这时，留守江西的安亲王岳乐命将军希尔根击败耿精忠大将白显患，恢复建昌、饶州，江宁将军额楚收复广信。白显忠降清。耿精忠失去白显忠一路军，势益孤立。而台湾的郑锦乘虚逼其后，侵扰兴化（莆田）、福州；清军逼其前，他的部众望风而选。巳到了穷途末路。他不想顽抗到底，最后的出路，只有投降。可他又害怕降后被处死。他最畏惧的是，被拘押的范承谟势必揭发他的叛逆之罪，这关系到他的生死！范承谟一直坚守臣节，无论怎样逼诱，他都不改初衷。留下他，对耿精忠是个严重威胁。耿精忠决计在降前杀人灭口。
康熙十五年九月三十日，半夜时候，耿精忠派他的党羽前往拘留处，逼范承谟自尽。耿精忠斩草除根，把范承谟的幕客、生员嵇永仁、王龙光、沈天成、从弟范承谱，下至看守他的隶卒，共五十三人，统统秘密处死。然后，将范承谟尸体焚烧，余烬骸骨丢到野外，不留任何痕迹。
康亲王杰书抵建阳时。根据圣祖的指示，再次写给驮精忠一封招降信，内容为：
尔蒙累朝厚恩，世受王爵，正当遇时立功以承先绪，乃溺于奸计，自取诛夷。圣上念尔祖父之功，凡尔在京诸弟，俱留原职，如旧豢养，复遣尔弟招抚，因不得前进还京。吟大兵屯仙霞岭，长驱直人，攻拔漳城、浦城，乃闽省财赋和要地，咽喉既塞，粮运不通，建宁、延平旦夕可下。与其系颈受戮，何若率众归诚，仍受王爵，保全百万生灵，况郑锦与尔有仇，尔当助大兵进剿，立功雪耻，何久事仇人为！
耿精忠得信，立即答复：自愿归诚，恐部众不从，致兹变患，望赐明诏，许赦罪立功，以慰众心，乃可率属降。
驮精忠此刻出于畏惧自己的罪重，不得赦免，他还希图朝廷再下一道赦诏，才放心投降。康亲王当然不能答应。因为正在关键时刻，再向朝廷请示，往返需多少时间！如中间情况有变，他岂能负得起责任？他不理睬驮精忠的要求，催促大军继续向福州进军，经建宁府，于九月底抵延平（今南平市），守城的大将耿继美献城投降。福州己遥遥在望。耿精忠闻听这一消息，惊慌失措，急忙投降，派他的一名官员刘蕴祥等赴延平，献上总统将军印。接着，派他的儿子耿显柞同被扣留的前使臣周襄绪、陈嘉猷一起前往迎接康亲王来福州。十月一日，康亲王遣官侍读学士尹泰携带圣祖已颁赦免诏书先到福州宣布，接受投降。
十月四日，耿精忠率文武官员出福州城外，迎接康亲王杰书与诸将入城，献上所属官兵册籍。
康亲王杰书把耿精忠投降的报告，飞送北京，圣祖大为欣喜，迅速作出决定：耿精忠仍保留靖南王爵，率所属部众随大军征剿台湾郑兵，图功赎罪。原藩下官员与所属两镇标下武弁仍留原任，兵丁有愿归农的，可到原籍安插。
耿精忠投降，其他叛军将领纷纷放弃抵抗。固守温州的大将曾养性势迫无所归，只好献城降清，十二月，白温州率部至福州。广东原潮州总兵刘进忠、碍石总兵苗之秀，也随之投降。圣祖命他们仍任原职，另加授刘进忠为征逆将军。散留在江西、浙江的残余叛军，失去依靠，都放下了武器，纷纷前去清营缴械。两省的战事已停，局势很快稳定下来。只有沿海一些城镇还被台湾的郑军占据。清军发起进攻，于康熙十六年正月收复兴化城，二月初，攻克泉州。郑军闻风丧胆，弃漳州、海澄等城，逃回台湾。清军未经多少战斗，恢复了漳州等十个县城。闽地悉平。
时东西两巨寇（包括王辅臣）既降，乃得以全力办吴三桂。圣祖和他的太臣们对剿灭吴三桂，比任何时候都更充满了信！
十一、成功失败，人心向背是关键
尚之信投降，使吴三桂陷入了背腹受敌的局面。清军节节胜利，吴军节节败退，把一切矛盾激化起来。
