就在袁世凯拒绝南下的时候，临时副总统黎元洪呈交了辞职电文，交送南京参议院。二月二十日，参议院召开临时副总统选举会，投票公决，全院仍然一致选黎。黎不便力辞，只好接受。
于是，南京临时政府派遣教育总长蔡元培为专使，汪精卫、宋教仁为副使北上。此时，唐绍仪已经到达南京，知道无法协商，只好同专使北行。专使于二月二十一日出发，二十七日到北京。正阳门外彩棚高搭，悬挂着巨大的匾额，上面用翠柏扎出的两个斗方大字“欢迎”。两字旁还竖着两面大旗，有红黄蓝白黑五色，隐喻五族共和。街道的左右站着军队，立枪致敬。老袁特派的专员，出城迎接。城门大开之时，军乐齐鸣，鸣炮十余下，作为欢迎南使的先声。蔡专使带着汪、宋，与唐绍仪下车步行入城。专使下榻的宾馆早已精心打点好，馆中物件样样具备，宾馆外有禁军特别保护。
第二天一早，蔡元培与汪精卫、宋教仁一起去拜见袁世凯。名帖一经送入，袁世凯立即出来迎见。双方行过礼、分宾主坐定后，蔡元培起身将孙中山的书函和参议院的公文交给袁世凯。袁世凯读完后，皱着眉头道：“我非常希望能南下与诸位同仁建立共和，无奈北方局势还不稳定，一时无法脱身。我年近六十，自问才力，实在无法承担总统的重任，只希望在共和体制下，做一个太平盛世的百姓。不知南方各位同仁，为何推举老朽？难道莽莽中原，除了我之外，就没人能担此重任了吗？”蔡元培道：“先生老成持重，海内闻名，何必过谦？江南军民都盼着一睹先生风采，聆听先生的高谈。如果先生不能南下，恐怕南方人士还以为先生有什么意见，反而招来闲言。”袁世凯又说道：“北方要我留下，南方又要我前去，可惜我没有分身术，可以彼此兼顾。但若论及国都问题，依愚所见，主张北方。”
宋教仁年轻气盛，有些忍耐不住，朗声说道：“袁老先生的主张，鄙人认为未必可行。此次民军起义，从武昌发起，至南京告成，在南京已设临时政府、参议院。由于孙总统辞职，现在特举老先生继任，先生既受国民重托，理当以民意为重，怎能对北京恋恋不舍呢？”袁世凯摸着胡须微微笑道：“南京地处偏隅，无法统驭中原。而北京为历代都会，元、明、清三朝均以此为根据地。我若舍此适彼，安土重迁，不仅北方人士不答应，就是外国各使馆也未必肯迁移。”宋教仁道：“天下事不能一概而论。明太祖建都金陵，不也统一北方了吗？如担心与外国人发生争执，我国并非被保护国，主权在自己手中，若要南迁，他们也无权干涉。何况庚子拳乱后，东交民巷已成外使的势力圈。他们储械积粟，驻兵设防，北京只要稍有变动，他们就会制我国于死地。民国刚建立，我们正好借南迁摆脱羁绊。如果按先生的意思仍定都北京，那么就像受了清帝的委任似的。他日，民国史上，或许会认为先生是刘裕、萧道成之辈。先生如若为此承受污名，也太不值了！”听到这番话，袁世凯有些愤懑，正准备与他争辩，忽见唐绍仪过来。一番寒暄过后，唐绍仪道：“国都问题，不如他日召集国会公决。今日诸位到此，无非是邀请袁老南下，何必多费唇舌？诸位远道而来，袁老自然以诚相迎，若能抽身南下，肯定不会辜负各位盛意。”此时，袁世凯起座说道：“老唐此言甚对，我敬谢诸位及孙总统和议员的盛情推举，定会竭尽全力为国图利、为民造福。请诸位略等三五天，如若北方平静，再南下也不迟。”说完，便命手下设席接风。
席后，蔡元培一行人回到宾馆。汪精卫向蔡元培问道：“先生，你看老袁究竟什么意思？”蔡元培徐徐答道：“难以预料啊！”宋教仁道：“一看老袁的行动，便知他诡计多端，今日如此，明日可就说不定了。”蔡元培道：“他用诈，我用诚，他或许负我，可我不负他，这也算问心无愧了。”宋教仁道：“蔡先生光明磊落，老袁却狡猾得很，恐怕此番跋涉是徒劳了！”
