对于台湾的历史沿革来说，恢复澎湖巡检司是一件大事。政治意义很大：洪武年间“被搬家”近二百年后，中央政府再次在台湾设立了统治机构，进行直接统治。军事意义也不小：澎湖巡检司成为整个福建省的沿海前哨，也是明军进兵台湾岛的跳板，无论是对当时的抗倭，乃至对后来的抗击荷兰、西班牙殖民者的侵略，甚至对后来的郑成功收复台湾，都非常重要。促成这件大事的人，不是深谋远虑的谋臣，也不是建功立业的将军，却是一个叫林道乾的海盗。
海盗经常造访台湾，这在当时不是稀罕事。这时候的明王朝，“海禁”并没有被取消。敢在海上来回折腾的中国人只有两种：一种是剿杀海盗的官兵，另一种就是被官兵剿杀的海盗。那年头东南沿海乱，海盗团伙多，福建到台湾的这段海峡不算长，海盗们常来常往，被官兵追得没处躲了，就跑到台湾岛上躲风头，风头过了立刻再出来打劫。多少年来，官兵来了海盗躲、官兵走了海盗来，来来往往地折腾，明朝政府从没想过要重设澎湖巡检司。可偏偏这个林道乾一冒头儿，朝廷却立刻这么做了。
因为这个林道乾，在当时并不是一般的海盗。无论生前还是身后，他都是一个很传奇的人，传奇到让明朝政府头疼无比。
林道乾，广东潮州澄海县南湾村人，明朝中后期著名的海上枭雄。身为海盗，这个人的出身格外特殊。那年头儿出来做海盗，和《水浒传》里上梁山差不多，要么是有家族传统，要么是被人逼得活不下去了，再就是穷得过不下去。可林道乾既不穷也没人逼他，家世也清白得很：他本来是潮州当地的小康之家，从小受过良好教育，据说还会写诗，做海盗之前，还在潮州县衙里做过小吏，属于当地人羡慕的“政府公务员”。直到今天，关于他出来做海盗的原因，依然众说纷纭，有人说他是被人拉上贼船的，也有人说是得罪了县官，遭县令通缉。说法五花八门。
不知道为什么成了海盗的林道乾，很显然知道怎样做一个强悍的海盗。只不过他的“强悍”很奇怪。最早的时候，他带着一群人在海上活动，专做打劫的买卖，刚捞了一点儿好处，就主动“转换经营思路”。别的海盗大都打劫过往客商，他却反其道而行之，专门为往来的各类走私商船保驾护航，只要肯交保护费，就绝对保证过路客商安全，开起了海洋上的“保安公司”。但这个奇怪的人，在当时的海盗中却也是一个强人。史载他“智力无二，有风望”，是个有勇有谋的人物。特别是和明朝沿海的水师打仗，经常出奇制胜、以少胜多，连此时福建第一名将俞大猷都曾败在他手里。更“奇怪”的是，虽然后世史料说他是“倭寇”，但在广东、福建沿海的许多百姓眼里，他更是“民族英雄”。因为他不止打明朝的官员，还打日本倭寇和葡萄牙殖民者。比如明朝嘉靖四十一年（1562年），有三艘葡萄牙战舰进入蒲苇港，企图上岸劫掠。还没摸到岸边，葡萄牙战舰就被跟踪过来的林道乾船队一通猛打，几乎全军覆没。他更喜欢干的是“黑吃黑”，每当有倭寇骚扰福建、广东地区，他都带着船队埋伏在倭寇船队的归路上，专挑倭寇满载而归的时候下手，一抢一个准儿。吓得倭寇每次返航的路上都战战兢兢。
奇怪加彪悍，外带有“民族英雄”的色彩，林道乾的这一支海盗发展很快。最早收保护费的时候只有二百多人，不过几年竟发展到了三千人。不过朝廷是不管什么“民族英雄”的，敢破坏国家法律，当然要往死了打。明朝嘉靖四十三年（1564年），林道乾遭遇了其海盗生涯里第一次沉重的打击。当时他企图攻打福建走马溪，却一头扎进了俞大猷布下的口袋里。这次林道乾吃了大亏，部下伤亡近半。还是老样子，林道乾又撒丫子逃到了台湾岛，但这次俞大猷也死硬，竟然一路追了过来。双方又在台北基隆港打了一仗，林道乾再次大败，仓皇向台南蹿去。这下俞大猷没办法了：他虽然能打，但台湾岛水道纵横，自己在这里实在是路盲，当然不敢再追。然后就发生了那件台湾历史上的“大事”。经俞大猷奏请，明朝恢复了澎湖巡检司，在澎湖驻兵守卫。毕竟这个林道乾战斗力太强，不防不行。