清兵已在湖南东与南部开辟战场，建立了稳固的据点，正在衡州的吴三桂已处于清军的进逼之中。吴三桂的危亡正日益逼近！
吴三桂在军事上的接连失利，导致内部军心动摇，士气低落，内部核心不和，互相倾轧。吴三桂的心腹大将高得捷，跟韩大任之间的矛盾，最终招致兵败，或死或降。
高得捷十分骁勇善战，通晓军事，所将部卒都是精兵，临战向以少击多，是吴三桂的一支劲旅。康熙十五年二月，他奉吴三桂之命，率数万之众进攻江西重镇吉安（今仍名）。此时，清军正以全力进攻江西萍乡、袁州（宜春）两处要地，吴三桂便乘此空隙，对吉安发动了攻击。仅数日，高得捷便将吉安攻陷。吉安对清军关系最重，圣祖严令夺回。清重兵攻吉安，高得捷死守，至六月，清军尚未克复。一次，高得捷只率百余骑战，竟把清军杀败！
高得捷夺取战略要地吉安，切断了江西通向广东的道路，迫使江西清军无法进人广东。他能战能守，不愧称一骁将！与高得捷形成对照的是，吴三桂的女婿夏国相防守萍乡，于康熙十五年二月十六日，被和硕安亲王岳东统帅的满汉大军攻破十二寨，歼灭万余人，他本人弃印败逃，将萍乡丢给了清军。他失去萍乡这一战略要地，损兵折将，弃印而逃，本当重治其罪，吴三桂竟宽容，仅削去了两级了事，引起内部强烈不满。
更严重的矛盾，在高得捷与韩大任之问日益尖锐。韩大任职位本在高得捷之下，起初尚能奉命谨慎，但他也不甘心居下，得机会就想巴结吴三桂的权势人物。他们曾在吉安清副将色勒故宅中获取窖金数万两，韩大任将此事报告了胡国柱。胡国柱就给高得捷写信，说：我兵缺饷，公所得窖金，可借支佐军。公立大功，何患不富！它日将百倍偿还。高得捷得信，怏怏不乐，恨韩大任卖己。大概巴结有效，吴三桂晋升韩大任为扬威将军，其地位与韩得捷相等，便跟高得捷分庭抗礼。高得捷深感受辱，郁郁成疾，不久，病死于吉安。于是，韩大任独掌吉安兵权。
韩大任每天以诗酒自娱，对军事不说一句话。为夺回吉安，简亲王喇布率江西总督董卫国等十万之众围困吉安。韩大任惧清军势大，不敢出战，闭门坚守。
吴三桂得知吉安被围，急遣大将马一宝、陶继志、王绪率九千人增援。马一宝先派人混进城，通报援兵消息。韩大任说：我听说马帅已降清，你来真伪不可知。来人说：马帅已虑及此，临行，嘱我以‘棒槌’两字示信。韩大任沉默良久，才说：马帅如真来增援，可到城下，免去胄帽，有头发在，我当出面会他。马一宝进兵，因受限于江水，不能达于城下，而城中却寂然无一炮相应，他疑惑之下，不敢前进，便向后退兵。清军乘机追击，先攻王绪大营，马一宝与继志挥军救援，都被清军击败。救援无效，退还湖南。
马一宝等援救失败，而吴军在其他战场也日益吃紧，无法再向吉安增援。吉安属要地，倘失守，将对吴军产生严重影响。吴三桂非常忧虑，计无所出，一天天拖下去，而韩大任及其将士日日盼救兵，终不见一个人影！清军重重包围，攻不进去，就以断其粮饷相持。请军围困吉安已达二百余天，吴三桂不能救。城中粮饷早已断绝，将士饥饿，眼看支撑不下去了，韩大任决计弃城逃跑。康熙十六年三月二十一日夜，韩太任率残部悄悄出城南门，渡白鹭洲，然后发射大炮，击鼓，清军以为劫营，各营兵惊扰，惶乱不止，至天亮，始知韩大任逃跑，但惧怕韩大任兵精，不敢追，任其逃遁。
韩大任逃出吉安重围，奔宁都、乐安诸处屯扎。又逃往万安、泰和等处，站不住脚，再奔往兴国宝石砦、永丰与庐陵之间，复奔闻川洞、白扬坳。圣祖以韩大任为吴三桂要人，屡次指示简亲王喇布等堵御，必被将韩大任剿灭。因此，韩大任逃到哪里，清兵就追到哪里。吴三桂虽知吉安被夺去，韩大任无处安身，也无可奈何。任其逃窜。
