矛盾激化到一定的程度，必然出现火花。吴三桂被朝廷逼反，他自封天下都招讨兵马大元帅，改国号为周。最初出师旗开得胜，但到后来互相猜疑，最终走上了失败之路。
一、先声夺人，师出有名
吴三桂哭祭永历睦，悔过当初之是非。也许是哭声悲痛，牵动三军将士的感情，他们觉得朝廷不讲信义，他们决心跟着吴三桂反清。
吴三桂哭陵，是对他的广大将士的思想动员和誓师，激励他们跟随他去同清朝决战。第二天，他又下令三军赴昆明郊外校场阅兵、较射，从军事上再动员。约定：不按时到场的，必以军法从事。
次日，天刚亮，鼓角齐鸣，各镇将士整队入场，军容肃然。吴三桂全身披甲，飞身上马，扬鞭疾驰，手发三矢，皆中目标。三军为之欢呼雷动，演习完射箭，再演练各种武器。校场正南两侧摆列着大剑、画戟、雕戈等长短格斗兵器。吴三桂每驰马一回，即驰至武器处，由侍卫飞递一兵器，他在马上稳稳接住，然后策马疾驰，挥动兵器，如搏战进击，运用自如，恰似风驰雨骤，英武绝人。吴三桂以六十二岁的高龄，在飞驰的马上精彩地表演了射箭和各种长短兵器，武艺娴熟，技法高超，威风不减当年！三军看得发呆，不时爆发出欢呼声。吴三桂就是要让他的广大将士亲眼目睹他的雄风，他要使他们相信，虽然他已进人老年，仍然有能力率领他们去夺取新的胜利。他要给他们以信心和勇气，藐视清朝，驱除他们对清朝的迷信和晨惧心理。吴三桂的目的达到了，他为此感到欣慰。
吴三桂欲师出有名，先声夺人，特地制作一道讨伐清朝的檄文，全文如下：
原镇宁山海关总兵官、夸奉旨总统天下水陆大师兴明讨虏大将军是，擞告天下文武官吏军民人等知悉；
本镇深叨明朝世爵，统镇山海关。一时孛逆倡乱，聚贼百万，横行天下，旋寇京师，痛哉觳皇烈后之崩摧，惨矣！东宫定藩乏颠踣，文武瓦解，六官恣乱，宗庙瞬息丘墟，生灵流离潦炭，臣民侧目，莫可谁何。普天之下，竟无仗义兴师勤王讨贼，伤哉！国远夫曷可言？
本镇独居关外，矢尽兵穷，泪干有血，心痛无声，不得已血订盟，许虏藩封，暂借夷兵十万，身为前驱，斩将入关，牵贼选遁，痛心君父，重仇冤不共戴，誓必亲擒贼帅，斩首太庙，以谢先帝之是。幸而贼遁冰消，蕖魁授首，政（正）欲择立嗣君，更承宗社封藩，喜地以谢夷人。不意狡虏连再逆天背盟，乘我内虚，雄踞燕都，窃我先朝神器，变我中国冠囊，方知拒虎进狼之非，莫挽抱薪救火之误。本镇刺心呕血，追悔无及，将欲反戈北逐，扫荡腥气，适值周、田二皇亲，密会太监王奉抱先皇三太子，年甫三岁，刺股为记，寄命托孤，宗社是赖。姑饮泣臆忍，未敢轻萃，以故避居穷壤。养晦待时，选将练兵，密图恢复，枕戈听满，柬马瞻星，磨砺警惕者，盖三十年矣！
兹彼夷君无道，奸邪高涨；道义之儒，悉处下辽（僚）；斗筲之辈，成居显职。君昏臣暗，吏酷官贪，水惨山悲，妇号子洋以至慧星流陨，天怨于上；山崩土震，地怨于下；官卖爵，仁怨于朝；苛政横征，民怨于乡；关税重征，商怨于潦；徭役频兴，工怨于肆。
本镇仰观俯察，正当伐摹救民，顺天应人之日也。爰率文武臣工，共劼义举，卜取甲寅年正月元旦寅刺，推奉三太子，部天祭地，恭登大宝，建元周启，檄示布间，告庙兴师，克期进发。移会总统兵马上将耿（精忠）、招讨大将军总统使世于郑（经），调集水陆官兵三百六十万员，直捣燕山。长驱潞水，出铜鸵于荆棘，奠玉灼于空汤，义旗一举，响应万方，太快臣民之心，共雪天人之愤。振我神武，剪彼嚣氛，宏启中兴之略；踊跃风雷，建划万全之蓑，啸歌雨露；倘能洞悉时宜，望风归顺，则草本不损，鸡犬无惊；敢有背顺从逆，恋目前之私恩，忘中原之故主，据隆扼隘。抗我王师，即督轶骑，素征路巢覆穴，者稚不留，男士皆诛；若有生儒，精谙兵法，夺拔媍谷，不妨献蓑军前，以佐股肱，自当量材优攞。无靳高爵厚封，其各省官员，果有洁己爱民、清廉素著者，仍单仕；所催征粮谷，封贮仓库，印信册籍，赉解军前。其有未尽事，宜另颁条约，各宜凛遵告诫，毋致血柒刀头，奉镇幸甚，天下幸甚！
吴三桂的这篇讨清檄文，论文采虽比不上骆宾王的名篇《讨武兆擞》，却大有气贯长虹之概，不失为名士精心之作。如从内容上考察，此文多有不实之辞，巧饰伪装，随处可见，且回避要害，掩天下人耳目。檄文开头一大段，以当年讨贼自任，历敬复君父之仇的盖世之功，向天下人自我夸耀。可是，他当时骑墙山海关，首鼠两端，对一度降李白成一事避而不提。此其一。
他太书不得已借清兵复仇之苦衷，并以最终灭掉李自成而自诩，这也确是事实，但却掩饰了自己完全降清的真相。声称他委曲求全，养晦待时，选将练兵，密图恢复明朝已有三十年，云云。可是，他无法解释这三十年他为清朝效命疆场，剿灭农民军，扫荡南明，尤其是擒杀永历帝等血的事实。他坐镇云南，希图永镇，千方百计保存自己的权势与地位，何曾为恢复明朝而做什么准备！因此，对这些事，他只好避而不书一字！他叛明降清，这是不容篡改的历史，无论时人和今人，有谁能质疑呢？即使有人为之辩解，不过是嘲弄历史，徒劳无益！此其二。
檄文声称，当年他曾奉三太子，欲恢复明朝。三太子何曾到过他手？这是从来没有的事！根本谈不上奉三太子人都即位。此事显系三桂伪造，不足为据。如今，已过去三十年，忽然又冒出一个三太子，要恭登大宝了，这又是弥天大谎！他自己的行为，自称周王，自立年号，就使自己的谎言不攻自破！此其三。
檄文声讨清朝罪行，说得如此吓人，却是夸大之辞，清入关后，废除了明朝一些苛政，采取了恢复生产的措施，特别是到圣祖亲政后，整个形势日见好转，不像他说的，如天怨、地怨，仕、民、商、工皆怨，还未达到这种程度。此其四。
檄文的最后一段，极力渲染他兵多将广，势力之大，有报吞中华之概，以此动员人们响应和支持他的行动。他规定数项政策，目的是争取同情者，吓唬那些拥护清朝的人。仅此而已。
檄文表述了吴三桂的目标，是要推翻清朝的统治，建立一代新王朝。但看起来，好像是吴三桂的自白书，或叫做自我辩解书。如果我们不加分析地全部相信他所说的话，那就错了，可能会把我们的认识引向歧途！
奇怪的是，吴三桂的这道檄文，不见诸任何清官方或私人著述。在官方书中只说吴三桂伪檄四处传布，对其中内容不及一字。这证明吴三桂当时确实发布过檄文。为何置而不书？细想起来，也不难理解。檄文毕竟触及了当年吴三桂与多尔衮订盟等事实，清圣祖和他的廷臣们也不敢作出回答；尤其是檄文无处不痛骂清朝，这对清朝是不光彩的，如刊于官方史书，倒是替吴三桂做了宣传。因此宁可不保留一字，勿使其传世。至于私家著述，为避讳也不敢刊登此文。这可能就是檄文在清代文献中失载的原因吧！
吴三桂的檄文，是他叛清、抗清的宣言书。为动员全国汉人反清，他大量复印檄文，派人奔赴各地传送，他亲自致书平南、靖南两王，并向贵州、四川、湖南、陕西等省跟他有关系的将官击信，动员他们起兵响应。
二、三桂谋反，天子沉着布防
康熙十二年十二月二十一日，差往贵州备办吴三桂搬迁所需夫役粮草、船只的兵部郎中党务礼、户部员外萨穆哈，以十万火急，日夜疾驰到北京，直奔兵部衙门，一下马，上气不接下气，两手抱住柱子，说不出话来。他们已疾驰十一昼夜，累得精疲力尽，一时气厥，口不能言。堂吏见状，知有紧急事，忙用水灌进他俩的口中，过了一会儿，慢慢苏醒过来，第一句话就说：吴三桂反了！接着，他们便把吴三桂谋反的事详细地作了奏报……
