满洲太宗下令退军，众贝勒都来劝谏阻拦。太宗把缘由详述一番，说得众贝勒个个叹服。原来，太宗是担心将士作战已久，个个劳累不堪，而且又没有后援，再不退兵就犯了兵家大忌；就算攻下了城，也是守不住的，一旦明廷的援军四集，反而进退两难，所以决意离京。如果先把京城搅扰得民穷财尽，激起内乱，然后再乘隙而入，那明室江山也就唾手可得了。
太宗当下率领全军退到通州，那时是天聪四年。到通州后，又渡河东行，攻克香河、永平、遵化、迁安、滦州，径直进军昌黎。左应选率兵民固守，太祖连番进攻，都被击退。听说明廷又起用孙承宗代袁崇焕守山海关，太宗怕他率兵前来截断归路，便匆匆地收兵回国。回到国都后，文武各官都上奏庆贺，但太宗仍然面有忧色。众贝勒都进来问他怎么了，太宗说：“袁蛮子虽然已进监狱，终究还没死，假如他被释放出来，又要与我作对，所以我放心不下。等他死了，你们再向我庆贺吧。”
过了几天，探子偷偷地送信说：“袁崇焕已被处死，而且还被抄家。”太宗才松了一口气说：“这人总算死了，咱们可以长驱直入明境了。”当时范文程在旁边，太宗便对他说：“这次范先生立了首功。”范文程回答说：“袁崇焕虽然已经死了，但孙承宗还在，山海关还是不容易拿下。”太宗说：“等明年再说。只是明兵喜欢用大炮，我国刚好没有这种武器，必须赶紧制造，才好攻打明朝。”范文程说：“这正是最要紧的事情。”随即招募工匠铸起红衣大炮，令军士练习射击。
转瞬间又是一年，众贝勒请求攻明，太宗和他们约定秋高马肥时进兵。当时孙承宗督师关上，收复滦州、迁安、永平、遵化四城，然后又整缮关外旧地，威名大震。没想到来了一个辽东巡抚邱禾嘉，与孙承宗意见不合。孙承宗决议先修筑大凌河城，邱禾嘉偏要同时修筑右屯城。工程日久，两城都还未完工，满军已进军城下，当时是天聪五年八月。
太宗带领精骑到了大凌河，掘壕竖栅，四面合围，让贝勒阿济格等人率兵前往锦州，阻击山海关的援兵。邱禾嘉听说满军已到，急忙率总兵吴襄、宋伟从宁远赶赴锦州。当时阿济格军还在途中，锦州城下，不见满军踪迹。邱禾嘉令吴襄、宋伟率兵进发到长山口，遇着满军，彼此交战，不分胜负。两边鸣金收军，扎好营寨，准备第二天继续拼杀。当天傍晚，太宗到阿济格营内亲自督战。
第二天，天色微明，满兵已张开两翼向明营扑来。不到一个时辰，就杀得宋伟和吴襄大败，两路残军，抱头奔窜。逃了几里，忽然前面来了一支人马，都身着满洲军的衣服，挡住明军去路，眼看着后面的追兵也到了，吴襄、宋伟只得拼命杀出重围，奔回锦州。邱禾嘉见了残军，惊惶万状，却又束手无策。此时，大凌河城虽连章告急，邱禾嘉却装聋作哑全不理睬。
