镰仓时代至室町时代有宋、元、明之交通，而医学亦受其影响。如宋之医方，由惟理学（一种哲学，以阴阳二元说明宇宙显象）而致一大变动。其论疾病、说治术者，皆莫不因哲学。当时，日本医学以宋医为师宗。然佛教已盛，而僧侣讲医学者渐多，于是医治之术益挟宗教臭味。