原来，党务礼、萨穆哈、户部郎中席兰泰、主事辛珠、笔帖式萨尔图奉命至贵州，为吴三桂搬迁置办船只、粮料。他们一到贵州，云贵总督甘文焜最先把吴三桂在云南造反的消息密告了他们。贵州提督李本琛已参与吴三桂的叛乱，他给贵州巡抚曹申吉写了封密信，约他起兵响应，投靠吴三桂。不料此信被甘文焜截获，始知吴三桂起兵迫在眉睫。他大吃一惊，意识到事态十分严重。他认为，事出猝然，党务礼一行继续留下筹备搬迁事宜，已无必要，当前最紧迫的是，速返北京，向朝廷报告，请兵赴援口在甘文煜的掩护下，党务札、萨穆哈、席兰泰三人偷偷出贵阳，直趋北京。但是，吴三桂的密令已到了贵阳，指令他们暗中据守城隘，严禁出入。
党务礼等行至镇远，守将不给驿马。他们好不容易弄到两匹马，躲过了叛兵的追捕，疾驰至沅州，逃出了吴三桂的势力范围，进入湖南境内，才得到补充的驿马，日夜赶路，终于到达北京！不幸的是，兵部主事辛珠、笔帖式萨尔图没有逃出来。他们被叛兵逮住，劝降不从，被杀身死。与党务礼同去贵州的户部郎中席兰察，因没有马匹，在镇远乘船至常德，换乘驿马，于十二月二十七日到京。
党务礼等逃走后，贵阳形势急剧恶化。总督甘文妮剐办完母亲的丧事，才返回贵阳不久，就赶上了这场突然到来的大事变。他得知吴三桂杀害巡抚朱国治、扣留折尔肯的消息后，立即派他的族弟甘文煜赴京报告。同时又写信给四川期广总督蔡辘荣，向他通报云南的事变。他紧急命令贵州提督李本琛率部扼守盘江。李本琛已怀贰心，先以书信试探他的态度。甘文妮回信，表示誓死守贵阳。李本琛知他无意从吴三桂，便不再听从他的调令。文焜直属的部队，已为吴三桂收买，拒绝服从他的命令，有不少兵士听到事变的消息，纷纷逃窜。这时，纷传三桂兵正向贵阳逼近，城内一片恐慌。甘文煜料到贵阳已不能守，决计离开贵阳。他先令自己的姬妾同府中七名妇女吊死，独自携第四子甘国城率十余名骑兵，赴镇远，打算召湖北兵扼守险隘，堵住吴三桂兵不得出贵州。十二月八日，他们父子驰至镇远（贵州镇远）。守城副将江义已接受吴三桂命令，拒不准进城。甘文焜只好渡河，行至一座寺庙吉祥寺，江义派兵把他们包围在寺内。甘文焜料到已无法逃出，又不甘心受辱，便朝北京方向向圣祖拜别，拔出佩刀，刚要自刎，其子国城忙阻止，请求先死，还投等父亲同意，他夺下刀，猛地朝自己的脖子一挥，迅速把刀还给父亲，身子随即扑倒在地，血涌如注，喷溅到父亲的衣服上。甘文妲不禁赞叹：儿子的勇气超过我！举起带血的刀，自刎而死，时年仅四十二岁。随从笔帖式辛珠、萨尔图甘愿从他们父子死。
党务礼等向圣祖仅报告吴三桂杀害朱国治、扣留使臣的事，对贵阳事变、甘文焜父子之死还一无所知。圣祖当而听取党务礼报告的第二天，即十二月二十二日，蔡筑荣提供了更为详细和最新情况的报告，有关吴三桂的名号、国号、贵州提督李本琛从叛、钦差被扣、兵部主事辛珠、萨尔图及甘文焜父子之死等等消息接踵传来，举朝震惊。圣祖在得到党务礼的报告的当天，虽说他还没有完全意识到吴三桂的叛乱将给清朝统治造成何等危害，但已感到此事非同小可，他凭着青年人的政治敏感，迅速作出应变的反应。他紧急召见议政王大臣，商讨对策。
当初，在是否批准吴三桂撤藩的问题上，朝廷议政王大臣及各部官员始终存在着严重分歧。只有户部尚书米思翰等少数人主撤，礼部尚书图海等多数人反对撤藩，还有很多大臣不表态，实际也是赞成图海等人的意见。圣祖作41了撤藩的决定，持反对意见的大臣们不敢再坚持。然而，他们最担心的事很快就发生了。吴三桂叛变的消息一传来，原先持两种意见的大臣们又发生了新的争论。主撤的人此时没什么理由可辩，而反对撤藩的大臣们把这场事变归咎于主撤者，纷纷要求追究他们的责任。以大学士索额图为首，要求处死主撤的大臣。圣祖把责任揽到自己身上，说：此出自朕意，他人何罪？一句话，便平息了争论，当务之急，是如何应付这场事变。
毫无疑问，制止吴三桂叛乱和预防他把叛乱扩大，只能用军事手段来阻制。圣祖和廷臣们都很自然地首先从军事上考虑，采取何种应急措施来阻止这场叛乱的继续发展。不言而喻，他们恨不得立即把吴三桂擒拿在手，以正国法。措施迅速制定出来，概括言之，第一，荆州（湖北江陵）系长江南北咽喉要地，关系最重。圣祖料吴军必犯湖南，而荆州必先设防。他特派前锋统领硕岱率每佐领前锋兵一名，兼程前往，保守荆州，固军民之心。然后，由荆州再进至常德（湖南常德），以遏贼势；第二，为争取时间，由户部负责，预先在沿途出征将士停留处各下粮饷，保证硕岱兵到粮饷亦到。圣祖责成议政王大臣就如何遣派大军、后续部队如何增调到前线等问题，速议具奏。
议政王大臣不敢怠慢，很快议定：派满洲与蒙古八旗每佐领前锋各一名，护军各七名，骁骑各十名，汉军每佐领出骁骑各五名，领兵官员视兵数酌量派出。他们拿出此方案请示，圣祖挥笔批准。圣祖接到蔡毓荣的报告后，在军事上又采取了一系列措施：
（一）调兵遣将，分守战略要地。圣祖考虑到广西与贵州邻境，不得不预先设防，立授驻防广西的已故定南王孔有德的女婿孙延龄为抚蛮将军、线国安为都统，责成他们统兵固守；
（二）命西安将军瓦尔喀进兵四川。圣祖指示说：四川与滇省接壤，今吴兰桂已反，你可率副都统一员、全部骑兵，选拔将领，星夜赴四川。凡自云南入川的险隘之地，都必须坚守。大兵不日即进剿云南，等我师临境，贼势渐分，如有可乘之机，你即与提督相机进讨。至于西安等处，朕当克期遣发劲旅，前去驻防。巴蜀乃是滇黔门户。圣祖料定吴三桂必有窥伺四川之心，趁他尚未挥军进川之际，速派兵扼守险要，进可取云南，退可以守，实为万全之策。在征调瓦尔喀进川的命令发出后，紧接着，又命都统赫叶为安西将军，率兵同瓦尔喀等由汉中入川，以护军统领胡礼布为副将军，率署前锋统领穆占、副都统颜布随同出征。
（三）圣祖视荆州为最重要的战略要地，前已派硕岱率精锐防守，犹感不足，再派多罗顺承郡王勒尔锦为宁南靖寇大将军，总统一大批满洲八旗和部分汉将开赴荆州。圣祖特给兵士颁赏，原定凡出征兵士每人白银十两外，此次再增加十两；委署章京的护军校、骁骑校以下，护军、拨什库、甲兵、弓匠以上，各赏银二十两，铁匠等夫役人员也各给银十两。圣祖用重赏来鼓励他们勇赴前线。
（四）以山东兖州地近江南（江苏、安徽）、江西、湖广；山西太原地近陕西、四川，均属东西孔道，为适中之地，分别集结部队，秣马以待，随时调遣或应援各邻近地区。这一新的部署，缩短和节省了军队从北京南下的时间，将士免受长途奔渡、鞍马劳顿之苦。圣祖特命副都统马哈达领兵驻兖州、扩尔坤领是驻太原；
（五）为适应平叛的需要，命直隶各省巡抚仍管兵务，各设左右两营，归巡抚直接统辖。
在采取军事措施、布置兵力的同时，圣祖又连续采取如下政治措施：
（一）下令停撤平南王、靖南王两藩。圣祖各给两王一道手诏，给靖南王的手诏内云；朕闻云南作乱，靖南王相应周守地方，不必搬家。平南王亦如之。立即召还前往广东、福建办理撤藩的钦差大臣粱清标、陈一炳回京。
（二）原吴三桂属下文武官员，以厦现仍在直隶各省者，无论是在职的、闲住的，虽有父子兄弟现在云南的，概不株连治罪。自今以后，各宜安心守职，无怀疑虑。
