鲁迅考入南京江南水师学堂的翌年，又改进江南陆师学堂附设的矿路学堂，在那里二年以二十一岁毕业了。关于他这时的生活，因为资料不足，不能加以详述。总之他在那里才知道这世上还有物理，以及数学、地理、历史、图画、体操等功课，等到看着木版的全体新论和化卫术生论时，他才知汉医的学说和开方完全是有意识的无意识的在骗人。知道日本维新是发端于西洋医学，也是在这时代。
他在这时代，主要是热心于科学；除此以外，也很喜好且购读着介绍西洋新思想的汉文书以及小说类。严几道和林琴南的译书，在这时很流行；前者有《天演论》、《法意》等；后者有小仲马的《茶花女遗事》和科南·道尔等的。他是每出必尽购，归来必细读。对于旧藉，不甚注意；只是很好写文章，有时也写一些随笔及诗文。十九岁之年所作的《戛剑生杂记》中，有如下的一则：
“行人于斜日将堕之时，瞑色逼人，四顾满目故乡之人，细听满耳皆异乡之语，一念及家乡万里，老亲弱弟必时时相语，谓今当至某处矣，此时真觉柔肠欲断，涕不可仰。故予有句云：日暮客愁集，烟深人语喧。皆所身历，非托诸空言也。”
他在矿路学堂毕业的翌年，二十二岁，由江南督练公所派往日本留学，旋入东京弘文学院。这学院，以教授日本语为主，是中国留学生一种预备校；即现在东亚学校的前身。
从这时起，他才稍有余暇，常读哲学和文学之书，开始留意人性及国民性问题。
渡日第二年，他往仙台医学专门学校入学。早即怀抱的西洋医学救国之素志，渐移于实践。其所以赴仙台的原故，似乎是厌恶东京留学生界的浮薄的氛围气。
在仙台医专，他是全校唯一的中国留学生。学生中有和他亲近的，而以轻蔑的眼睛看他的也很不少。他的生活可以说孤独且寂寥，不过，他在这里会着了终身难忘的恩师藤野严九郎教授。
藤野教授是担任解剖学的。色黑且瘦的脸上长着八字须，戴着眼镜，缓慢而很有顿挫的声调，穿衣裳太模糊了，有时竟会忘记带领结。这位教授，有一天，把鲁迅叫到自己的研究室里，叫他把讲义拿出来给他看。他把讲义交出，他收下了；二三日后，还给鲁迅，并且说：此后每一星期要送给他看一回。他打开一看，从头到尾都用红笔添改过了。不但增加了许多脱漏的地方，连文法的错误，也都一一订正。以后，这讲义的订正，一直继续了很久。学年末，他在本级一百四十二名中，博得第六十八名及格的成绩。成绩表是：
解剖，59.3；组织，72.7；生理，63.3；伦理，83.0；德文，60.0；物理，60.0；化学，60.0；平均，65.5。
第二学年，藤野教授所担任的功课，是解剖实习和局部解剖学。解剖实习了大概一星期，教授又叫鲁迅，仍用极有抑扬的声调对他道：
“我因为听说中国人是很敬重鬼的，所以很担心，怕你不肯解剖尸体。现在总算放心了，没有这回事。”
教授有时问他中国女人缠足是怎样裹法，足骨变成怎样的畸形？还叹息道：“总要看一看才知道，究竟是怎么一回事呢？”
有一天，本级学生会干事到他寓里，要借他的讲义看。他检出来交给他们，却只被翻检了一通，并没有带走。但他们一走，邮差就送到一封很厚的匿名信，拆开看时，第一句是：“你改悔罢！”其次的话，大略是说上年解剖学试验的题目，是藤野教授在讲义上做了记号，让他预先知道的，所以能有这样的成绩。
他便将这事告知了藤野教授，有几个和他熟识的同学也很不平，一同去诘责干事托辞检查的无礼，并且要求他们将检查的结果发表出来。终于这流言消灭了。可是他激起不可遏止的奋起之情。