用完夜膳，三人闲谈片刻后便各自安睡了。睡得正酣时，忽然听见外面人嚷马嘶，又传来枪弹声、屋瓦爆裂声、墙壁坍塌声。三人慌忙披衣起床，开窗一看，外面已是火光熊熊。正在惊诧的时候，突然听见一声枪响，一粒流弹飞入窗中，将室内的墙壁击出一洞。蔡元培焦急地说道：“好厉害的子弹！幸亏我等没被击着，否则定要绝命了。”汪精卫问道：“难道是兵变吗？”宋教仁回答说：“这定是老袁的手段！”正说着，只听见外面有人呼喝道：“这里是南使所在，兄弟们不要闹事。”“什么南使不南使！越是南使，越要打他。袁大人要南去了，北京正好没人主持，我们正乐得闹一场。”蔡元培捏了一把冷汗：“外面的人竟是要与我们作对，难道我们就这样白白送了性命？”宋教仁道：“我们只有数人，无拳无勇，如果他们闯进来，该如何应对？不如现在就逃吧！”话还没说完，大门外又传来几声巨响，门上已被凿出几个窟窿。蔡、汪、宋三使赶忙取了几件要紧的物件藏在怀里，一起向后院逃去。幸好后面有一面矮墙，三人想让役夫找桌椅过来接脚，谁知叫了数声，一个人影儿都没有。还好墙角旁有两条破凳子，汪、宋两人拿起破凳子就开始砸墙，由于逃命心切，泥墙很快砸出了一个窟窿，三人急忙鱼贯而出。外面是一条小胡同，还好没人看守。
蔡元培道：“总算侥幸逃出来了，但我们能躲到哪里去呢？”宋教仁道：“此地与老袁的寓所很近，不如我们直接去他那里，就算他有心侮辱我们，也不能翻脸不认人吧！”当下便挑了一条僻静小道前往袁宅。此时，袁世凯寓所的门外已有无数兵士把守，见到他们到来，几乎要举枪相对。宋教仁急忙说道：“我们是南来的专使，快去通报袁公。”一面说着，一面向蔡元培索取名帖。没想到忙乱之中，蔡竟然忘了带名帖包，只好从袋角摸出几张旧名帖交给守卫的士兵。等了好一会儿，才见有人出来请他们进去。
三人这才放了心，跟着那人向里走去，只见台阶上已有人相迎，此人正是刚刚当选的总统袁世凯。三人赶紧走上台阶，老袁也走近数步说道：“让诸位受惊了。”宋教仁立即接话道：“外面闹得不成样子，究竟是匪徒还是乱军？”老袁忙回答说：“我已派人调查，大家快请进客厅，天气还冷得很。”蔡元培等人进入客厅，等仆人送上茶水后，袁世凯才从容坐下说道：“不料今夜发生这变乱，连累诸公受惊，很是抱歉。”宋教仁先答道：“北方将士都听袁公的，为什么会突发此变呢？”袁世凯正要回答，厅外来了一人，报告说：“东安门外和前门一带，有人到处纵火，现在还没罢手。”袁世凯问道：“究竟是土匪，还是乱兵？为什么没人镇压？”来人答道：“并非无人镇压，只是起事的是军士，附和的才是土匪，兵匪夹杂，一时有些棘手。”袁世凯道：“这帮混账东西，清帝退位，还有我呢！真是无法无天了！”宋教仁又插嘴道：“袁老先生，你为何不派人镇压呢？”“我已派人去了，只是当时我正就寝，没及时听到警报，调派得有些迟了，所以一时半会儿平定不了。”蔡元培说道：“京都重地竟有此变，这如何了得？我看外面火光冲天、枪声遍地，也不知百姓受了多少灾难！先生应立即平乱，才是为百姓造福！”袁世凯顿足道：“我正为此事着急呢！”话还没说完，又有人报告：“禁兵听说大人要南下，才发生激变，并打算谋害南使……”说到“使”字，袁世凯呵斥道：“休得乱报！”来人说：“乱兵的确是这样说。”袁世凯又说道：“为什么纵火殃民？”“士兵起事，匪徒们自然乘机作乱了。”于是，袁世凯向蔡元培说道：“兄弟我还没有南下，他们就已瞎闹起来。若我已动身，不知要闹到什么时候。我早就料到会这样，所以孙总统一再敦促，我不得不审慎而行。昨日，宋先生说我对北京恋恋不舍，我有什么舍不下的，定要居住在这北京城？”说完后，哈哈大笑。宋教仁面带愠色又想发言，蔡元培用眼神示意他打住。袁世凯似乎有所察觉，便道：“我与诸位长谈都忘了时间，现在夜色已深，恐怕诸位也饿了，不如小饮数杯，边聊边充饥。”说到这里，便向门外喊了一声“来”，便有差役入内听命。袁世凯吩咐道：“厨房里有酒肴，快去拿来。”不一会儿，酒肴就上来了。蔡元培等人早已饥肠辘辘，也不推辞，随便饮了几杯，就听见晨鸡报晓。这时，外面又来人报告：“乱兵已散，大致恢复平静了。”用完餐后，袁世凯安排蔡、宋、汪三人入客房休息。