韩大任手下有一幕客，原名叫孙旭。充任韩大任幕客后，改名叫王怀明。他为人机警，颇有谋略，跟韩大任很要好，深得信任。韩大任从吉安深夜逃出，此计就是孙旭出的。孙旭不想从叛到底，欲说降韩大任。在逃跑中，正赶上九月九日重阳节，孙旭与韩大任登高望远，便谈到天下形势和未来的前途。孙旭趁机说：如果广东相连福建，平凉犄角汉中，天下事尚未有定。今闻王辅臣倒戈，恐后耿精忠、尚之信相继归诚（此时尚未归诚）。没有广东，则湖南腹背受敌；无平凉，则汉中摇动，四川坐以待毙。安危存亡之机不可不察！语意深长，韩大任为之心动，道出了自己与孙旭相同的看法。孙旭再深入地解说，韩大任心领神会。本来，清军一面加紧追剿，一面行文招抚，韩大任早已有意投降。孙旭为他剖析天下大势，他降意益坚。
康熙十七年正月初二日，在江西地名老虎洞地方，韩大任被追剿的清军击败，死六千余人，营寨被烧毁，总兵、副将等三百余员被擒系。韩大任势穷，听从了孙旭的劝告，决定到福建康亲王杰书军前投降。二月间，韩大任及其部将陈尧先、李懋珠等率官员九百五十四员、兵一万三千三百一十九人至福州，向杰书投降。圣祖命将大任驿送京师，特赦其叛逆之罪，给于良好待遇。三月，清军在万安、泰和等地歼灭韩大任部从四万余，招抚总兵邱大成等三百余员、兵丁四万六千余名。
韩大任携万余名精兵和大批战具降清，清又招抚其部众四万六千人，总计近六万人。骁将和统帅之一高得捷忧郁而死。这些对吴三桂来说，是个重大的损失。这一事件，标志着吴三桂集团开始分崩离析，从此急剧走下坡路。
接着，同月又有吴三桂的水师将军林兴珠密派人至清营约降。林兴珠任吴三桂亲军水师右翼将军，精通水战，掌洞庭湖水师，几次同清军水战，林兴珠都充任指挥，把清水师打败。他看到吴三桂日益败落，大势巳去，密谋降清。他先派部将杨廷言从湘潭至和硕安亲王岳乐军前，投致降书。准降后，岳乐即派副都统甘度海、阿进泰率兵前往湘潭迎接。圣祖得到奏报，当即从优封侯爵，授建义将军，留在岳乐军中助剿吴三桂。林兴珠降清，对吴三桂是又一次严重打击。因为林熟悉湖南水道，掌握吴军水师机密，并携带了所属船只和大炮（可惜被前去迎降的甘度海等尽行焚毁），使吴军赖以依靠的水师的优势失去，面给清军增添了实力。此后在长、岳决战中，吴军惨败，与林兴珠之降颇有关系。
吴三桂面临的另一个困难，这就是经济出现危机，粮饷不继。自起兵以来，云南、贵州储积逐渐用尽，又遇到了荒年，收成不好，米价腾贵，一石米价高达白银六两，盐价贵至每斤三、四两。军需不足，就加税田亩，额征每亩至五六钱。征催严迫，怨声四起。加税不足，又在云南丽江等地，凿山开矿，采取金银，役使苗人万人，土司多怨。当清军进人湖南境内，吴三桂拼力抗拒，筑垒挖壕，环营列栅，近郊阡陌，悉作战场。遍野榛芜，徒堪牧马。土地荒废，粮从何出？只有靠搜求，甚至劫掠，来获得军需。
吴三桂已失民心，百姓盼王师，对这个周政权不再支持了。吴三桂已陷入空前危机之中。
康熙十七年，在吴军的政治与军事日益恶化的形势下，吴三桂迎来了他人生的第六十七个年头，而起兵也有五年了。他在云南起兵那年，才六十刚出头，过了多年养尊处优的生活，身体也还强健，马上功夫不减当年，射箭。飞舞大刀，亦见功底不凡。在起兵之日，他振臂一呼，天下响应；挥军北进，铁骑如云，旌旗翻飞，所向克捷，他是何等得意，踌躇满志！可是，五年过去了，他得到了什么呢？他平添了过多的白发，他日夜操劳，耗去了多少心血！随着时间的流逝，初期的胜利迅即消失，局势变化之大，是他始料不及的。