第二学年有微菌的课目，细菌的形状是全用电影来显示的，一段落已完而还没有到下课的时候，便映几片时事的片子。那时正值日俄战争，片子当然是有关于此的了。
他在一张片子里看见一个中国人为俄国人作侦探，在一群中国人观之下被枪毙了。他有感，他痛苦，于是他想放弃积极的学医之志，去从事改革灵魂。拿什么去改革灵魂呢？他认为除以文学之力是没有其他方法的。
到第二学年终结，他去拜访藤野教授，告诉他将不学医学，并且离开这仙台。教授的脸，仿佛有些悲哀，似乎想说话，但竟没有说。
“我想去学生物学，先生教给我的学问也是有用的。”因为教授的脸有些凄然，鲁迅便说了一个谎话。可是教授叹息地说：“为医学而教的解剖学之类，怕于生物学也没有什么大帮助。”
鲁迅离开仙台数日前，教授叫鲁迅到他家里去，交给鲁迅一张照相，后面写着两个字：“惜别”，还说希望鲁迅也送给他一张。
以后，鲁迅竟没有实行，信也没有写。不过，鲁迅却作了比这约定还有意义的一件事。他在以后曾写过一篇《藤野先生》。昭和十年，佐藤春夫和增田涉于岩波文库版鲁迅全集上梓时，曾将采录作品目通知于鲁迅，鲁迅回答说：“勿论如何，希望把《藤野先生》加进去。”从这一点看起来，鲁迅是私下祈念着藤野教授能够看着那一篇文章，他的目的终达到了。不过，没有告诉鲁迅。这事揭载在杂志《文学案内》上，稍被一般人知道的时候，已是鲁迅死后的翌年，昭和十二年一月了。
藤野教授是明治七年生于福井县坂井郡本藏村下番，爱知县立医学专门学校出身后，即执教鞭于该校；明治三十四年暮，转职于仙台医学专门学校，在职至大正四年春；以后归到乡里，开医院于三国町。大正八年，因在“实家”仍以医开业的“实兄”亡故，其长男尚在修学中，接办“实家”的诊疗，迄至昭和八年；其时亡兄之遗儿业已在本郡芦原温泉开业，基础亦已相当巩固，于是将“生家”以作亡兄的遗儿的“出张诊疗所”，自己就中止往“生家”去诊察。这前后虽然各部落发起迎他的运动，但他不愿意离开生地，只租借私塾时代恩师的旧宅前农家的一部分，以为诊疗所，每日由另设的住宅，乘电车通勤从事于诊察。患者不消说尽是农民了。他对于患者的态度，始终是周到和恳切，有以老身献于村民的观念，同时也受村民深深的敬慕和依赖。
这老人的消息，是自从该地方的新闻记者坪田和雄、川崎义盛、牧野久信三人，在杂志《日本评论》上，增田涉的《鲁迅追忆记》里知道了藤野教授，私念这藤野教授不就是同人等所知道的藤野医生么？前去一问，判明果然是的，于是三人合写了《藤野医师访问记》载于《文学案内》，以后才被一般人周知了。
鲁迅在藤野先生一文里，是如此地写着：
在我所认为我师之中，他是最使我感激，给我鼓励的一个。有时我常常想：他的对于我的热心的希望，不倦的教诲，小而言之，是为中国，就是希望中国有新的医学；大而言之，是为学术，就是希望新的医学传到中国去。他的性格，在我的眼里和心里是伟大的，虽然他的姓名并不为许多人所知道。
他所改正的讲义，我曾经订成三厚本，收藏着的，将作为永久的纪念。不幸七年前迁居的时候，中途毁坏了一口书箱，失去半箱书，恰巧这讲义也遗失在内了。责成运送局去找寻，寂无回信。只有他的照相至今还挂在我北京寓所的东墙上，书桌对面。每当夜间疲倦，正想偷懒时，仰面在灯光中瞥见他黑瘦的面貌，似乎正要说出抑扬顿挫的话来，便使我忽又良心发现，而且增加勇气了。