俞大猷和林道乾都没有想到，无意之间，他们竟然开创了历史。澎湖巡检司设立的意义自不用说。当初俞大猷一路死硬地追到了台湾基隆，无意之间，他居然成为明朝历史上第一支进入台湾本岛的政府军。而林道乾后面做的事情却更“雷”：以往海盗躲进台湾不是新鲜事，风声紧了躲进来，风声松了拍拍屁股就走。但这次林道乾有创意：来了，就不走了，不但不走，还要在这里盖房子。
林道乾成了明朝历史上第一批在台湾岛盖房子定居的大陆人，不止他一个人，还有他带来的几千残兵。不只盖了房子，还修了碉堡，开了荒地农田。他修的碉堡很有名。半个多世纪以后，荷兰人造访台湾，见这个碉堡修得好，就兴致勃勃地搬进去住。又过了近半个世纪，郑成功收复台湾，荷兰人就凭着这个碉堡，外带几百荷兰兵，硬是和郑成功的水陆大军死磕了三天，最后郑成功还是靠断掉碉堡水源才艰难攻克。这个碉堡的名字，林道乾当时称它为“北海”，后来的荷兰人，又叫它赤嵌。今天，这里就是台湾岛的著名城市——台南市。
当然，对于林道乾来说，他是没有开创历史的热情的，在台湾修房子种地，那是无奈之举：当时明王朝大规模剿匪，原先福建沿海海盗们的据点，被一口气清理了个干净。至于盘踞台南的林道乾，明王朝也没打算继续渡海征剿：台湾当时还是个鸟不生蛋的荒凉地方，把澎湖列岛一封锁，让他没法到大陆打劫，看他能撑几天。
没想到的是，林道乾不但撑了下来，还越活越滋润：没粮食，就开荒种地，拿着海盗船上的货物，和当地居民换食物。不让我到福建打劫？那我就改行做正当生意。他派船队绕过中国大陆，一直开到今天的越南、泰国等地，把台湾当地的土特产拿过去贩卖，竟然一举打开了销路，生意越做越大，贸易网络遍布马来西亚、菲律宾等地。拉队伍的本事也没落下，刚到台湾的时候，他只有二十多艘船、一千多人。到了明朝嘉靖四十三年（1564年）的时候，他竟然已经有了五十多艘战船、五千多人。有了兵马，林道乾又有想法了。这一年他派兵攻打福建诏安等地。起初打了几场胜仗，可是这时候福建精英云集，戚继光、俞大猷、刘显等名将都在这里。接着林道乾就被打了个头破血流，灰溜溜地逃了回来。祸不单行，也就是在这一年，入福建作战的戚继光马不停蹄，率领戚家军相继平定了横屿岛、牛田岛两处倭寇势力。这两处倭寇早年都曾被林道乾“黑吃黑”过，而且他们都来自日本九州地区，是诸路日本倭寇中战斗力最强的两股。这次被戚继光端了巢穴，他们急着找立足的地方，瞄上了林道乾盘踞的台南。这下林道乾害怕了，他倒不是怕倭寇，而是自己的实力和倭寇拼起来，就是能赢，恐怕也要元气大伤，到时候万一明军进攻，自己肯定完蛋。所以林道乾决定“狡兔三窟”，诏安之战后，林道乾仅留千余人留守台南，自己率领大部队来到东南亚，凭着他强大的实力压服了当地国王，竟然成了泰国国王的乘龙快婿，并拥有了一块自己的土地。
林道乾的这段在台湾的经历，对于台湾的意义是不言而喻的。他和他的部下，是第一批在台湾长期定居的大陆人。为了扩充实力，他大力招募沿海农民来台湾垦荒，并给予优厚的待遇。对台湾当地的少数民族，他也利用自己的“国际贸易人脉”，大力向其收购土特产。当地部落酋长居然和他拜了把兄弟，“民族关系”处理得非常好。而最重要的是，台湾后来享有的“东亚黄金贸易岛”的名号，离不开林道乾开辟的贸易航路。说这个人是台湾发展的拓荒者，那是相当妥帖的。
纵观林道乾做海盗的人生，可以说是强悍得不能再强悍，葡萄牙人、日本人都曾败在他的手下，明朝水军里一度能和他抗衡的只有俞大猷。俞大猷、戚继光、刘显三大名将合围，竟然还让他突围出来。别人不愿长住的台湾，他非要住。别人打家劫舍，他收保护费。别人当海盗，他有时候还当“民族英雄”。鸟不生蛋的台南，被他开发得有声有色。东南亚的国王们，都要给他三分薄面。大摇大摆地占了在现今泰国、越南、柬埔寨那一带的领土，属于“严重侵犯别国主权”，对方却连个“不”字都不敢说，乖乖地忍气吞声。如此强悍、奇怪，结合到他的身份，就很正常了——他是个海商。