第二天一大早，蔡元培三人洗漱完毕，刚吃完早点，就见袁世凯踉跄跑来，递给蔡元培一张纸说道：“蔡先生请看，天津、保定也有兵变的消息，真让人焦虑！”蔡元培不由得皱了皱眉。袁世凯又道：“昨夜差不多有几千商民被劫。此处兵变还未了结，天津、保定又发生警情。这让我如何动身？”蔡元培沉吟半晌道：“只好从长计议了。”
由于刚平息兵变，蔡元培等人暂住袁宅。一连两天，他们都未见到老袁，只接到老袁派人送来的警信，一是日本准备派兵入京，保卫公使；一是各国公使馆，也有增兵消息。蔡专使有些发愁，便与汪、宋二人商议道：“北京如此多事，也不便强求老袁离京。”宋教仁道：“这都是他的诡计。”蔡专使道：“不管是不是他设下的圈套，依现在的局势，只好让他上台。他若定要建都北京，我们也不能不迁就，只要能统一中国，我们还有何求？”汪精卫道：“蔡先生高见。”这天傍晚，老袁也来磋商。无非是说南下为难，而且保定、天津的变乱比北京还要严重，现已派官员前去平息。还有公文来往频繁，因此无暇叙谈，还请诸公原谅，并代他向南方说明。蔡专使已不打算辩驳，便照老袁说的，给南京发电，略叙北京的情形，并补充说：“为今之计，应速建统一政府，我们尽可能迁就，以定大局。”孙中山接到此电，先与各部长商议，之后交由参议院决议。三月六日，参议院拿出六条办法，由南京临时政府转达北方，条件列下：
一、参议院电知袁大总统，允许其在北京就职。
二、袁大总统接电后，即电参议院宣誓。
三、参议院接到宣誓之电后，即复电认为受职，并通告全国。
四、袁大总统受职后，即将拟派国务总理及国务委员姓名，电知参议院，求其同意。
五、国务总理及各国务委员任定后，即在南京接收临时政府交代事宜。
六、孙大总统于交代之日，始行解职。
老袁拿到电报，瞧了第一条就已经心满意足，其余五条自然承诺。三月十日，老袁遵照参议院的议决办法，欢欢喜喜地在北京就任临时大总统一职。这一天，在京的旧官僚都来祝贺，蔡专使和汪、宋三人也不得不随班就列。
袁总统举行完大礼，宣誓完毕，又将誓词电达参议院，参议院按惯例向他致颂词，并将新修订的《临时约法》一起送达给他。袁世凯看后并无异议，于就职的第二天将共七章五十六条的《临时约法》公之于众。
约法颁布后，袁世凯开始任命国务总理，组织新内阁。尽管他早已决定任用唐绍仪为国务总理，但根据《临时约法》的规定，总统任命国务委员，必须得到参议院同意，袁世凯只好致电参议院议决。参议员听说任用唐绍仪，多半赞成。于是，袁总理正式宣布任唐为国务总理。
任职当天，唐绍仪便奉袁总统的命令，前往南京组织国务院。唐总理提出要修改官制，将九部增至十二部，除外交、内务、财政、陆军、海军、司法、教育七部照旧外，将实业分为三部：工业、商业和农林；将交通分为交通和邮电两部。这种修改本来是没什么道理的，只因南北统一，两方都有要人，而且都想垄断部职。唐绍仪身为总理不能单顾一方，只好想出这个方法来平衡南北人员。不过，修改官制必须经过参议院议决，如果议员反对，便不能成立，到时候唐也可援为口实。果然不出唐所料，参议院没有通过，只准分实业为工商和农林两部，邮电仍并入交通部，结果九部改作十部。