鲁迅燃起文学运动之热是在他回到东京以后。其实，他想写文章之心，不一定是从看时事片子时突然而起的，入医专以前，二十三岁时，已经在同乡留学生等所办的《浙江潮》上，发表过一篇热情勃勃的《斯巴达之魂》，这足证他向文学之心，很早就有了萌芽。
鲁迅虽是这样地回到了东京，而对着这样的鲁迅的东京友人们的眼睛，是十分冷淡的。当时占据着中国新青年的心的，是实学；所以都认为学法政或理工是当然，同时皆以文学是时代错误无用的长物，与其说全然不顾，勿宁说是被轻蔑着。因此，当然不能以好感来欢迎志于文学的鲁迅。甚至有人说看着他和日本妇人结了婚，而且还领着孩子在神田散步呢，等等无稽的谣言都飞散了。
这谣言传到了故乡，故乡像发箭似地来信催促他回国。他无已归到故乡；并且在亲戚和家人逼迫之下，与山阴的朱女士结了婚；不过在第七天上，他就离别新妻，和才毕业于江南水师学堂想到日本去的弟弟作人又到了东京。这结婚不用说是顺从母亲之命遵守古惯习的，似乎没有给他以幸福；他之所以服从的原因：一是想安母亲之心的孝行，二是时代的新气运还未成熟到革新结婚制度的地步。
他这次回到东京之后，从对待他的周围冷空气之中，设法获得了几个同志，进行创刊一杂志，表题也规定叫《新生》。计划虽然一步一步地进展着，可是同伴心情大半都还没有一定，结果在将要出版的时候，皆逃避了，最后剩下不名一钱的三个人。因为这个原故，《新生》是在未诞生以前，已经溃灭了。
鲁迅对于这事，非常失望，不过也没有当取的别的手段。翌年，他为《河南杂志》写了《人之历史》、《科学史教篇》、《文化偏至论》、《摩罗诗力说》等数篇文章，才得稍慰其忧郁。介绍《进化论》的《人之历史》以下的皆为启蒙的论文，其中《摩罗诗力说》是赞美裴伦、普式庚、来尔孟多夫、但丁、伊孛生、裴彖飞等反抗诗人的力篇；因为是在白话文运动以前的事情，所以完全是拘泥古文体，皆如《摩罗诗力说》其中之一段：“今索诸中国，为精神界之战士者安在？有作至诚之声，致吾人于善美刚健者乎？有作温煦之音，援吾人出于荒寒者乎？家国荒矣，而赋最末哀歌，以诉天下贻后人之耶利米，且未之有也。”的调子。同时，他为继续学习医专习得的德文到“独逸语教会学校”当听讲生；更与友人数名，同到一位亡命的俄国夫人那里，学习俄语，后因财力关系，未能长续下去。
时在一九〇八年，中国政局，甚为紊乱，鲁迅仍以改革人性为素志；于该年，与友人数名入章炳麟之门，听受《说文解字》的讲义。又与法政大学预科的弟弟作人，着手翻译外国小说。
关于他这时的身边氛围气，恰好他在一篇文章详细地记载着；若据这篇文章，则是那时东京正传着他的同乡徐伯荪死去的消息，照例是开同乡会，发吊电的。当鲁迅说出赞成发电之后，即有一种钝滞的声音跟着起来。
“死的死掉了，还发什么屁电报呢。”
鲁迅吃惊地往那说话的方向一看，一个高大身材，长头发的人蹲在席子上，转着白多黑少的眼珠，正向这边瞧着呢；一打听旁人，原来这人名叫范爱农，是徐伯荪的学生。他不了解这人的心，不过主张发电的居多数，他屈服了。当推举拟电报稿者时，他又嘟哝着：“何必推举呢？自然是主张发电的人啰。”
以后鲁迅也明白了，一群同乡为什么嫌恶他；范爱农其所以露出这态度的原故，只不过代表着他们厌恶鲁迅罢了。至于以前所放的流言，说鲁迅与日本妇人结婚领着孩子在神田散步的，其实也就是他们厌恶鲁迅的结果；厌恶鲁迅的原因，主要是鲁迅厌恶他们的形式主义和堕性，而且鲁迅的直率的性情，未加防备地就有意无意的露出表面来招了他们的反感。