（三）为防止内外沟通。圣祖听信议政王大臣会议的意见，将三桂子吴应熊暂行拘禁，待事平再作处置。廷臣们怀疑应熊及属下官员对吴三桂谋反可能知情。所以采取防范措施，也是必要的。
（四）向各重要军镇，指授方咯，多方安抚和鼓威他们守御地方。圣祖非常重视陕西省情，因为该省跟京师甚近，又控驭西北边疆，它的存在对京师的安全至关重要。因此圣祖特给陕西总督哈占、提督张勇、王辅臣发去紧急谕旨：要他们注意发现吴三桂散布的伪札、伪书，晓谕官兵、百姓，检举揭发，向上报告。他称赞他们是朝廷擢任的股肱之臣，捍御边疆，绥辑军民，惟他们是赖。圣祖此举，实为思想政治动员之一策，极力笼络他们实心任事，为朝廷效力。圣祖的这一对策，在以后的平叛中日益显示出重大作用。
（五）具有重要意义的一项政治措施，是在十二月二十六日采取的，即正式下诏削除吴三桂的王爵，向云贵文武官员、军民人等发布通告。全文如下：
逆贼吴三桂，穷蹙来归，我世祖章皇帝（顺治）念其输款投诚。授之军旅，赐封王爵，盟勒山河，其所属将卉崇阶世职，恩赉有加，开阃云南，倾心倚任。追及朕躬，特隆异敷，晋爵亲王，重寄于城，实托心膂，殊恩优礼，振古所无。讵意吴三桂。性类穷奇，中怀狡诈，宠极生骄，阴图不轨，于本年七月内，自请搬移。朕以吴三挂出于诚心，且惫其年齿衰迈，师徒远戍已丸，遂克所请，令其休息，乃敕所司安插周至，务使得所。又特遣大巨前往，宣谕朕怀。朕之持吴三桂，可谓礼隆情至，蔑以复加矣。
近览川湖总督蔡毓荣等疏称，吴三桂径行反叛，背累朝豢养之恩，逞一旦鸱张之势，横行凶逆，涂发生灵，理法难客，神人共愤。夸削其爵，特遣宁南靖寇大将军统领劲旅，前往扑灭，兵威所至，克期荡平。但念地方官民人等，身在贼境，或心存忠义，不能自拔；或被贼驱迫，怀疑最罪，大兵一到，玉石莫分。朕心甚为不思。爰颁救旨，通行晓请，尔等各宝安分自保。无听诱胁，即或谖从贼党，但能悔罪归诚，悉赦已往，不复究治。至尔等父子兄弟亲族人等，见在直隶各省、出仕居住者，已有请旨，俱夸各安职业，井不株连。尔等毋怀疑眠，其有能擒斩吴三桂头、献军前者，即以其爵爵之，有能诛缚其下渠魁，及兵马城池，归命自效者，论功从优叙录。朕不食言。尔等皆联之赤子，忠孝天性，人孰无之！从逆从顺，吉凶判然，各宜审度，匆贻后悔。地方官即广为宣布遵行。
圣祖的讨吴谕旨，核心内容，阐明了朝廷同吴三桂毫不妥协的原则立场和准备实行的各项政策。谕旨一反以往对吴三桂的无限赞扬、大张挞伐和声讨。例如，过去一向称赞他开关迎降为归诚向化，实为明智之举，而今则说他穷蹙来归、性类穷奇、心怀狡诈云云。通篇谕旨，一笔勾销吴三桂为清朝夺取全国政权所建立的不世之功；相反，不厌其烦地说明自顺治以来两朝给予他的隆礼厚恩，斥责他背恩反叛。公平地说，清朝没有亏待他，给予的酬报无以复加。但对于撤藩一事，以圣祖为首的清朝统治集团没有说实话。声称是吴三桂自请撤藩，朝廷为照顾他年迈齿衰，不忍心让他久驻遐荒，故允其所请。这都是冠冕堂皇的话。骨于里却对吴三桂日益猜忌，不予信任，时刻想撤他的职，削他的权。一旦撤藩成功，吴三桂接受朝廷的安排，下一步将如何处置无兵无权的三桂？事情远没有发展到这一步，我们还不能做出肯定的回答。但有一点可以肯定，如吴三桂撤藩后能安分守己，尚能过得去，倘有差错，后果可想面知。
吴三桂在他讨清的檄文中，大谈他当年委曲求全借兵复仇的壮举，反复申明当时跟多尔衮订有立明太子的协议，谴责清朝违背诺言，阴谋夺取了全国政权。对此重大问题，圣祖讨吴的谕旨不曾道及一字，干脆加以回避。这就叫王顾左右而言他！圣祖所持的立场，必欲将吴三桂置于死地，悬赏要吴三桂和他的核心成员的头颅。可以看出，圣祖和他的心腹太臣对吴三桂痛恨的程度！由此，我们便推断出，在撤藩前朝廷对吴三桂已经是又怕又恨。所以，吴三桂一叛变。圣祖毫无招安、劝谕之意，却持异常强硬的态度，企图把他衡底消灭。克期荡平，颇有灭此朝食之慨，恰恰反映了圣祖急欲消灭吴三桂的基本思想。
圣祖与吴三桂互讨的谕旨、檄文，各持一端，遇有于己不利之事，则避开辩论，而以自己有利之处攻击对方的短处。这才是：一旦翻了脸，历史事实也随之而翻！这也恰恰是历代封建统治者政治斗争的伎俩，是没有多少信义可言的。
圣祖讨吴檄文，与上述军事、政治各项措施及其政策，都是在圣祖接到党务礼、蔡毓荣的报告后，仅仅六天（12月21~27日）之内做出的，而且都是由圣祖亲自裁定，其中不少是他自己提出来的。政策性的规定和措施，一经确定，圣祖立即付诸实施。大胆、果断、迅速、沉着，体现了年轻的皇帝圣祖的思想风格。这大概是吴三桂始料不及的吧！事实表明，他把圣祖估计得过低了。他认为，只要他一起兵，就会使朝廷、圣祖惊慌失措，手忙脚乱。他想错了。圣祖临事不慌，在紧急状态下，却能有条不紊地进行部署，当机立断，异常迅速地采取果断措施，足以应付眼前突然发生的事变。
从军事上说，圣祖所采取的政策，反映了他的战略思想：以荆州为重点，加强其防御。抵挡叛军的正面北进；以四川、陕西为侧翼，派八旗兵进驻四川，其目的是预防叛军经四川进人陕西，威胁北京；以兖州、太原为南北东西的中继站，集结兵力，随时听调出击。广西方面，授孙延龄以兵权，固守防地，以牵制叛军的北进。这些措施，初步构成了圣祖的战略防御体系，基本符台此时的形势需要。
从政治上来看，圣祖采取的几个实际步骤，也是相当有力的。他停撤平南王尚可喜、靖南王耿精忠两藩，这是对他原定三藩同撤的政策的一个重大调整和修正。撤藩前，圣祖没有预料到将会出现什么麻烦，更没有想到会激起三藩特别是吴三桂的反抗。他所说的撤亦反，不撤亦反，是事后的遮掩之词，并非事先想到的。在处理三藩问题上，圣祖确实失之于轻率。如果真像他所说的撤藩必反，为何没有预先设防？却只派了几个钦差去办理，以为一切顺利，高枕无忧。事实已经证明，他采取的三藩同撤是一大失误。吴三桂叛变，固然有他的根本利益所在，面圣祖估计不足，政策不当，才使矛盾激化，迅速转变为公开的武装对抗。因此，圣祖的这一政策，不仅激起吴三桂的反抗，而且由吴三桂带头倡乱，又扩大为全国性的内战。毫无疑问，发生这场大动乱，圣祖是不能推卸责任的。值得赞许的是，圣祖能在事变面前，很快认识到区别对待的必要性，因而迅速地改变三藩同撤的政策，紧急下令，尚、耿两藩停撤，诏削吴三桂王爵，发布通告，声讨其叛乱。这一结果，不过是实施了撤藩前大部分大臣所主张的区别对待的政策。那时，他们同意尚、耿两藩搬移，主张吴三桂留镇，怕的是他闹事。此刻，颠了个倒，让尚、耿留下，只撤吴藩，削去其爵位，把他置于朝廷的叛逆地位。圣祖这样做，目的是稳住和安抚尚、耿不使其倒向吴三桂一边，不得不区别去留，分化三藩的势力。从平叛的需要出发，留下他们镇守地方，实为必要。否则，二藩一撤，福建、广东一时无人防守。岂不是丢给了吴三桂！