不断的失败，不断的背叛、逃亡、投降，各种坏消息，几乎天天、每时每刻都送到他的面前，这同几年前捷报飞传形成了鲜明的对比。他感到惶惑不已，初期的那种自信，那种豪情，渐渐也黯淡下去……初到湖南时，他考虑过挥军渡江北上，他迟疑不决，荆州、武昌很快被清重兵驻守，不可逾越；他也曾西招张勇，如石沉大海，得不到响应，王辅臣一度起兵，迅即被击败，回归朝廷；东招耿精忠，南招尚之信，皆不得志，到头来，仍旧降清朝……这些年来，他奔渡于长沙、松滋、常德、湘潭、衡州之间，他所指授的方略，毫无起色。相反，处处被动挨打，只有招架之功，已无还手之力！他开始徘徊不定，百般计虑，仍无法摆脱目前的困境。他已感度日维艰，陷入极度的痛苦之中。他的确是衰老了，心计已用尽，血也似乎熬干，精疲力竭，一筹莫展。他眼巴巴地看着已得的疆土正在迅速缩小，却无力恢复；财用耗竭，川、湖赋税不足供兵饷，储积用尽，筹措无方，他整天愁容满面，不时地发出哀伤的叹息……
三桂的心腹、党羽，跟见他悲悲切切，情志不舒，都想安慰他安心以待，明知实际情况很糟，不得不曲意奉承。于是，便相率劝进即皇帝位。这样，既可取悦于吴三桂，又可安抚军民之心，鼓舞士气。开始，吴三桂还没有心思考虑这个同题，但经不住左右将吏的反复劝进，念及自己已是暮年之人，何不趁此称帝，也不枉五年的征战！其实，他心里很清楚，已到山穷水尽地步，再行称帝即位，并无多少实际意义，不过是使自己图个快乐罢了。
吴三桂接受了诸将官的劝进，决定即位当皇帝。先占卜吉日，选定康熙十七年三月一日在衡州继位。他的部属匆匆在市郊南岳之麓先筑一坛，置办御用仪仗、卤簿一应必用之物，来不及建造宫殿朝房，仅构庐舍万同为朝房，官殿瓦来不及改成黄色，就用漆涂抹。
三月一日这天，吴三桂头戴翼善冠，身穿大红衣，骑着马，出官至郊外，登坛，行兖冕礼。正行礼间，忽然天阴，下起大雨来，仪仗、卤簿被雨水打湿，泥污不堪。这场大雨使群臣大为扫兴，礼仪也草草而罢。
吴三桂即皇帝位，宣布国号大周，从三月改元昭武，以衡州为都城，改名为定天府。他当了皇帝，置百官，属下也改易官称，遂一册封。首先封他的妻子张氏为皇后，封吴应熊庶子吴世璠为太孙。加郭壮图为大学士，仍守云南，设云南五军府、兵马司，改留守为六曹六部。大封诸将，首国公，次郡公，亚以侯、伯。晋升胡国柱、吴应期、吴国贵、吴世琮、马一宝等为大将军，封王屏藩为东宁侯，赐上方剑。其余皆按等次晋爵。造新历，制新钱币，日昭武通宝。还在云南、贵州、湖南、四川举行乡试，选拔举人，极力给人造成政权稳定的假相。
我们从以往的历史现象中看到，凡创业之君者，无不在取得相当大的领土，具有强大势力的时候，登帝位，立国号，以号令天下。换言之，即帝位必与其实力相称，极少在势竭力衰之时称帝的，即使勉强称帝，亦不过玩玩政治游戏，是没有成功的先例的。吴三桂称帝可说是个例外，他在兵力极盛时还不敢即皇帝位，只称珥周王，谁料到了势衰之际忽然想起当皇帝！吴三桂此番举动，令人不解。正如时人及后人所论定：三桂到了穷困之时称帝，藉以自娱，聊作自我安慰。他非但没得到人们的理解和同情，还招致天下人耻笑！