鲁迅和周作人共同着手的翻译，在翌年一九〇九年以《域外小说集》为题上梓了二卷。不用说是古文体。第一册为千部，第二册为五百部；印刷费是由友人蒋鸿林援助代付的。作品是英、美一人一篇，法国二人六篇，丹麦一人一篇，俄国五人十八篇，波兰一人四篇，波思尼亚一人二篇，新希腊一人三篇，芬兰一人一篇，合计三十七篇。其中，确为鲁迅译述的，只有由德语重译的安特来夫二篇和迦尔洵一篇。
当时的鲁迅和周作人的读书倾向，周作人有一篇详细的叙述文章，因其过长，只截录一节。他说：
豫才不知何故深好安特来夫，我所能懂而喜欢者只有短篇《齿痛》，七个绞死的人与大时代的小人物的《忏悔》二书耳。那时日本翻译俄国文学尚不发达，比较的绍介得早且亦稍多的要算屠介涅夫，我们也用心搜求他的作品，但只是珍重，别无翻译的意思。每月初各种杂志出版，我们便忙着寻找，如有一篇关于俄文学的绍介或翻译，一定要去买来，把这篇拆出保存，至于波兰自然更好，不过除了《你往何处去》，《火与剑》之外不会有人讲到的，所以没有什么希望。
此外再查英、德文书目，设法购求古怪国度的作品，大抵以俄、波兰、捷克、塞尔比亚、勃耳伽利亚、波思尼亚、芬兰、匈加利、罗马尼亚、新希腊为主，其次是丹麦、瑙威、瑞典、荷兰等，西班牙、义大利便不注意了。那时日本大谈自然主义，这也觉得很有意思的事，但是所卖的法国著作大约也只是弗罗贝尔、莫泊三、左拉诸大师的二三卷，与诗人波特莱耳、威耳伦的一二小册子而已。上边所说偏僻的作品英译很少，德译较多，又多收入《勒克兰》等丛刊中，价廉易得，当开单托相模屋书店向丸善定购，书单一大张而算帐起来没有多少钱，书店的不惮烦肯帮忙也是很可感的，相模屋主人小泽死于肺病，于今却已有二十年了。
这许多作家中间，豫才所最喜欢的是安特来夫，或者这与爱李长吉有点关系吧，虽然也不能确说。此外有加尔洵，其《四日》一篇已译登《域外小说集》中，又有《红花》则与莱耳孟托夫的《当代英雄》、契河夫的《决斗》，均未及译；又甚喜科洛连珂，后来只由我译其《玛加耳的梦》一篇而已。高尔基虽已有名，《母亲》也有各种译本了，但豫才不甚注意，他所最受影响的却是果戈里，《死灵魂》还居第二位，第一重要的还是短篇小说《狂人日记》，《两个伊凡尼支打架》，喜剧《巡按》等。波兰作家最重要的是显克微支，《乐人扬珂》等三篇，我都译出登在小说集内，其杰作《炭画》后亦译出，又《得胜的巴耳得克》未译，至今以为憾事。用幽默的笔法写阴惨的事迹，这是果戈里与显克微支二人得意的事，《阿Q正传》的成功其原因亦在于此。捷克有纳卢陀、扶尔赫列支奇，亦为豫才所喜；又芬兰乞食诗人丕佛林多所作小说集亦所爱读不释者，均未翻译。匈加利则有诗人裴彖飞，死于战争，豫才为《河南杂志》作《摩罗诗力说》，表章摆伦等人的‘撤但派’，而以裴彖飞为之继，甚致赞美。
鲁迅对于日本文学，殊不注意，当时风靡文坛的自然主义文学，亦未顾及。燃烧着新兴和革新希望的他，虽读过森鸥外、上田敏、长谷川二叶亭，只不过重其批评或译文；惟对夏目潄石的作品颇为爱读，这并不是和潄石的精神或人生观有所共鸣，仅爱其谐谑的轻妙和笔致罢了。
《域外小说集》上梓的结果是如何呢？第一册是在二月，第二册是在六月出版，委托贩卖地是东京和上海。在东京，第一册和第二册只各卖掉二十本，在上海大约也是这程度。因此，鲁迅兄弟虽有以后续出的计划，不得已地只以这二册中止了。
后来，鲁迅因为故乡家庭有担负的责任，不能永住在东京，于是在《域外小说集》出第二册的时候，抛下许多留念，回到了故国。