圣祖对广西将军孙延龄的政策，也体现了他孤立吴三桂的意图。当三藩请求撤藩时，也波及到是否要撤孙延龄。他原是定南王孔有德属下一个无名小卒，后被有德赏识，不断提拔，还把自己的独生女儿孔四贞嫁给了他。他如登龙门，今非昔比了！有德死后。朝廷为追念其功绩，特令延龄为广西将军，掌管王旗，驻桂林。他出身卑微，才望庸劣，为朝野所轻视，平时，他擅自杀人犯法，已被都统王永年揭发。现趁三藩并撤时，朝廷内外诸臣，开始攻击他，要求撤他。广东道御史鞠殉，首先开炮，参奏孙延龄。奏文一开头，就说他原是一个标员，年齿素轻，位权未重，只因他配定南王之女，才执掌该王所属军队。接着，说他终属外姓，论名分，他无承袭勋爵之理；论军心，多有未肯帖服之情。鞠珣又引述广东广西总督金光祖的奏疏中揭发孙的许多不法之事。他要求将孔四贞跟孙延龄撤回京师，孔有德所部官兵，或归并正黄旗，或分隶八旗，另派将军统辖。孙延龄本不足道，朝廷并不担心他会生事，因此并不想急于把他撤下来，而是派官调查后再议。经查证，犯罪属实，将他罢职。三桂一叛乱，圣祖便改变了主意，特授他抚蛮将军之职，令其固守广西。圣祖由轻视一变而为重视，其意仍是孤立吴三桂。况且孙延龄毕竟是定南王孔有德的旧人，并有孔四贞佐助，只有用他为将，统率孔有德旧部，可保无乱。笼络住孙延龄，亦能稳住军心。从集中力量打击吴三桂这个主要敌人的战略考虑，圣祖的这一政策是可取的。
以圣祖为首的清朝统治集团对吴三桂的态度，从一开始就栗取了毫不妥协、坚决镇压的立场。其一系列措施，都表明他把吴三桂视为最主要、最危险的敌人。圣祖发布的讨吴三桂谕旨已清楚地说明了这一点，即使又相继发生了陕西王辅臣、广西孙延龄、福建耿精忠等人的叛变，他仍然坚持把吴三桂作为主要的对手和打击目标。他所采取的一系列政策都是针对吴三桂的。这一点并没有错。然而，在平叛初期，圣祖和谋臣们对整个形势估计不足，总以为吴三桂一人造反，翻不了大局，平息不难。尽管他曾在几个战略要地部署兵力，不过是预防性的，不曾料到平息吴三桂叛乱后来所遇到的困难，也不曾想到平叛时间如此之长。正是基于这个思想，他根本就不想和吴三桂和解。不久。叛乱几乎蔓延到全国，他才感到形势的严重，一度被迫向吴三桂作出和解的姿态。
一场关系清朝命运的殊死大搏斗正在展开，谁胜谁负，一时还难以预料，人们正拭目以待。
三、轻取四省，康熙怒杀姑父
吴桂从昆明出兵，势如破竹。
吴三桂进军的第一个目标是贵州。当地军政官员几乎全部投向了吴军。吴三桂把胡国柱留镇云南，自率诸将取贵州，于康熙十二年十二月二十八日驰至贵阳。马一宝已前驱人城，贵州提督李本琛迎降。李本琛是甘肃西宁人，原明总兵官高杰的外甥。他最初是总督洪承畴的部下，官至游击。明亡后，弘光政权大学士史可法推荐他为总兵，隶属高杰。后来，高杰被李定国杀害，任命他为提督，统其部属。顺治二年，豫亲王多铎南征，本琛事部十余万降清，以原官随大军菠江。平定江南后，他回到北京，隶属汉军正黄旗。顺治十年，他随同洪承畴再次南下，协助承畴经略五省。顺治十二年，加右都督，充任左标提督总兵官。顺治十四年，随承畴取贵州。顺治十六年，经承畴推崇，授贵州提督，特加太子太保衔，以表彰和奖励他立下的军功。吴三桂任云贵总管后，两入关系密切起来。当吴三桂辞总管时，他上琉陈述吴三桂功绩，请求朝廷继续留任他。由此可见他们的关系非同一般。
李本琛是贵州的军事长官，他投向吴三桂，清朝在贵州的军事即告瓦解。吴三桂一到贵阳，就授他为贵州总管大将军之职。本琛欣然受命。
在李本琛之后，投降吴三桂的还有贵州巡抚曹申吉。这里，需略作交代。他是山东省安邱人。他既不是靠降清得仕，也不是以军功升职。他是在顺治十二年考中进士后，始步入仕宦之途。先授庶吉士，再改授内翰林院国史院编修，充任日讲官。此后，又历任多职，至康熙六年提升为礼部侍郎，狄年，授以显职贵州巡抚。他的简历表明，他在仕途上一帆风顺，而且进展很快。他与明朝并无政治关系，跟农民起义军也无丝毫瓜葛，他所得到的一切荣誉和地位，都是清朝给的。谁料吴三桂到了贵阳后，他也乖乖投靠了吴三桂！仍以原官出任贵州巡抚。
辽东人王永清，以黔西镇总兵官叛清从逆。圣祖说他身膺重任，甘心从贼。
吴三桂兵进贵阳，兵不血刃，传檄而得贵州全境。该省曾由吴三桂总管，心腹遍布各处，后来吴三桂辞总管任，该省在实际上仍是吴三桂的势力范围，处于他的控制之下，他的讨清檄文最先到达这里，他的心腹即起兵响应。
康熙十三年（1674年）伊始，吴三桂正式称周王，废弃康熙年号，称周王元年，改元利用，同时废康熙制钱，自铸货币，名日利用通宝。
有一儒生，曾上书吴三桂，对他改年号提出不同意见。他说，应奉明朝为宜，仍称前朝所封平西伯，有鉴于以往的教训，宜应缟素待罪，以告天下，那么，忠臣义士谁不倾心于复明的事业！而今义旗一举，便自视为开国，建立新朝，岂不是瓦解天下人之心！自此，人们看清王的志向不在复明，有谁还能随从你呢？
从一六四四年清军入关，夺占北京，明朝亡国，至吴三桂叛清，刚好三十年；如从永历帝被擒，南明覆亡，也只有十余年。明朝的遗老大都健在，明亡时二十岁前后的人，到这时，也不过三四十岁。他们对前朝的事记忆犹新，仍抱有怀恋之情，特别是那些曾同明朝共命运的人，其怀恋的感情怕是更深沉、更强烈，复明的愿望尚未泯灭。一旦有机会，这些人就会毫不迟疑地参加反清复明的斗争。因此，打出复明的旗号可能更有号召力，也符合人们的普遍愿望。但是，吴三桂集团的大多数人的想法并非如此，他们自恃武力，急欲夺取全国政权，建立一代新王朝，一跃而成为开国勋臣，宁肯拥戴吴三桂为新君，却不愿再立明朝的旧名号。吴三桂则惧于以往效忠清朝、绞杀明朝无法向天下人交代，不如创立新朝。这位儒生建言，让他公开坦诚地表示悔罪，求得天下人的谅解，大事可成。吴三桂做不到这一点，因而对其建言置之不理。
康熙十三年（1674年）下半年，吴三桂聘请原明朝步卿李长祥，待之宾礼，向他询问方略。李长祥说：赶快改定为大明名号，以收拢人心，立怀宗（明崇祯帝）后裔，以鼓舞忠义。吴三桂把李长祥的话拿来向方光琛和胡国柱征求意见，他们坚决反对，说：当初项羽立义帝后，又把他给杀了，反而动了天下之兵；而今天下在王（三桂）掌握之中，它日又置怀宗后裔于何地呢！说来说去，他们就是要建自己的一代工朝，与其后来把所立明朝后裔杀掉篡位，倒不如现在干脆就不打明朝的旗号，立自己的名号，才名正言顺。他们也自恃天下已在掌握之中，用不着再打已故明朝的名号为自己起义的旗号。但没有想到随他起义的都是明朝的遗将，他们都是对明朝有怀念之情的将士，打上复明的旗号，能更多的收买人心。
吴三桂轻面易举地夺得了云贵两省，这是将士进献给他称周王的一份厚礼。云贵是他巩固的根据地，他没有必要久留于此，便毫不迟疑地率主力北上。先遣马一宝、吴国柱等由贵州进逼湖南；令王屏藩进川，再逼陕西。马一宝所部经镇远，由此进人湖南境内，抵清浪卫，逼近沅州（湖南芷江）。此处是贵州进人湖南的要地。在此之前，期广总督蔡毓荣曾派彝陵总兵官徐治都、永州总兵李芝兰等率兵应援，但两部兵迟迟未到。沅州只有总兵崔世录一人防守，圣祖紧急指示，要桑峨领兵疾赴沅州，协同固守。吴军进展迅速，没等桑峨援兵到，已于康熙十二年十二月二十九日攻陷沅州，该城总兵官崔世录被俘，澧州（澧县）与辰州（沅陵）之间的交通已被切断。