在当时大航海时代的地球，在资本主义萌芽的明王朝，海商是个新鲜词，却也是个必然产生的事物。海商的来路，基本就是早年海禁时代做走私起家的私商们。随着实力的增强，这些团伙也在迅速膨胀。本身做的就是“违法”生意，当然手里要有武装，能做买卖就做，不能做买卖就打，人生的目标就是赚钱，谁不让我赚钱，管你是官军、日本倭寇、西方殖民者、东南亚国王，统统打你没商量。在大航海时代的背景下，狭长的台湾海峡间，他们穿梭于两岸，来来往往于战火纷飞里。无意之中，他们成了连接大陆与台湾岛的纽带。
海商的活动，对台湾的直接影响，首先是开发了台湾。自从林道乾驻扎台湾后，海商们都纷至沓来，比如同时期的林国显、许栋、何亚八、刘香老、杨四等人，或大或小的，都在台湾岛设立了自己的据点，并迁移人口、定居开荒。最早认识台湾“经济潜力”的，也是他们。他们开始发现，原来台湾的物产是这么丰富，庄稼种什么长什么，年年大丰收。经济作物也多，台湾当地的橡胶、鹿皮、香料，拿到“国际市场”上，转手就能卖高价。值得一提的是，这些“海盗”们虽然良莠不齐，但是在台湾岛大多还是守规矩的。比如林道乾修筑赤嵌，他的那块土地就是花钱从台南少数民族同胞手里买来的。盘踞台湾期间，每个月他们都要和当地少数民族同胞开“乡集”。双方公平交易，虽然之间也小有摩擦，也有个别不讲规矩的人，但总的来说还是和谐的。而且为了保护自己的经济利益，许多海商还担负起“保卫台湾”的责任，帮助岛上的少数民族部落打跑倭寇，确实是“增进了两岸人民感情”。他们对台湾的另一个影响是：当时台湾的橡胶、鹿皮等土特产，经他们的手输入到菲律宾、印度尼西亚等西方殖民地，引起了西方殖民者的贪馋。后来荷兰、西班牙侵略台湾时，主要就是掠夺这几种作物。
但是比起同时代得到政府支持的西方海商们，这些中国的海商大多数时候都被称为“海贼”。而他们的军事力量，也确实是明帝国海防的威胁。其实他们的发迹，更多的是拜明帝国传统的“海禁”政策所赐。明朝过去禁止私商贸易、政府垄断海外贸易的做法，使沿海商人损失颇多，沿海乡民也因此贫困。在大航海时代下，海禁已经越来越“过时”，海商们其实就成了润滑剂。随着嘉靖晚期倭寇渐渐平息，怎样处理海商问题，也成了明帝国的难题。到了嘉靖皇帝临近去世的嘉靖四十五年（1566年），许多有识之士提出废除海禁。这在当时的明朝不是小事，中国封建王朝最重“祖训”和“祖制”，海禁政策是朱元璋钦定的，如果擅自修改，势必承受舆论压力。最早要求废海禁，是在明朝嘉靖二年（1523年）。之后的四十年里，明朝政局变幻，官员换了一拨又一拨，争论却始终未停。坚持海禁的，大多是些顽固老臣，尤其是那些学理学出身的大臣。而主张废海禁的，越来越多的是当时新兴起的“心学”门派的大臣们，他们受王阳明思想影响，观念新颖，许多人也曾在东南沿海为官，亲眼看到当地“士民纷纷下海”的实情。在嘉靖皇帝去世后，当年十二月，新登基的明朝隆庆皇帝朱载垕，为了海禁一事再次召开廷议。两派大臣还是争论不休，反对开海禁派依然拿着“祖制”压人。这时候明朝户部侍郎王国光一句“昔撤澎湖巡检司，亦祖制也”反驳了反对派们：既然当年朱元璋裁撤的澎湖巡检司都可以恢复，那么海禁为什么不可以？中央驻台湾军事机构的重设，无意中竟成为中国打开国门的钥匙。次年正月，明王朝正式宣布：废除海禁，允许沿海商品自由贸易。在大航海时代已经开始近百年的时候，中国的大门，终于主动向世界敞开了。
废除“海禁”，史称“隆庆开关”，是明朝历史上一件大事。关于它的“伟大意义”，世人说得比较多的，是“促进了商品经济发展”“增进了中外经济关系”“制造了明朝东南经济的繁荣”。公认的事实是，在明末海外贸易最繁荣的时期，世界市场上三分之一的白银都流入到了中国。但世人关注比较少的，却是对于台湾的意义。