三月二十九日，唐绍仪到参议院宣布政见，并提出各部总长名单，征求同意。这十部总长名单中，只有蔡元培担任教育总长与前相同，王宠惠外交总长改为司法总长，其余各总长都换了新人。段祺瑞为陆军总长、刘冠雄为海军总长、赵秉钧为内务总长，这三人都是袁系人物，无疑是老袁授意的。外交总长陆征祥属于无党派人士，财政总长熊希龄属于新组的统一党。农林总长宋教仁和工商总长陈其美与蔡元培、王宠惠，均属同盟会。唐绍仪本属旧官僚派，后来因为思想立场转向民主共和，就在黄兴、蔡元培的介绍下加入同盟会，因此当时有人称这届内阁为同盟会内阁。
得到参议院的决议后，唐绍仪即日致电北京。第二天，袁总统正式任命各部总长，交通总长暂命唐总理兼任。自此，唐式内阁完全成立了。
袁世凯宣誓就职，新内阁组成后，孙中山便到参议院辞职，并将临时大总统印交还参议院。随后，参议院投票决定将临时政府移往北京，南京仍为普通都会。
袁总理任命前陆军总长黄兴在南京留守，控制南方军队，同时召唐绍仪回京。副总统黎元洪请辞大元帅一职，由袁总统改任为参谋总长事。所有前清的总督、巡抚，一律改为都督。这样，政府以及各省人员的配备，也算粗粗就绪了。
只有蒙、藏两省一时无暇办理，但袁总统已派人送信，劝其取消独立，拥护中央。此时英、俄两国正虎视眈眈，欲谋取蒙、藏。活佛喇嘛毫无见识，任外国人播弄，怎么会仅凭袁总统一纸空文，就乖乖听话呢？袁总统明知无益，却不得不敷衍表面，暗中却用着全力，进行政府内部的运作，提出裁兵和借债两项主张。
当时，各省的革命军差不多有几百万人，既然南北议和，中央政府已完全成立，要这么多的兵还有什么用？更何况袁总统心里天天防着南军，早一日裁去，他便早一日安心。但是着手裁兵，首先就需要钱。当时的南京临时政府，已是靠借债度日。从苏路、招商局、汉冶萍公司得到的借款虽有五六百万，但一到手就立即用尽；后来又发行军需公债一亿元，仍入不敷出。唐绍仪南下组阁时，撤销南京政府，但所有欠款必须归北京政府负担。南京要两三百万，上海要五十万，武昌方面也要一百五十万，都向唐总理支取，说是欠的军饷无法再拖延了。唐总理立即致电北京，袁世凯复电，命他根据情况自行决定。于是，唐总理不得不向外国银行低头乞贷，四国银行团仗着财大气粗，愿意出借巨款。
早在清宣统二年，清政府为了改良币制和振兴东三省实业，拟借外款一千万镑。英国的汇丰银行、法国的法兰西银行、德国的德华银行以及美国的花旗银行，合资应募，彼此订约，组成四国银行团。但由于日、俄两国抗议以及武昌起义的爆发，四国银行中途缩手，交过四十万镑的垫款之后，便不再支付。直到民国统一，袁世凯出任临时总统，他自知上台办事不能没钱，所以准备找银行团商借。此时，四国公使也应银行团请求，致函袁总统，愿输资中国，帮助建设，但是要求得到借款优先权。袁世凯自然同意，但要求先垫款四十万镑，以应急需。银行团立即给付。
但按南方的要求，唐总理还是无法应付，只好致函四国银行团，请求再给一千五百万两的垫款。银行团虽然同意，但提出需要担保和监督，还要求将这笔款项的用法一一详列。唐绍仪认为条件太苛刻，不愿迁就，便与在华的比利时银行商议借垫款一百万镑。比利时本是西洋小国，商人在中国没有什么特权，不过垂涎借款的利息，有意投资，便联合俄国银行以及未列入团体的英法银行出认借款，议定利息五厘，以京张铁路的余利作为抵押。唐绍仪接收此款后，便支付南京二百三十万两、武昌一百五十万两、上海五十万两，其余都携至北京。但没过几天就用得精光，又要去仰求外国人了。
