民国十二年，他与周作人分别，迁居到砖塔胡同六十一号；更于该年暮，买取阜成门内西三条胡同二十一号之家，翌年五月移入该处。这迁移，据说是因为与周作人发生不和，但其详细不大分明。跨这两年，他将在学校写成的讲义《中国小说史略》上卷及下卷上梓；自民国十二年，除在从来的北京大学、北京高等师范学校，又兼任北京女子高等师范学校及世界语学专门学校的讲师。大概因为身边太忙的原故吧，在这民国十二年里，他全然没有发表小说。但一入民国十三年，以《祝福》一篇为起始，又继续发表起来。这年，他又与孙伏园、刘半农、周作人等十数同人组织发刊周刊文化杂志《语丝》，挥笔社会的短评；翌民国十四年，又和几个同志组织未名社，开始海外文学启蒙的介绍；更创刊周刊——后改为半月刊的文艺杂志《莽原》，担任其编辑。从这些看来，他的活动，显着是很活泼的。
从右述的诸活动之中，关于鲁迅的《中国小说史略》，有一言及之必要。这是他在北京大学的讲义要略，是将长历史间多姿多态的中国小说，依独自的合理的分类法，整然地与以系统，是中国小说史研究上划时代的著作。小说在中国，是通俗读物，为一般识者所不顾的，所以关于小说及小说书的记载，只不过极其断片的残留在过去学者的笔录之中，搜集这些已经是不平凡的努力，而要加以小说史的分类整理，确实是至难之业。所以，这书一出世，即博得斯界的绝赞，而从受其刺激和激动不断出现新研究者的状态上看来，并不低劣于在新文学方面的，他作为小说史家的大功绩，由这册书给奠定了。
在这年——民国十三年五月三十日，发生了事件，于是中国的新文化界有了比六年前的五四时期还显着的变动，说不定鲁迅是叫这氛围气逼的活跃起来的。
这时北京，教育总长章士钊主唱复古运动，发刊《甲寅周刊》；与此共鸣的女子师范大学校长妇人杨荫榆，借故压抑学生。学生骚然，结果在张士钊大弹压之下封锁了学校。为这学校讲师的鲁迅，对于这举动，表示了不满，与多数职员组织校务维持会，在另一地点，继续授课。因此他被章士钊免了教育部的职务，且支持章氏一派的杂志《现代评论》的论客陈西滢，不仅不断地用曲笔漫骂着学生，同时还为鲁迅等乱造谣言，鲁迅是始终为这事而笔战着。
不过，翌年一月，章士钊一派终于被免职，女子师范大学恢复原状，鲁迅再回到教育部就其原职了。
当时陈西滢攻击鲁迅的笔调，极其辛辣：说他有绍兴师爷的气质；说他执笔必陷人以罪状；说他不能减人之罪只有加罪；说他不是断章取义而是揑造事实。曾有如下的冲击鲁迅的痛处而尖锐地逼迫着：“他在出了象牙之塔的后记里，说起不原译《文学者和政治家》一文的理由。他说‘和中国现在的政客官僚们讲此事，却是对牛弹琴；至于两方面的接近，在北京却时常有，几多丑态和恶行，都在这新而黑暗的阴影中开演，不过还想不出作者所说似的好招牌。’你看这才不丑为‘青年叛徒的领袖’！他那种一见官僚便回头欲呕的神情，活现在纸上。可是啊，可是他现任教育部的佥事。据他自己的自传，他从民国元年便作了教育部的官，从没脱离过。所以袁世凯称帝，他在教育部；曹锟贿选，他在教育部；‘代表无耻的彭永彝’做总长，他也在教育部；甚而至于‘代表无耻的章士钊’免了他的职后，他还大嚷‘佥事这一个官儿倒也并不算怎样的区区’，怎样有人在那里钻谋补他的缺，怎样以为无足轻重的人是‘慷他人之慨’，如是如是，这样这样……这像‘青年叛徒的领袖’吗？”
在这状态之中，鲁迅除写了无数随笔杂感类，译了厨川白村的《苦闷的象征》和《出了象牙之塔》等以外，还作了小说十一篇；后来合并为一本，题名叫《彷徨》。
《彷徨》中的作品，比《呐喊》时代的作品，并无有多少大的差异，仍然是用力攻击着中国人的旧习和颓废，不过这些已没有以前的重量，并失去以前常见的悲愁和感伤的美丽，多少有极冷的凄凉。不拘外界的新文化运动是如何地炽烈，而与这相反渐次地他感到了绝望。在《孤独者》末尾，他写到：他在不妥帖的衣冠中，安静地躺着，合了眼，闭着嘴，口角间仿佛含着冰冷的微笑，冷笑着这可笑的死尸。
敲钉的声音一响，哭声也同时迸出来。这哭声使我不能听完，只好退到院子里；顺脚一走，不觉出了大门了。
我快步走着，仿佛要从一种沉重的东西中冲出，但是不能够。耳朵中有什么挣扎着，久之，久之，终于挣扎出来了，隐约像是长嗥，像一匹受伤的狼，当深夜在旷野中嗥叫，惨伤里夹杂着愤怒和悲哀。
这里，他悲叹这作品中的主人公“亲手造成孤独，又放在嘴里去咀嚼的人的一生”，以为简直就是他自己的一生。于是他才与文化界一般的人走着不同的步调，带着孤高之风。
在他散文诗里，有一篇《求乞者》，这颇能表现他当时灰色的心境。
我顺着剥落的高墙走路，踏着松的灰土。另外有几个人，各自走路。微风起来，露在墙头的高树的枝条带着还未干枯的叶子在我头上摇动。