大凌河城的守将是祖大寿和何可纲。他们本是怨恨明帝，但看在孙承宗的面上，才坚守此城。听说援兵已经败回，格外沮丧。祖大寿有一个兄弟叫祖大弼，曾是副总兵，有万夫不敌之勇，军中称他为万人敌；又因他向来粗莽，不管死活，别号“祖二疯子”。他仗着勇力，一意主战，趁夜率一百二十多名士兵装成满军，来到城下偷袭满营。正好太宗还没睡下，在帐中审阅文书，祖大弼拿着大刀率先入帐，用大刀左右乱劈，砍倒两名侍卫。太宗见祖大弼入帐行凶，忙拔出腰下佩剑，挡住祖大弼的大刀。当下交战几个回合，太宗不敌祖大弼，渐渐退后。祖大弼手下的士兵也陆续入帐，太宗正有些慌忙，幸亏阿济格带领十几个侍卫及时赶到。酣战一场，满洲侍卫有不少人受伤。等到满军越来越多，祖大弼才呼啸一声突围而去，此时祖大寿才知祖大弼出城劫营，忙率兵接应他回城。祖大弼检点部下，不少一人，只有几名士兵负伤。
第二天早晨，太宗下令急攻大凌河城，被祖大寿、何可纲抵死击退。又过了几天，满军的红衣大炮到了，击坏城外好几个堡垒。接着轰城，城墙被毁了一半，城中仍然固守。直到冬天，城里的粮食已经吃光了，然后开始吃牛马；牛马也吃光了，就开始吃人。祖大寿天天盼着援军，可援军就是不来，只有满主的招降书多次被射入城中，祖大寿不免动摇，便与何可纲密议。何可纲反对投降。祖大寿也顾不得何可纲了，夜里令部下亲兵到满营城下献上投降书，并决定第二天傍晚献城。何可纲得知，急忙来拦截，被祖大寿一箭射倒，由满军捉去。城内的士兵走的走，降的降。何可纲见了太宗，始终不肯投降，从容就刑。祖大弼不服兄意，一早就率将士出城去了。
祖大寿叩见太宗，太宗格外优待他，赐他一樽御酒。当天傍晚，祖大寿仍在大凌河城休息，梦见何可纲来索命。惊醒之后，想到自己卖友求荣，心里很过意不去。踌躇了好久，又忏悔了好久。第二天，去见太宗，太宗正在商议进取锦州。祖大寿献计说：“拿下锦州不难。我的家小都在锦州，锦州的守将还不知道我降顺天朝，如果我假装逃回到锦州，作为内应，陛下发兵外合，取锦州易如反掌。我的家小，也可趁此接来。”太宗说：“你不要食言！”祖大寿发誓以后，太宗让他出发。到了锦州，祖大寿听说邱禾嘉已经被弹劾，调往南京。关上督师孙承宗也被诬陷，请求辞官回家。祖大寿又把锦州巩固一番，诡报满洲太宗，说：“这里我的心腹很少，各处客兵很多，巡抚巡按防守很严，请您先别急着发兵。”太宗于是班师而去。
这年冬天，孔有德大闹登州，赶走登莱巡抚孙元化，杀了总兵张可大。第二年，四万明兵攻打登莱，孔有德等人打不过，向满洲告急。太宗认为朝鲜已归服于他，登莱也没什么用，于是让孔有德等人返回满洲。孔有德便和耿仲明将金银珠宝装了几船，来到沈阳见了太宗说：“辽东旅顺是要塞，现在守备空虚，可以去偷袭。”太宗于是发兵千名，让孔、耿二人去袭击旅顺。过了几天，军中报捷说旅顺已攻下，杀死明总兵黄龙，招降副将尚可喜。太宗大悦，让孔、耿二人回国，留尚可喜据守旅顺。孔、耿奉命回国，孔有德受封为都元帅，耿仲明受封为总兵官，之后，尚可喜也被封总兵。从此耿、尚、孔三将，居然成了满洲的开国功臣了。