哪知四国公使却来了一个照会：“唐总理擅借比款，与前时袁总统复函，许给借款优先权显然违背，即望明白答复。”袁总统自知理亏，只好求美公使出面调和，美公使便邀请唐总理一起去拜会三国公使。此时的唐总理也顾不得面子，平心静气地向各使道歉，并婉言说道：“此次借用比利时等国的款项，实在因南方急需。若贵国银行团肯借巨资给我，移偿比款，与比的约定便可取消。当时未能关照，实属冒昧，还求贵公使原谅。”英、德、法三国公使仍然怒目相视，美公使忙叽里咕噜地说了数语，各国公使的情绪才稍有缓和，但提出三个要求：一、另订日期，向四国银行团道歉；二、财政预算案必须送各国备阅；三、不得另向别国秘密借款。唐总理一一同意，双方才尽欢而散。
这边协调好后，唐总理立即电致比利时银行，提出取消借款约定。比利时商人怎么肯将到嘴的肥肉让与他人？自然反唇相讥。唐总理无可奈何，只好又托美公使做中间人，代为调解。美公使便一面与英、法两国公使商议，请英、法两国公使阻止英法银行与比利时联合，以此断绝比利时银行的资金来源；一面又与比使谈判，逼他们停止银行借款。比利时公使，自知螳臂当车，坚持无益，乐得讨美使欢心，同意劝比利时银行取消借约。比商虽不甘心，无奈合股的英法银行已经退出，上头又有公使压力，不得不同意取消借约，但索还垫款一百万镑。
与此同时，唐总理与银行团就之前尚未商讨的事宜举行会议。唐总理提出，银行团在六个星期内，先贷给三千五百万两，以后每月付一千万两，自民国元年六月起至十月止，共需七千五百万两。但银行团提出质疑，之前只需一千五百万两，现在忽然加添数倍，究竟干什么用。随后，四国银行团各选派代表到唐总理府中，要求与唐面谈。唐总理当即接见，各代表开口便问借款的用途。唐总理不假思索，信口答道：“无非为遣散军队，发给恩饷。”各代表又问及实需数额。唐复答道：“非三千万两不可。”各代表又问：“为什么要这么多？”唐总理随口应酬道：“军队林立，若要一一裁并，三千万还是少数。如果随时酌裁，照目前所需，三五百万也可将就敷衍。”各银团代表看他忽增忽减，多寡悬殊，不禁笑问道：“总理前天曾借过比款一百万镑，用在何处？”唐将付给南京、上海、汉口等款额一一列出，并表示除支付给南方外，其余的都用在北京。各代表不满地问道：“贵国这般滥用款项，敝银行团虽有多款，也不便草率轻借，需知有借期，必有还期，贵国难道有借无还吗？”唐总理被他一问，无话可说了。这时，德华银行代表起身离座道：“用款如此模糊，若没有好的办法，如何借？”唐总理也起立道：“什么办法？请明示。”德代表冷笑道：“要借款，必须由敝国监督用途，无论是否裁兵，没有我国监督，都属无效。”唐总理迟疑半天道：“这可能不方便吧。”各代表都起身道：“贵总理既然说不便，敝银行团也并非一定要出借。”说完，便要走。唐总理忙又说道：“我们还可以再磋商。”各代表一面往外走，一面说道：“此后借款事项也不必与我等商量，请直接向敝国公使商议。”说完，便扬长而去。
唐总理非常失望，只好转达袁总统。袁总统默默筹划，又想了一计：既然四国银行团这么强硬，我何不转向别国银行暂时借贷呢？计划已定，他便暗地里派人四处活动，日本正金银行、俄国道胜银行居然仗义责言：“四国银行团既应政府许可，愿借款帮助中国，理应迁就一点。否则银行团此举太不近人情了。”此话一出，英、美两国公使难免有些恐慌，暗想日、俄两国从中作梗，肯定不怀好意。如果借款被抢先，又要费无数唇舌才能抢回。当下，英、美两国公使便照会临时政府，愿再次出面调停。袁总统当然乐意，仍委托唐总理出面协商。唐总理惩前毖后，实在不愿意再担当此重任，但又急着筹款，只好硬着头皮出去商办。这时，新任财政总长熊希龄来京任职了。