吴军的迅猛攻势，吓得清官兵胆战心惊，闻风而逃。驻防长沙的偏沅巡抚卢震为保性命，擅自放弃守土之责。当吴军还远在沅州一带，他竟丢弃长沙于不顾，逃往岳州去了。圣祖闻讯大怒，下令逮拿卢震治罪。同时，他马上想到武昌重地，不可不予以防守，特命都统觉罗朱满领兵速往武昌，保固地方，倘吴兵众多，不得轻战；如吴兵不来，可于岳州（岳阳市）以北，选水路要地驻防。在圣祖的严督下，清兵向荆州集结，前锋统领硕岱部于康熙十三年正月二十四日抵达荆州，护军统领伊尔度齐兵、护军统领额司泰兵分别于二月初一日、初二日前后到达荆州。二月初六日，又有都统觉罗巴尔布兵抵达荆州。接着，圣祖命令他们拨出部分兵力，加强常德（今仍名）的防御。卢震虽然潜逃，长沙尚在清兵之手。圣祖很重视长沙，他认为长沙是武昌咽喉之地，又为武冈（今仍名）、宝庆（邵阳）州郡水陆要途，且壤连粤西，要他们速进驻长沙。
吴三桂于正月十二日离贵阳，二十日至镇远，督令兵士继续北进，指示总兵官杨宝应进攻常德。他的父亲杨遇明正住在城内。杨氏是锦州人，与吴三桂是故交。他官至明守备而降清，先授予山东莱州游击，以军功升至副将。顺治十二年，升任冁广常德镇总兵官。康熙元年，调到广东新安镇，很快又提升为广东提督。康熙九年五月，以年老退休，在常德安家。杨宝应在吴三桂藩下，曾任云南知府，吴三桂起兵，授予总兵官，奉命率部直取常德。其父杨遇明为内应，将常德攻陷，知府翁应兆投降，清兵逃窜。
二月初八日，吴三桂命夏国相率部夺取了常德以北的澧州。没有经过战斗，吴兵到时，城内清兵献城易帜，编在吴军之一部。清将提督桑峨、总兵官周邦宁率部从常德至澄州城外，见吴军陈容甚盛，自感一旅孤军不能迎敌，不得不退回荆州，向朝廷告急，请求大兵星驰赴援。
继澧州失守，吴将张国柱率部攻陷衡州（衡阳市），然后进据长沙。原来，偏巡抚卢震逃走后，长沙副将黄正卿、参将陈武衡留下守城，吴军已近在咫尺，全城人心惶惶，官兵已无心守城。圣祖命吏兵两部传达他对长沙地区文武各官的指示：逆贼吴兰桂虚声恫吓，以致巡抚卢震弃地潜逃，已行拿究。湖南文武各官仍能保百姓，圊守地方，允称尽职，事平之日。从优加典。但是，援军迟迟没来。当地军民无心固守。守城将黄正卿、陈武衡不想为清朝效力，连同部属和城池都献给了吴军。长沙之失，失在清援军行动迟缓，畏缩不前。当圣祖遣派都统觉罗巴尔布、护军统钡伊尔度齐等率部至荆州时，常德、澧州尚未失陷，如按圣祖指令，兵马稍事休息，即迅速渡江，赶赴常、澧，当不致很快失陷。但他们到达荆州后，却迟迟不前，给吴军造成了有利时机，长沙空虚，无须进攻，守将就献城投降了，所属兵船皆归吴军所有。吴三桂的大将张国柱与夏国相进驻长沙。常德、长抄扼湖湘之险，当水陆之冲，两城一失，全楚之势都转到了吴军方面。
吴三桂于二月间，日夜兼程，突逼（辰州）城下，守城的清士卒解体，孤城无援，辰州一鼓而下。至二三月之闻。吴兰桂亲至常德、澧州等处督战，兵锋甚锐。
兰月初，太将吴应期与张国柱以水陆大军齐进。谨取洞庭胡之滨的重镇岳州。他们密遣人人城策反，该城参将李国栋私行纳款，把岳州献给了吴军。
从康熙十二年底，吴军首陷沅州，至次年即康熙十三年三月，在三个月的时间里，吴三桂挥军长驱直进，连陷沅州、常德、辰州、长沙、岳州、衡州等战略重镇，而清兵未集，处处无备，五千里无只骑拦截，所经之地，诸府州县将吏非逃即降。清朝兵部惊呼，吴三桂反叛以来，湖南绿旗官兵多附贼。湖南全境皆属吴三桂。
吴军在瑚南迅速进展，清军一触即溃，甚至闻风而逃，与清军初入关时那种所向无敌、锐不可当恰成鲜明对照！朝廷异常震恐，挡不住吴军的攻势，便追究地方军政大员失土的责任。兵部与吏部向圣祖参劾蔡毓荣：阐吴三桂反叛，不能安民心，固疆域，又不令提督桑峨往守常德，致常（德）、澧（州）、长（沙）、岳（州）相继陷贼，应革职。两部同时还题参新任命的云贵总督鄂善，他奉有与蔡公议军机的命令，地方失守，也难逃其责任，应给予降五级的处分。圣祖批准了吏兵两部的意见，考虑到正在用人之际，特许他们继续留任，戴罪立功。
吴军在湖南的全胜，就像一道冲击波，引起了连锁反应，那些不满清朝统治的人们，乘时而起……
与湖南仅一江之隔的湖北一些地方，已经或正酝酿反清斗争，当吴军胜利进入湖南省的时候，康熙十三年三月十五日，襄阳总兵官杨来嘉在谷城（今仍名）宣布起兵，响应吴三桂。他是福建福州人，初为郑锦的都督，于康熙元年降清。康熙三年，授予湖广襄阳（瑚北襄樊市）总兵官。当吴军攻陷常德、澧州时，圣祖就开始注意扬来嘉，密令大将军顺承郡王勒尔锦密切注视他的动静。圣祖指出，杨氏才能平庸，所部官兵大都藐顽，恐有变故，要勒尔锦加强襄阳的防御，时刻提防杨氏。果不出所料，在吴军拿下长沙时，他与郧阳（今郧县）副将洪福串通，在谷城密谋起兵。幸亏襄阳有备，他的计谋没能全部得逞。
三月十九日，继杨来嘉公开叛清后，与他合谋的郧阳副将洪福也以所部清兵叛于郧阳。在此之前，圣祖曾提醒兵部：郧阳地介三省（陕西、河南、湖北），中多旷土，山谷拒塞，奸民易于啸聚，可能有与吴军相呼应的，或可能吴军乘间进犯，特提升佟国瑶为提督，驻于郧阳城内弹压。圣祖不幸而言中，洪福一起兵，就率部千余名士兵围攻郧阳提督佟国瑶的衙门。佟国瑶同游击杜英仅以三百余名标下亲兵同多倍的叛兵激战。战斗持续到二十日，还没有攻下。洪福怕清军来援，不敢恋战，引兵撤退，投往吴军去了。
湖北杨来嘉、洪福的叛变，被清军击退，没有引起更大的骚乱。严重的问题发生在四川。吴三桂一起兵，圣祖就十分关注四川，他认为，四川与云南接壤，估计到贼兵必犯巴蜀，先调驻守西安的西安将军瓦尔喀火速进川，指示他凡自云南入川的险要之地，俱行坚守。原令副都统科尔昆驻防太原，他还未及起身，叉改赴西安，接替瓦尔喀守西安的职务。圣祖仍放心不下，续增都统赫叶及瑚里布、穆占、副都统廷布率京城官兵同往四川。此路军由赫叶、瑚里布统辖，西安兵由瓦尔喀指挥，两路军应尽快会台，同心协力，守住四川。赫叶与新任命赴荆州增援的勒尔锦同一天离京出征。行前，圣祖亲行告条礼，出西长安门，目送两将军，又派内大臣，礼兵两部大臣在郊外设酒饯行。圣祖这一举动，是表明他把四川看戒如同荆州一样重要。
正当赫叶等自京动身之时，四川巡抚罗森派人至京，报告全川军心不稳，颇怀异志。圣祖惟恐情况有变，下令催促副将瑚里布等速进兵，选轻骑先行。
还没等援兵赶到四川，已传来四川提督郑蚊麟与川北总兵官谭弘台谋叛变的消息。谭弘是四川万县人，原为明朝总兵官，顺治三年，谭弘与其弟谭诣、谭文都投靠了南明永历，谭弘被封为新津侯，他的两个弟弟也晋封公爵。谭氏三兄弟长期割据四川一方，与南明诸将争衡，直到顺治十六年，谭弘、谭诣才降清，封谭弘为慕义侯，授予川北总兵官之职。郑蚊辟原明朝都司，还在清入关前，从松山来降清，官至四川提督。吴三桂反叛时，即于康熙十三年正月派王屏藩进兵四川，策动叛乱。谭、郑合谋响应，接受吴三桂的官职，封谭为川北将军，蛟麟为都督将军。