海禁废除对台湾的直接好处，就是增进了两岸的沟通交流。大量的中国沿海商民出海贸易，台湾成了必经之地。许多船只都在台湾补充淡水、购买货物，台湾与大陆之间的经济往来日益增强，而大陆先进的生产方式特别是农业生产，也在台湾本岛少数民族中广泛传播。越来越多的大陆人开始渡海移居台湾，甚至在当地娶妻生子。与海禁废除相关的，就是明王朝对“海商”们态度的变化，特别是在名臣殷正茂提督两广军务后，对沿海的海商改成了招抚为主，赦免其罪过。比如那位“创造历史”的林道乾，他在移居泰国之后，也曾经多次组织兵力侵扰沿海，和明朝的几次交锋互有胜负。到了隆庆四年（1570年），他终于接受了明朝两广军务提督殷正茂的招安，被安置在潮州地区。但是他最终没有得到明王朝的信任。到了万历元年（1573年），因为他和明王朝之间常年的相互猜疑，最终他还是决定离开。当时他召集了大批战船，意图离开中国到东南亚自立为王，结果明王朝召集重兵围攻。经过浴血奋战，林道乾还是突围而去，再次到了泰国地区定居下来，继续当他的泰国驸马爷。可这次明王朝却不想放过他。为了剿灭林道乾，明王朝动用了“外交压力”，要求泰国国王除掉林道乾。察觉风声不对的林道乾提前行动，再次在敌人动手前逃脱。关于林道乾的结局，说法甚多，有说他摆弄火器误把自己给打死了，也有说他逃到东南亚自立为王。但他确实是一个值得后人纪念的人。
在“隆庆开关”以后，中国东南沿海大规模的海商团伙暂时转入了低潮。有些招安的海商为明朝带来了精良的武装和先进的战船，在后来的抗倭援朝战争中还成了主力。有些海商却上演了悲壮的结局，比如曾与林道乾同属一个团伙的林凤，虽然在中国的知名度不高，在西方国家的历史上却是一个很有名的中国人。他与台湾的渊源同样颇深。和林道乾不一样的是，他家世代就是做海盗的，到他这一代到了极盛。嘉靖晚期，他一度盘踞在澎湖列岛，在元朝“澎湖巡检司”的故地建立了据点，拥有战船三百多艘，垄断了从日本到东南亚的贸易。嘉靖四十年（1561年），名将俞大猷发动进攻，端掉了林凤设在澎湖的据点，将其部下驱赶。兵败之后的林凤，游走于福建、广东两地的岛屿之间，和明朝打起了游击战，一度在海南建立了据点。明朝隆庆元年（1567年），经过多年休养生息的林凤“反攻大陆”，一举攻陷与台湾岛隔海相望的南澳岛，之后又大掠澄海等地，甚至一度兵逼广州，成了林道乾之后令明王朝最头疼的人。后来在遭到明朝反击后，他于明朝隆庆元年（1567年）冬退守台湾，驻扎在基隆地区。他的到来，是继林道乾后又一次大规模的移民。这次他带到台湾的部下近万人，战船六十多艘。之后他虽然一度侵扰福建、广东，但势力日衰。到万历元年（1573年）的时候，林道乾不知所终，他留在台南垦荒的几千部下，也就群龙无首。考虑到明朝此时已经在福建部署重兵，随时可能东进台湾，林凤决定去菲律宾开辟新殖民地。第二年，他带走了在台湾的六十多艘战船以及五千五百多人，除了作战部队之外，里面还包括许多农民、工匠。这支远征军到达了菲律宾，一度包围马尼拉，击毙了西班牙驻菲律宾的总督戈伊特。值得一提的是，林凤虽然是“海匪”，但很少滥杀。他在远征菲律宾时，采取了温和的政策，不但菲律宾华侨纷纷迎接他，就连当地的百姓也相继归附。后来西班牙调集重兵增援，寡不敌众的林凤兵败。万历二年（1574年）八月四日，林凤遭到西班牙优势兵力包围，在菲律宾彭加斯苦苦坚守了四个月，眼看着覆灭在即，却巧妙地用“声东击西”之计，用小股兵力引开西班牙舰队，自己率领主力舰队成功突围出来。一个月后，林凤带着剩下的四十艘战船重新出现在台湾岛。没过多久，他又集结起了一百五十多艘战船，近万人的规模，在台湾海峡和明王朝周旋。但这个时候，他的内部却出现了分化。常年跟随他出生入死的许多亲信部下，比如他团伙里的老二马至善、老七李成等人，都不愿意再打了。这时候的林凤，也已经年过花甲，进取之心大减。结果，马至善和李成率领一千多人向明王朝投降。其余的军队，包括当时在台湾的大部分部下，都被林凤打包带走。他率领着船队一直向西，临走前只说自己要“至西番国”。然后就不知所终了。关于这支舰队的下落，至今历史界争论颇多。有人说他们葬身于大海，有人说他们去了印度地区。然而在明王朝已然解除海禁的局面下，继续与政府武装对抗，已经渐渐失去了生存土壤。在台湾大航海时代的早期，这些海商无意中成了探路人，此时他们已经走过了属于自己的时代，也注定要退出历史舞台了。
