阁所取代。
民国北洋政府于1912年3月30日成立内阁。由国务院、行政各部和国务院直辖各机关组成。国务院成员称国务员，包括国务总理和各部总长。国务总理为实际的行政首长，由大总统提名，经国会同意后任命；通过国务会议处理政务，并对国会负责；同时也是国务院的首长，在国务员中居于领袖地位。各部总长（一人）由总理提名，经国会同意后再由大总统任命；另设次长（一人），为总长之副；下置总务厅和各司（局），分理具体政务。国务员辅佐大总统负其责任，对大总统所发命令等，国务总理均须副署，各部总长就关系所主管的部务连带副署。但在袁世凯时期，大总统事实上不受法律的约束，国务员副署徒具虚名。国务院置秘书厅，设秘书长上人，承国务总理之命，掌理秘书厅事务。行政各部初为外交、内务、财政、陆军、海军、司法、教育、农林、工商、交通十部。1913年12月22日短农林、工商二部为农商部，存九部。国务院直辖机关有法制、铨叙、印铸等局。
1914年5月1日，袁世凯改责任内阁制为总统制。3日取消国务院和国务总理，于总统府置政事堂，设国务卿一人赞襄政务。又设左、右丞各一人，赞助国务卿与闻政事；参议八人，审识法令。政事堂直辖机要、法制、铨叙、印铸、主计五局和司务所。行政各部在组织方面无大变化，其总长职权不能独立行使，须一一请示大总统。政事堂和行政各部不复具有内阁的性质。1916年4月21日，由于护国战争的爆发和胜利，袁世凯被迫再次改制，规定国务卿和各部总长均为国务员，由国务员组织政府，辅弼大总统负其责任。国务卿受大总统委任总理国务，公布法令及国务文书，并得依其职权或特别委任发布政府令。政事堂和直辖的五局一所仍旧，不设左、右丞。5月4日，又将仅属于国务卿的发布政府命令权扩大到全体国务员。8日命改政事堂为国务院，复设国务院秘书厅和秘书长，独不恢复国务总理名义。6月29日黎元洪废国务卿，恢复内阁旧制。
1924年11月24日，内阁制再次被废。段祺瑞以临时执政兼为行政首长，直接指挥各部。直至1925年12月25日才复设国务院，任命国务总理。但内阁并无独立职权，与政事堂、国务卿无异。1927年6月18日张作霖就任陆海军大元帅，为最高军政首脑，其下仍置国务院，由包括国务总理和各部总长的国务员组成，辅佐大元帅政务：行政各部分农商部为实业、农工二部，合陆军、海军、航空署及不属内阁管辖的参谋本部为军事部，合计外交、军事、内务、财政、司法、教育、实业、农工、交通九部。由于军事部将军政和军令合而为一，军事独裁的性质更加明朗化。1928年6月3日，最后一届内阁随着北洋政府的覆灭而告结束。