几乎与谭、郑降吴的同时，四川巡抚罗森、总兵官吴之茂也叛清从吴三桂。罗森是直隶（河北）大兴人，于顺治四年中进士，累官至江西湖东道、陕西督粮道、浙江按察使、直升至陕西布政使等职。顺治十年，再由陕西布政使升至四川巡抚。吴之茂是锦州人，是吴三桂的同乡。他们降吴后，都受到重用。罗森、郑蛟麟、谭弘、吴之茂都是四川的军政长官，他们率先叛清，属下官兵和各府州县官员也随之面叛，全川都纳入吴三桂的控制之下。他们声言：一出汉中，一下夔州。声势的确逼人！
圣祖一面催令将军瓦尔喀继续向四川进兵；一面嘱他向郏蛟麟招抚，派人前去传达朝廷意旨：你虽反叛，朝廷仍念及你从前效力，卓有成绩，一时出于被胁迫，也是情有司原。你在京的子孙家产并未按法没收和逮捕。可将朝廷派往四川的兵部郎中托必泰尽速遣还。否则，太兵压境，克复城池，后悔奠及。圣祖的这番好意，不用兵威，仅用语言是打动不了他的心的。直到兵败以后，他才又降清。
吴三桂发动的叛乱，以迅猛之势，继续向北蔓延、发展，一直深入到畿辅、清朝的心脏--京师！密谋暴动、叛变的事件不断发生，造成清朝的统治险象丛生。
康熙十二年十二月，吴三桂在云南起兵的消息一传人京师，立刻引起骚动，民心不安。一些怀有复明之志的人开始秘密串连活动，准备在京城内暴动。有一个叫杨起隆的人，据官方说，他是市井无赖，他自称是朱三太子，以此为号召，秘密组织起事，朱三太子，即明崇祯皇帝的第三子，自明亡迄至此时，一直是个谜案，死活不知，下落也无入知烧。凡反清复明的入，总爱打出来三太子的名号，号召人们参加他们的反抗活动。清朝对朱三太子也很害怕，曾布下人马到处搜寻，一旦搜到所谓朱三太子，都以假冒之名处死。不辨真假，处死了事，企图斩草除根。
杨起隆诈称朱三太子很有效验，已吸引了很多人参与他的谋叛。他要呼应吴三桂起兵，乘清朝全力关注南方时，趁机在京中起事，夺取政权。杨和他的部众相约，以京城内外同时放火为号，聚众举事。参加者，大都是城内的下层百姓，主要是满族贵族各官的家奴，如，镶黄旗监生郎廷枢的家人黄裁缝、正黄旗周全斌之子周公直的家人陈益等人都参与了其事。很快，他们发展到一千余人！据来自朝鲜方面的报道，他们聚众万余，这也不无可能。
十二月二十二日这天，郎廷枢察知他们的反叛活动，当即抓住他的家人黄裁缝等四人前去本旗旗主告变。与他同时，周公直也来告密，他提供的情况更为严重：有三十余名生人集聚在他家，正在密谋口事关重大，宜速不宜迟。正黄旗都统图海、祖永烈等迅速点起官兵，亲自率领前去捕拿。他们包围了周公直的宅院。镶黄旗副都统纪哈里等也率官兵前来助剿。
当密谋起事的陈益等人发觉被官兵包围时，已经无法逃出。陈益便放火拒捕，镶黄旗拜他喇布勒哈番鄂克孙首先冲人院内，大队官兵继进，经过短暂的战斗，将陈益等三十余人全部拿获。又进而广为搜捕，共捕获首要人员李株等及参与其事的达数百人之多，首犯杨起隆逃走。朝廷下令，立即关闭城门，严行搜查。城内百姓惊恐，流言四起，很多人准备搬到城外西山躲避。圣祖不得不下道谕旨，极力安抚百姓。
圣担责成刑部等衙门进行审讯。据被捕者供称：他们的人很多，额前都裹白布，身扎红带为标记，约定康熙十三年元旦之日在内城举事：趁各官员人朝时，各杀其主，被杀官员的官职即由该官的家奴充任，不料郎廷枢的家奴黄裁缝于夜间喝醉了酒，胡言乱语，走漏了机密。由于郎廷枢告密，使这项计划流了产，为首的杨起隆被捕获后处死。如果这一计划实现，给清朝造成的危害是相当严重的。圣祖感到后果严重，他亲自过问和处理这一事件，必欲严惩首要分子。刑部领会圣祖意图，提出一份判决报告：拟将李株、黄裁缝等二百余人按谋反罪凌迟处死（又称寸磔，即俗称千刀万剐），他们的亲属，处祖父以下，父、子、孙、兄弟及同居之人，不分异姓，还有叔伯兄弟之子，凡男的年十六岁以上者，都处以斩刑；男十五岁以下，及本犯的母女妻妾姊妹及财产都人官。
圣祖审核，改定：李株、黄裁缝等九人凌迟处死，蔡文以下一百九十四人改为斩头，他不忍株连过多，将各犯的家属亲戚，一律从宽处理，免罪释放，其家产也免人官。此事件牵连千余人。圣祖一概不予追究。
破获杨起隆于京中举事的密谋四个月后，即康熙十三年四月初，圣祖又得到了河北总兵官蔡禄密谋叛乱的紧急奏报口这一惊人信息，是安塘笔帖式向侍卫关保透露的。据他报告，河北总兵官蔡禄串通襄阳总兵官杨来嘉，策划谋兵，响应吴三桂。蔡禄与杨来嘉原是郑成功的裨将，郑成功去世后，他们率部投降清朝，特赐给左都督，从优提拔，出任河北总兵。吴三桂在云南一起兵，他便着手准备发难。他制造鸟枪，购买骡马，与杨来嘉往来同谋。他命兵丁以捕鱼为名，身披铠甲而行，实则是军事演习，连当地百姓也觉察出他将谋反，都很害怕。这一情况，正巧被奉命前来出差的侍卫关保侦知，回京立即向圣祖报告。圣祖马上派遣内大臣阿密达领护军逮赴蔡禄驻防地怀庆（河南沁阳），详问蔡禄捕鱼之由。次日，阿密达即率兵起行。
阿密达到达怀庆，蔡禄不出城迎接。人城后，阿密达直奔蔡禄衙署，他的部下施放箭矢、火炮抗拒。阿密达率部冲进衙署，将蔡禄父子及其侄蔡鼎席与同谋者一并擒获，于四月二十四日，押解北京。圣祖对此非常高兴，表扬阿密达说：你此行不过十天，就办成了这件事，阻止了一场叛乱，朕探为欣慰，但人命至关，需审实罪由，方可正法，不要株连无辜。至于所获入口，可散给士卒，应重赏受伤人员，以示鼓励。竹阿密达奉命审讯，获取了足够的证据。他们供认，曾几次派人与杨来嘉联络，谋划投靠吴三桂；还计划，如清兵来怀庆，关闭城门抗拒，突围往太行山据守。圣祖据此罪状，定成死罪，将蔡禄父子、侄儿和同谋者都处斩，其余概不株连。河南怀庚地区紧靠畿辅，邻接秦、晋、齐、楚，属四达之地。蔡禄与杨来嘉相结，如扑灭不早，则中州骚动，兵民为不宁矣！圣祖夕发谕旨，即令速行，为内外所不知。阿密达突然至怀庆，叉出蔡禄之不意，未等他部署抗拒，措手不及之际，就束手被擒，面抚定其一军，百姓无惶忧，乱萌销遏，从而大江南北安堵如故。捉获蔡禄父子，也消除了清朝的一次政治危机。的确，皂此事件后，在北京地区再没有发生叛乱的事件，这就保证了后方的安定，以便倾全力平息吴三桂的叛乱。
京城内杨起隆与近畿辅地区蔡禄父子的两次谋叛事件，深深地震动了清朝统治集团，时时有一种危机感袭来，使它无法安枕。而这一切，都是吴三桂带来的灾难性后果，已经危及到它的生存。圣祖和大臣们对吴三桂的痛恨有增无减。这种切腑之恨很快就转到了他的儿子吴应熊身上。杨起隆等人的括动，却使圣祖和他的阁臣们警觉起来，十分害怕再次发生这类事件。由此又想到了吴应熊留在京城，终究是个隐患，倘若他与其父赔通消息，危险会更大。
此时，吴应熊已被拘禁。然而，鉴于杨起隆一伙敢在京城内起事，使朝廷很快意识到，吴应熊的存在，是一个巨大的祸害。于是，便对他动了杀机，必欲除之而后安！三月九日，兵部尚书王熙上奏疏，请诛逆子，其奏文大略如下：