人们的这种说法，不无道理。不过，在吴三桂和他的臣属看来，还有自己及政治上的考虑，这就是以即帝位为号召、安定人心。实际情况是。他的羽翼如耿精忠、孙延龄、王辅臣等非死即降，失去那么多人的支持，有谁承认他的帝位呢！他在起兵时，去明号，自立周王，建元立国，已使亡明士大夫及知识分子阶层大失所望，再进而称帝，更为他们所不耻，就是一般老百姓对此也失去热情，因为现实状况使他们看不到希望。从新政权中也没有获得什么利益。随着吴三桂的日益失败，陷入困境，他们的生活遭到了比以前更大的损害。所以，吴三桂无法再号召各个阶层的广泛支持，他们对这个政权简直报以怨恨。从而使吴三桂陷入政治上的空前孤立。
当时，针对吴三桂的年号昭武，传出一首民谣：横也是二年，竖也是二年。以昭字横竖都是二笔而编的。还有的人，对昭武两字作这样的解释：析昭字为斜日（即日）、刀口（即召）日已过午，不可久照，而斜日又在刀口之侧，主凶兆，谓吴三桂不久必死！武字析为止戈，即制止干戈亦即停止战争之意。由此又断定：贼亡无日矣。！可以肯定，不识字或文化甚浅的百姓是编不出这些话来的，必出自亡明士大夫及儒生之手。可是它们一经传出，就为百姓接受。人心之向背，已看出端倪。
吴三桂称帝后，丝毫也没有给他带来新希望，他本人及其所建政权的处境，同样没有得到改善。随着军事上的接连惨败，他的境遇每况愈下，一天天变得险恶起来。他的精神更加颓废，身体状况也急剧恶化。他的生命已近尽头！
十二、枭雄病亡。树倒猢狲散
吴三桂派他的侄儿吴应期驻守险要岳州，但吴应期不能使将帅和睦，致使水军统帅林兴珠投向清军，并把长沙、岳州的防务图交给清军。吴应期抵挡不住进攻，只好下令撤退。
吴三桂的一生，的确是轰轰烈烈，非同凡响。遥想当年，他意气风发，英武俊逸，驰聘于塞外辽西大地，为明朝冲锋陷阵，毫无惧色；引清兵进关，南北纵横，势无阻挡，伴随着马蹄的奔驰声，他飞速地走向人臣权位的顶峰！他的一生，竟与战争结下了不解之缘，军事战场是他人生活动的舞台。他扮演的是同时代人不能替代的角色，这使他一生的经历，充满了惊险传奇甚至多少有点浪漫的色彩。可是，到他死亡来临时，与其绘声绘色、威武壮烈的一生形成了鲜明的对照。他死得很凄惨。是在心非所愿，异常愁苦中死去的，或者说，是怀着满腔悔恨交集离开人世的……
吴三桂即帝位后，并没有给他带来任何希望与信心。军事形势无可挽回的恶化，政治上的动荡，人心渐变，使他失望的情绪与日惧增。起兵初期，曾一度展现在他面前的光辉灿烂的前程，此时已变得黯淡无光，希望变得比以往任何时候都更遥远、更渺茫了。因为他已看到各路清军正呐喊着向他逼近，在衡州的北面、东面、南面，远则数百里，近则百余里，已布满了清军，他感到他的皇帝宝座正在激烈地震荡，摇摇欲坠！他试图挣扎，做出力所能及的努力，同命运抗争，来挽救自己的厄运。然而，他的一切努力，都证明徒劳无益。他已经心力交瘁，夜不能眠，经常处于惶惶然状态。他所拥有的美衣美食美女，已无法引起他丝毫的欢颜，苦、悲哀，就像魔影一样时刻伴随着他。