满洲太宗从大凌河城班师回国后，养精蓄锐。一年后的一天，满洲太宗校阅完军队，下令随征察哈尔部，并征集各部蒙古兵向辽河进发。察哈尔部在满洲西北，源出蒙古，是元朝末代顺帝的子孙。当年满洲太祖起兵的时候，察哈尔的势力非常强大，曾做内蒙古各部的盟长。察哈尔部的首领是林丹汗。天命四年，林丹汗以狂妄的口气致信满洲。随后又掠夺蒙古诸部，诸部苦不堪言，多来归服满洲，请满洲出兵讨伐察哈尔部。太宗趁兵马强壮，便发兵渡了辽河，绕过兴安岭，攻入察哈尔背后。林丹汗猝不及防，只得徒步逃跑。满军乘势追杀，一直追到归化城，捉不到林丹汗，却拿明朝边境的百姓出气，将归化城劫掠一空。
满洲太宗两次入明，所得财帛不计其数，再加上内蒙古各部落都被收服，正是府库日丰、版图日阔的时候。一天，察哈尔部遗族来投降。太宗问明缘由，才知林丹汗逃奔青海，因病身亡，他的儿子额哲势孤力竭，只得率领家属向满洲乞降。太宗当下开城纳入额哲并接受他的降礼。额哲献上了一个无价的宝物。
这宝物正是元朝历代皇帝的传国玺。太宗得玺后，焚香告天，非常得意，于是开朝庆贺。诸贝勒联名上疏，请太宗进尊号。边外诸国派遣使者献书，愿做臣属。蒙古各部也将几个有姿色的女子献给满洲太宗。太宗随即创设三院：内国史院，内秘书院，内弘文院。国史院负责编制实录，记录国主起居情况；秘书院负责草拟敕书，收发奏章；弘文院负责讨论古今政事得失。太宗让范文程召集三院文官，策划称尊典礼。又修建天庙天坛，添造宫室殿陛。不到几个月，称尊大礼已经策划好，建筑也告成，随即尊太宗为宽温仁圣皇帝，改国号为大清，改天聪十年为崇德元年。选了吉日，祭告天地。当下下令在天坛东首另筑一坛，排齐全副仪仗，簇拥御驾，登坛即位。这天，天气晴和，晓风和煦，满洲文武百官，都随太宗来到天坛，司礼各官已敬候两旁，焚起香烛。
太宗下了御驾，龙行虎步地走近香案对天行礼。拜跪完，司礼官读过祝文后，诸贝勒拥着太宗走上高坛。太宗走到绣着金团龙的大坐椅前，徐徐坐下，只觉得万人屏息，八面威风。诸贝勒大臣以及外藩各使都恭恭敬敬地向皇上行三跪九叩礼。孔有德、耿仲明等降将格外严肃谨慎，遵礼趋跪，不敢稍错分毫。宣诏大臣捧着满、汉、蒙三种文书，站在坛东，布告众人，坛下的军民黑压压地跪了一地。等到宣诏官读完谕旨，众人一齐高呼“万岁万岁”，声音远驰百里。礼毕，太宗慢慢下坛，由众贝勒大臣护驾回宫。
第二天，供上列代帝祖尊号，追尊努尔哈赤为承天广运圣德神功肇纪立极仁孝睿武端毅钦安弘文定业高皇帝，庙号太祖，追封功臣，配享太庙。称宫殿正门为大清门，东门为东翊门，西门为西翊门，大殿正殿仍遵太祖时所定名号，只有后殿改名中宫，是皇后居住的地方。中宫两旁添置四宫：东为关雎宫，西为麟趾宫，次东为衍庆宫，次西为永福宫，作为藏娇的金屋。册封大贝勒代善为礼亲王、贝勒济尔哈朗为郑亲王、多尔衮为睿亲王、多铎为豫亲王、豪格为肃亲王、岳托为成亲王、阿济格为武英郡王。此外文武百官，都有封赏。任命范文程为大学士，作为宰相。孔有德、耿仲明、尚可喜三降也因劝进有功，得了恭顺王、怀顺王、智顺王的称号。整个满洲国喜气洋洋，只有太宗一人不怎么惬意。这是为什么呢？原来当天称尊登极时，外藩各使都行跪拜礼，只有一国使臣不肯照行，因此违逆了太宗。太宗便想出一条以力服人的计策来。