逆贱吴三挂负恩反叛，肆虐滇黔，毒流蜀楚，散布伪扎，煽惑人心，今大兵已抵荆南，克期进剿，元凶授首在指日间。独其逆子吴应熊，素凭势位，党羽众多，撞利散财，蓄养亡命，依附之辈，实繁有徒。今既被羁守，凡彼匪类，蔓引瓜连，但得一日偷生，岂肯甘心受死！即如种种流言，讹传不止，奸谋百出，未易固防。大寇在外，大忘在内，不早为果断，贻害非轻。为今之计，惟速将应熊正法，传旨湖南、四川诸处，老贱闻之，必且魂迷意乱，气阻神昏；群贼闻之，内失所援，自然解体；即兵士、百姓闻之，公义大激，勇气倍增。至应熊亲随人等，系累之中，益在无党，闻发刑部者不下五六百人。人众则难防，时久则易玩。速敕法司，讯别情罪，重者立决，次者分培各旗，消除内变之根源，扫荡逆贼之隐祸，淘今日第一要著也。
吴应熊是圣祖的姑夫，为皇室外戚的直系亲属。王熙请杀应熊，实为国家安全计，否则，谁有胆量敢索要皇帝至亲人的命！他提了奏请，决不是他一人的主张，可以说，代表了朝廷大臣们的普遍要求。圣祖明白，吴应熊问题的严重性质，他探体王熙等的奏请，忠诚可嘉，一心为国家，此中并无任何私人成见口所以，他一点也不怪罪他们。但要他下令处死自己的姑夫，却不是件容易的事。且不说如何对得住列祖列宗，就是对自己的还年轻的姑母如何交代？处死吴应熊，让姑母守寡一辈子，让她承受巨大的痛苦，他这个当皇帝的亲侄儿，于心何忍！但吴应熊事关国家根本利害，又不能等闲视之。他在矛盾的心情中没有作出决定，他要反复考虑，才能从感情的羁绊中解脱出来口但群臣的一再奏请，这使他加快作出最后的裁决。继王熙之后，对朝政具有最高议决权的议政王大臣会议完全支持他的意见，屡次要求速将吴应熊正法。圣祖无法再拖延下去，他在要大清江山还是要吴应熊二者之间作出了最后的选择，同意将吴应熊处死。圣祖为此特下一道谕旨，说：吴三桂以枭獍之资，怀狡诈之计阴图不轨，自启衅端，藉请搬移，则行叛逆，煽乱奸宄。荼毒生灵，极恶穷凶，神人共愤！圣祖的愤恨之情，溢于言表。接着，他又说下去：朕思乱臣贼子，孽由自作，刑章具在，众论佥同，朕亦不得而典贷之也。他本想照廷议，将吴应熊及其长子吴世霖等人都凌迟处死，但又想到吴应熊久在京师人侍，不忍心加以残酷刑法，予以宽大处理，只将吴应熊与长子吴世霖绞死，其余诸幼子免死，没人官，其他有关重要人犯，分别正法。还有一些有牵连的，只要能宽大的，圣祖都尽量予以宽大不究。在圣祖思想深处，不能不虑及吴应熊必竟是他的姑父，处死他们父子，他的心情不会是平静的，他的姑母更不会无动于衷。
吴三桂在起兵时，已经考虑到他的儿子吴应熊的安危，或存侥幸心理，误以为圣祖不敢加害他的儿子，必以吴应熊为人质，作为将来要挟他的一个筹码呢。吴三桂又一次错误地估计了圣祖。儿子与孙子被绞死了，他们都做了朝廷与吴三桂之间政治斗争的牺牲品。
吴应熊父子被处死的事，由朝廷发布公告，通告全国。吴三桂得到这个不幸的消息时，正在饮酒，霎时，脸色大变，不禁手发抖，杯子放了下来，泪水悄悄地涌出了眼眶，悲怆地说：今日真是骑虎啊！他的意思是说，骑虎难下。吴三桂这个人，一贯善持两端，左右逢源，进退有据。他造反后，颇有点后悔，有过下虎背的念头。而现在他的儿孙被诛已表明朝廷同他势不两立，必欲消灭他而后罢兵。到了这步田地，他骑在虎背上还能下来吗？所以他才口吐真言。说出骑虎难下之意。果如兵部尚书王熙所料，处死吴应熊，骨肉被残，这对一个年过六十岁的老人来说，精神受到了一次巨大而沉重的一击。他第一次意识到，他为保全自己的利益，已经开始付出血的代价。将士的鲜血，他并不吝惜，而自己的骨肉付出生命与鲜血，就是对他称周王的代价！在听到这个消息的一瞬间，他的精神几乎到了崩溃的边缘。他的内心充满了痛苦，由此而引起他对前途的惶惑，他似乎感受到了一种不祥，在此后的日子里，这种不祥时时在向他逼近。尽管如此，他还是不甘心向命运屈服，他没有别的选择，只能沿着自己的道路走下去，走下去……
吴三桂起兵仅三个多月，已领有滇、黔、楚、蜀四省，事情并没有到此结束，不久，福建、江西、浙江、广东、陕西等省或地区相继叛清，越过了河南、河北，直刺清朝的心脏北京，更远至长城以北，也燃起了叛乱的烽火。此次叛乱，发展之快，来势之猛，波及之广，规模之大，都是空前的。如何看待吴三桂发动的这场战争，确实是一个值得重视并需要回答的问题。事实表明，这场动乱，已远远超出吴三桂个人与朝廷的利益之争。从广泛的意义讲，它显示了汉民族同异民族统治者的再次大较量。因为参加和响应吴三桂起兵的，无一例外都是汉人，其主要成份或骨干，都是原明朝降将、李白成、张献忠、郑成功余部及南明残余部属。兵士也是汉军，并吸收了当地汉人百姓参加。他们跟吴三桂有联系，很多人却丝毫无联系。他们不喜欢异民族建立的这个新政权。事变后，据清官方统计，逆臣竹共有二十六人，其中二十人是明朝降清武将，其余六人并未作过明朝的官，有两人还是清初进士呢。又据统计，各省布政使以下文职，从贼官五百二十三员。这就是说，原明官、汉人成了这次事变的主要参加者和维织者。清入关虽已三十年，而人们对这个新主人仍存有疑忌，不愿接受这一无法改变的现实。当有人--一个有名望的人，敢于率先行动，他们就会随之而行动起来。吴三桂就扮演了人们所希望出现的角色，故他振臂一呼，万人响应。
广西地接云、贵，形同一体。三桂一发难，圣祖就想到了广西，力图固守，以牵制和阻止叛军北进。他毫无迟疑地任命孔有德的女婿孙延龄为抚蛮将军，令其坚守。他以为加恩重用，孙延龄必能忠于朝廷，不会发生变故。他不时地关注广西方面的军情。康熙十三年二月二十一日，他还给孙延龄、都统线国安、巡抚马雄镇、提督马雄等广西军政要员发出指示：保固粤西，惟你们是赖。今大兵已抵武昌，倘贼犯武阿（湖南武冈）、宝庆（湖南邵阳），你们即率所部官兵，进捌叛军之后，大兵迎击于前。量此逆丑，自可克期扑灭。你们身在地方，必有确见，要同心协力，谋定而后行动，以不负朕倚任之至意。事平之后，自将帅以至卒伍，朝廷都不吝重赏。凡有机密军情，可报告给宁南靖寇大将军勒尔锦。圣祖的指示，表达了朝廷对他们的重托和殷切希望。他具体地指授了方略，要他们捣吴三桂军之后，而清援军迎击于前，两下夹击，以消灭叛军于湖、粤之间。但吴三桂的战略出圣祖意料之外，他擞下武冈、宝庆等地，直奔沅州、常德一线。清军增援也迟迟没到，圣祖的计划随之落空。即使如此，如果孙延龄坚守住广西，对吴军的后方将构成一重大威胁。
圣祖没有料到的是，就在他发出上一指示数日后，即二月二十七日，孙延龄据桂林叛变，投向了吴三桂。孙延龄也是辽东人，其父孙龙原为孔有德末弁，早在太宗时期，随孔有德降清。孔有德南下，留镇广西，其父升大将官，孔有德便将自己的独生女孔四贞许配给孙延龄。此时四贞年幼，他们尚未成婚。后来，孔有德殉死于桂林，孙延龄的父亲也死于阵中。朝廷给予恤典，批准孙延龄袭父二等男爵，又加一等云骑尉，特赐四贞白银万两，每年停禄视同郡王待遇，四贞长大，便与孙延龄结了婚。康熙五年五月，圣祖命孙延龄为镇守广西将军，统辖有德旧部，驻守桂林。