尽管如此，他不愿向厄运屈服，他还要顽强地活着，要战斗下去。就在他去世的前两个月，即康熙十七年六月初，他在衡州亲自点将马一宝，并授计宰数万人马南下，攻击有战略意义的兵家必争之地永兴，两战两胜，大创清军，一战击毙都统宜里布、护军统领哈克三，夺据清兵河外营地（永兴依耒水而立，此水上接衡州，下通郴州，由旱路接宜章）；一战大败前锋统领硕岱、副都统托岱、宜思孝所率援军，营垒被冲垮，河南岸失陷，清军被迫退回郴州。这次军事打击，给清军直至圣祖以很大的震动。圣祖说：近来行兵，致有大臣阵亡，闻之不胜伤悼。马一宝并全力继续攻永兴，直接危及郴州，顿时打乱了清军的部署，陷入十分被动的局面，搞得圣祖与前线的将帅穆占、简亲王喇布等手忙脚乱，急忙重新调整兵力，加强对茶陵、攸县、安仁各处的防守，担心遭到袭击。如失去这已得的十余县，就会前功尽弃，江西就会有得而复失的危险，形势可能将出现大反复，后果不堪设想。清兵总算暂时顶住了马一宝的进攻。马一宝强悍无比，必欲攻下永兴。眼看就要攻下，吴三桂却死了，马一宝被迫放弃进攻，悄悄回军，此是后话。
三桂死前，还亲自部署了对广东、广西的大规模进攻。他派出胡国柱、夏国相率数万人马，突人两广，几度得手，尤其是在广西取得了更大的进展，除了梧州，几乎都被吴军夺回！
三桂在南线取得进展，而北部岳州岌岌可危。岳州是湖南的屏障，倘屏障一倒，湖南门户洞开，清兵渡江，局面将不可收拾。因此，吴三桂一时南喜北忧，而最关键的是岳州的得失。他已开辟了两广战场，又南下永兴，已感无力北上援岳。他只好听天由命，一切由他的侄儿吴应期主持了。他时时注视着岳州，心中隐忧不散。南面战场的胜利。使他稍得一点安慰，但高兴不起来。很快，吴军在广东的进攻又被顶了回来；在永兴，久攻不下，他所得到的一点安慰于瞬间消失了！
更糟的是，人心、军心正在变化，他的部属一批又一批地背叛了他，投向了他的敌人的阵营。当初，他的人马雄壮，所到之处，谁不举手以迎王师！而眼前，他的人却悄悄地离他而去；过去，钱粮盈库，他挥金如土；如今。师老粮匮，府库空虚，度日微艰。种种烦恼困扰着他，这时才真正感到力实难支，每每自言自语，哀叹：何苦！何苦！在兵败力竭之际，他的这番自叹，或许透露出对自己的所作所为的后悔。他总结自己的一生，南征北战，在人生名利场上不停地追逐，落得这个结局，他怎能不自悟，略示自己的忏悔呢！为时太晚了，时间对他来说，己经不多了。大江东去，一去而不复返，一切都无可挽回了。耿精忠、孙延龄、王辅臣一批首要人物，都相继倒下了。剩他这一棵孤树，也独立难支。他正受到数十万清军日益逼近的大包围。在他面前，只有两条路，要么投降，要么死去。他明白，处在他这个地位，绝不能投降，即使投降，朝廷也绝不会饶恕他。只有一条路，等待死亡！
六月，吴三桂又受到一次精神打击，他的妻子、皇后张氏病死了。张氏虽无姿色，毕竟是结发妻子，故位至皇后。张氏之死，给他带来无限的哀伤，是不言面喻的。他又陷入孤独的愁思之中。他郁郁寡欢，情志不舒，面容日见憔悴……
康熙十七年（1678年）八月，吴三桂突然得了中风噎嗝的病症。这是中医学的病症名。接中医解释，中风是指突然昏倒，口跟歪斜，言语困难或半身不遂等症状。即使不昏倒，也会出现上述等病症。中风还指外感风邪，也会出现口眼歪斜等症状。噎嗝又是一种病，按中医临床解释，它的病症是，噎为吞咽梗塞，水饮不下，食物难人。嗝指食管狭窄，食下抵拒作痛，或难以下咽。二者合称噎嗝。现代医学知识告诉我们，上了年纪的人，得了这种病是很麻烦的。在当时医疗条件下，难以治愈。得这种病，大抵与情志不舒有关。中风多由肝阴不足、肝阳偏亢、肝风内动，或暴怒伤肝，或嗜食油腻，痰热内壅、阳盛化风。或气血亏损、虚风内动所致。噎嗝多由气血大损、津液枯涸、气机郁结、痰阏凝阻而成。显然，这两种病症，都是由于心情不舒，焦虑过重，心力交瘁，气血亏空，肝火过盛，而成为诱发此病的内因。