微风起来，四面都是灰土。
一个孩子向我求乞，也穿着夹衣，也不见得悲戚，而拦着磕头，追着哀呼。
我厌恶他的声调，态度。我憎恶他并不悲哀，近于儿戏；我烦厌他这追着哀呼。
我走路。另外有几个人各自走路。微风起来，四面都是灰土。
一个孩子向我求乞，也穿着夹衣，也不见得悲戚，但是哑的，摊开手装着手势。
我就憎恶他这手势。而且，他或者并不哑，这不过是一种求乞的法子。
我不布施，我无布施心，我但居布施者之上，给与烦腻，疑心，憎恶。
我顺着倒败的泥墙走路，断砖叠在墙缺口，墙里面没有什么。微风起来，送秋寒穿透我的夹衣，四面都是灰土。
我想着我将用什么方法求乞：发声，用怎样声调？装哑，用怎样手势？……
另外有几个人各自走路。
我将得不到布施，得不到布施心；我将得到自居于布施之上者的烦腻，疑心，憎恶。
我将用无所为和沉默求乞！……
我至少将得到虚无。
微风起来，四面都是灰土，另外有几个人各自走路。
灰土，灰土？……
……
灰土……
鲁迅自己对于汉文学有很深的造诣，然而对于青年学生却说这是无用之物。他说：
我看中国书时，总觉得就沉静下去，与实人生离开；读外国书——但除了印度——时，往往就与人生接触，想做点事。
中国书虽有劝人入世的话，也多是僵尸的乐观；外国书即使是颓唐和厌世的，但却是活人的颓唐和厌世。
我以为要少——或者竟不——看中国书，多看外国书。
少看中国书，其结果不过不能作文而已。但现在的青年最要紧的是‘行’，不是‘言’。只要是活人，不能作文算什么大不了的事。
这文章，招到一部人士非常的愤激，甚至有人叫他“脱离中国国籍”，不过是得再一看与此关系文学素养的话的。
新近看见一种上海出版的期刊，也说起要做好白话须读好古文，而举例为证的人名中，其一却是我。这实在使我打了一个寒噤。别人我不论，若是自己，则曾经看过许多旧书，是的确的，为了教书，至今也还在看。因此耳濡目染，影响到所做的白话文上，常不免流露出它的字句，体格来。但自己却正苦于背了这些古老的鬼魂，摆脱不开，时常感到一种使人气闷的沉重。就是思想上，也何尝不中些庄周、韩非的毒，时而很峻急。孔、孟的书我读得最早，最熟，然而倒似乎和我不相干。大半也因为懒惰吧，往往自己宽解，以为一切事物，在转变中，是有多少中间物的。动植之间，无脊椎和脊椎动物之间，都有中间物；或者简直可以说，在进化的链子上，一切都是中间物。当开首改革文章的时候，有几个不三不四的作者，是当然的，只能这样，也需要这样。他的任务，是在有些警觉之后，喊出一种新声；反因为从旧垒中来，情形看得较为分明，反戈一击，易制强敌的死命。但仍应该和光阴偕逝，逐渐消亡，至多不过桥梁中的一木一石，并非什么前途的目标，范本。跟着起来便该不同了，倘非天纵之圣，积习当然也不能顿然荡除，但总得更有新气象。以文字论，就不必更在旧书里讨生活，却将活人的唇舌作为源泉，使文章更加接近语言，更加有生气。至于对于现在人民的语言的穷乏欠缺，如何救济，使他丰富起来，那也是一个很大的问题，或者也须在旧文中取得若干资料。
在这鲁迅的言语里，是有某种暖昧的。中国青年从汉文学中求生活，他极力反对虽是事实，而学取传统的文章，大概大致于反对吧。他的文章本身若是由于很能咀嚼传统而写出来的，那么他“苦于背了这些古老的鬼魂，摆脱不开，时常感到一种使人气闷的沉重”的言语，就多少得打折扣。他之所以这样说的原故，多半是对于一部分复古主义者的攻击，决不是一种谬论。
在女子师范大学鲁迅的学生之中，有个广东人名叫许广平的。他是爱国心切富于广东人果敢精神的女性；时常以信向鲁迅做种种质问，鲁迅按信答复，因是二人之间开始了书信的往返。在鲁迅的回信里，表现着率直的心怀，颇为有趣。这些往返的信，以后都收在《两地书》里。
鲁迅在给她的信里，称呼她特用与男性通常称呼无异的“广平兄”。不过，后来她是他的爱人。再后，她更是他的妻了。
鲁迅和她正在热恋之中，民国十五年三月十八日发生了三·一八事件。在执政府前，死去学生四十八名，有二百来名负了伤。这事件，使鲁迅痛愤地感到北京早已不是人间世。然而，这惨事发生不久，对北京教育会六人，又对四十四名作家、教授以及新闻记者下了逮捕令。鲁迅是这四十四人中之一人。他展转逃入外国医院去避难，发表了好多悲壮痛烈的文章；尤其是，他对于女子师范大学他的学生且是他的爱读者的刘和珍女士之死去，感到极度的愤怒和悲凉，写了一篇很长的纪念文。
这年八月，他由与他同样逃难到乡里厦门，就任厦门大学文科主任林语堂之斡旋，被招聘为厦门大学的教授；于是离弃长居十五年的北京，和爱人许广平女士，开始了南下之旅。