孙延龄以妻父而贵，独掌一省的军权，他也效法吴三桂骄纵无忌，凡本省武职官员任免，他都擅自决定。康熙十一年九月，御史马大任弹劾他擅自用权，随意任免武职官员。兵部庇护孙延龄，驳斥了马大任的参劾，而孙延龄得寸进尺，请旨严斥马大任。兵部了解情况，申禁之。十二年七月，他的部下都统王永年、副都统孟一茂、参领胡同春、李一第等人上疏，揭发他诸多不法事：贪污国家财政、纵容部下残害百姓、昼团城门、乡民不敢人城等罪状。他们的揭发材料先送变广西总督金光祖，他据实上奏口圣祖特派兵部侍郎勒德洪赴粤审理此案。这时，御使鞠殉乘机进言，说孙出身微贱，又属外姓，享有已故定南王孔有德的待遇，不知感恩图报，胆敢为非作歹，委任其兄孙延基总管属下兵事，军心未服，已引起讦告纷纷。他请求将孙延龄调回北京，其属下兵士，或令归属八旗，或仍令驻守广西，另派一将官统辖。
兵部奉命讨论此事，认为孙延龄已为王永年所揭发，朝廷已派大臣前往桂林调查，应等待其调查结果，然后再议处。
勒德洪桂林之行，很快将王永年所揭发的各条款调查清楚，情况属实。据此，兵部请圣祖将孙延龄治罪。圣祖斟酌再三，予以宽大，免予处分。
孙延龄对王永年等人揭发他，怀恨在心。对朝廷派勒德洪前来调查他的问题，心中不满，敢怒不敢言。他把仇恨都集中到王永年身上，伺机报复。正当他怨恨之际，云南突变，朝廷命他与王永年等同守广西，等待机会进兵云南。孙延龄对他的仇人王永年同他一样受重，心中很不服气，又怕他再参劾自己，心里很不安。这时，吴三桂派人送来给他的一封亲笔信。内中向他通报云南已经起兵，要求他在广西立即采取行动，事成共享富贵，百般引诱孙延龄起兵。孙延龄得吴三桂书信，颇为高兴，以为机会终于来到，他首先想到的是必杀王永年等人，以泄心头之恨！也发泄了对朝廷的不满情绪。就跟吴三桂的关系来说，彼此颇有一点瓜葛。据说，孔有德当年曾与三桂联过姻，将女儿孔四贞许配给吴三桂的次子，其次子未成年夭折，婚姻不成，吴三桂就认四贞为义女，才嫁给了孙延龄，他自然也成了三桂的义婿。由于选种关系，孙延龄跟吴三桂颇为密切。他得到吴三桂鼓动起兵的信，又得知吴三桂已派他的从孙吴世琮为大将军，率领大军即将来粤西，他不再犹豫，便于康熙十三年二月，宣布起兵。
二月二十八日，孙延龄诈称议事，把谱将都骗到他的府中，事先埋伏下精兵，准备下手。议事完毕，当诸将陆续起身离座时，孙延龄布置的伏兵齐出，堵住门，并冲上前去，刺杀毫无戒备的参加议事的将官。王永年首当其冲，最先被杀死。几乎同时，副都统盂一茂、参领胡同春、李一第等三十余人都被伏兵迅速歼灭。紧接着，孙延龄派兵包围了广西巡抚马雄镇衙署。一点也无防备的马雄镇和家属被围在宅院里，束手无策。孙延龄出示吴三桂的命令，要挟雄镇投降。马雄镇也是辽东人，降清后，属汉军镶红旗。历任工部副理事官、左佥都御史、国史院学士。康熙八年，授山西巡抚，未上任，又改任广西巡抚。他坚守臣节，坚决不从叛，他穿了朝服，面北叩拜，说：臣无能，仅以一死报国！他把自己的居室门关好，上吊自尽。还没有气绝，被人发现，踢开窗户，把他救了下来。马雄镇料知自己很难逃脱，只能设法让儿子逃出虎口。他趁孙部围守不严。先让长子马世跻偷偷溜出衙署。世济总算逃了出来，辗转到了江西赣州，江西巡阮董卫国将广西情况紧急上报朝廷。圣祖始知广西发生叛变，立即遣使至江西，护送世济进京，当面听取了报告。圣阻感念马氏忠诚朝廷，特授世济西品京卿。大约又过丁数月，马雄镇写了一份奏疏，交给长孙马国祯，乘夜凿开墙沿睦出。看来，孙延龄尚未发觉，马雄镇又指派心腹二人，保护他的次子马世永逃离桂林。长孙与次子先后抵达京师。开始，孙延龄并不想杀死马雄镇，他的目的是想劝降，这对他是有利的。所以只派兵把罐镇围在家中，等待他回心转意。时间一长，围禁松懈，再说，围他们一家的将士中难免没有马雄镇的人，或者有的出于同情心，没有严密围禁，致使他的子孙接连逃出去。这件事终于被孙延龄知道了，心中又恨又怕。马雄镇不肯屈服，他决定再次逼降。他让哥哥孙延基率兵闖入巡抚衙署，把雄镇围在中间，拔出刀，逼视他。突然，雄镇上前抢过一个士兵的刀，还没等这个士兵反应过来，他已举刀自刎，血溅全身，几名士兵如梦初醒，一涌上前夺刀，在争夺中，一个士兵不慎，竞把自已的三个手指削掉了！马雄镇自刎，还未及致命处，又活了下来。孙延龄气急，但没有处死他，命人把他锁在另一间居室里，严加看管起来。
吴三桂督令孙延龄尽快采取军事行动。他下令出兵，攻打平乐等地。
两广总督金光祖闻讯，派人火速进京报告。孙延龄起兵一个多月后，圣祖下令讨孙延龄。他对兵部发出指令：
逆贼孙延龄，原系定南王下末舟之子。本无才能功绩，祗缘定南王孔有德航海归诚，出师尽节，世祖章皇帝悯其忠贞茂著，官兵人等不忍分离，收拾散亡，倬为一旅，仍以所属官员统之，养瞻加恩，概从优厚。迨联御极，念孙延龄既配王士（孔四贞），理应量加宠荣，故授为将军，使之管理定南王所遗官兵，镇守粤西。在孙延龄叼冒崇阶，自应恪恭职掌，殚忠报鼓。乃历任以来，屡有过犯，及累经王永年等讦奏驻罪，部议从重处分。朕犹以定南王之功，曲加货宥，仍争管后如故。近复赐以抚蛮将军印，委任有加，恩宠罔替，不意孙延龄包藏祸心，背恩忘义，结连逆贼吴三桂，辄行反叛，煽乱地方，国法难容，宜加显戳！
夸削其将军职衔，大兵指耳进剿，立正典刑。但念其听管官兵，系定南王旧人，受恩累朝，忘艾素著，必不甘心从逆，隳弃前勋，其所管人员及地方官兵，有能擒斩孙延龄投献军前者优加爵赏，或以兵马城池纳款者，论功叙禄；或力有不迭，能自拔来归者，亦免罪牧用。至于伊等父兄子弟，见（现）在京城、直隶各省者，概不株连，毋得心怀疑畏，自罹法纲，负朕好生之意。尔部即速行遍谕。
圣祖在这遭谕旨中，历数朝廷自顺治在位和他登位后给予孙延龄的种种优厚待遇，恩重位崇，确属实情。圣祖特别强调，孙延龄以微贱出身，平庸无大才却荣登将军之位，皆出于朝廷对其岳父孔有德功绩的追念和报答，面孙延龄不知感恩图报，相反，竟背叛朝廷。其实，孙延龄叛清并没有更深远的政治目的。他还年轻，不过三十多岁，没有经历过多少艰难曲折，他一登将军之位，又兼定南王之婿，父亲死去，无人训教，不过作威作福。他被王永年等参劾，怀有报复之恶念，朝廷屡加阻止，使他不得伸展私欲。吴三桂谋反，对他煽惑，便不计后果，愤然起兵了。
四、帮手济济，江南几不为清有
由于孙延龄叛清，线国安刚刚病死，广西守土文武官或望大兵赴援。或被群贼胁从，不复与延龄为敌。孙延龄与马雄镇仍然对立，互相攻击。据来自两广总督金光祖派人哨探的可靠消息，康熙十年十一月初，孙逆调兵前去征剿马提督，结果又被杀败。
吴三桂本来就看不起孙延龄，却很看重马雄镇。但为了共同的利益，他仍力图调解两人的矛盾，也未见明显效果。吴三桂为夺取湖南战场的关键性的胜利，屡次命令甚至威助孙延龄出兵蝴南助战。孙延龄以部众不从为由，婉言拒绝。吴三桂很恼火，对孙延龄逐渐起了疑心，感到他靠不住，密令人时刻注视孙延龄的动向。
孙延龄叛清原不是很坚定的，起因还是从王永年等人参劾他而引起的。他不过是借吴三桂的势力以逞私怨、报私仇。孔四贞由于她父亲孔有德在世时与朝廷的密切关系，也不愿落个叛贼的恶名，她还顾虑孙延龄所作所为会给父亲一生英名带来损害，因此，她感情深处并没有跟朝廷彻底决裂。孙延龄在家里惧怕四贞，毫无疑问，四贞的思想对他有所影响。孙延龄起初对吴三桂俯首听命，随着他的势力的增长，也不那么听命于吴三桂了。这一切，吴三桂都看在眼里，表面上，还是一如既往宠信他，心里却谋划除掉他。