在中国古代，早有人生七十古来稀的说法。吴三桂久居南方，经受住了酷热与潮湿的气候，能活到六十七岁这个年龄，也算高寿了。这还是靠了他的良好的身体素质。他从少年就习武，学军事，身体素质原来就是极好的。以后虽然长期奔波，吃了不少苦，经历了不少磨难，但也锻炼了身体能适应各种生括环境，加之饮食一向不错，到了云南，又过丁一段安逸舒适的生活，身体得到了很好的保养口因此，他没有得上老年人的常见病，却突然患中风噎嗝之症。这种病，在其他年龄段的人都有可能得上。不过，因为年老关系。又处在一个非常特殊的生活条件下，像吴三桂已属高龄的人，恐怕得这种病更容易些吧！
吴三桂自然会得到当时条件所能允许的最好的治疗。虽说未见大好，却也维持下去，未见恶化。不幸的是，有一天，忽然有条狗窜到他的几案上，安祥地端坐着。吴三桂先是吓了一跳，马上意识到狗坐几案是不祥之兆。他很迷信，又经狗惊吓，精神一下子垮了下来，病情迅速恶化，口不能张说明他初得此病时，日尚能开合，而此时却不能张口。接着，他又添了下痢的病症，中医称痢疾，泄泻不止。请郎中百般调治，终不见效。吴三桂知道自己不行了，授意他的心腹大臣，速命他的孙子吴世璠（即吴应熊的儿子）来衡州，托付后事。
除此遗命，吴三桂对未来之事大概没有留下什么要紧的话，这在他死后诸将讨论大计时，各持一说，已见吴三桂死前未予指示今后的出路。看来，他不想说出他不愿说的话，一切听天由命，听凭他们主持吧。他自知是将死之人，心灰意冷，还能给他们留下什么话呢？或许口不能张，说不了话？或许他想等到孙子从云南来衡州时一并说？反正，他没有留下什么遗言，是可以肯定的。
信使从衡州到云南，再从云南携世瑶回到衡州，路途伺其遥远！吴三桂的病继续恶化，还未等到世璠来到，便于八月十八日病逝了，享年六十七岁。这年正是康熙十七年。吴三桂带着他的遗恨离开了人世。他的轰轰烈烈的一生，在凄惨中结束了。至此，作为他个人的历史已经完结。他没有留给子孙和臣属们丰厚的遗产，而是一个烂摊子。亟待收拾的残局，并且把必不可免的灭族之祸转嫁给了他们！
吴三桂的死，不用说，对他的子孙和臣属们是很不利的。今后向何处去，作何打算？他们中无论哪个人都不能作出决定。况且还有一些至关重要的将领仍在前方指挥作战，必须让他们参与大事。留在衡州的将领密议，派专使紧急把在前方的核心人物都召集到衡州后，再定大计。为防止因吴三桂之死而导致军心涣散和动摇，更防备不测事件发生，他们下令，将衡州城门关闭，禁止出入，也不发丧，把吴三桂的死暂时隐瞒起来。为遮人耳目，每天令仆从照旧给吴三桂进奉衣食，如平时一样，好像什么事也没有发生过。被蒙在鼓里的衡州军民，只觉得关闭城门太突然，也猜不出发生了什么事，都没想到吴三桂已经死了。当然，清朝方面更无从知道了。
过了四天，正在永兴等处的胡国柱、马一宝等接到密令。率部疾速回衡州。吴国贵也差不多同时赶到。待核心人物到齐，城门才开，照常通行旅。守永兴的清将领报告：从八月二日到二十日，马一宝等部逼永兴，满汉官兵日夜坚守，屡退吴军。二十一日夜，忽见马一宝等所有吴军焚毁营寨，慌忙整队撤退。直到八月末，他们才知道这其中的缘故。
吴三桂的侄、婿与心腹将领齐聚衡州，公推吴国贵总理军务，派胡国柱回云南，迎吴世璠前来衡州奔丧。胡国柱到达云南，向留守的郭壮图传达众将的意见，准备护送吴世璠去衡州。郭壮图当即表示反对，他认为云南为根本重地，吴世碍不能轻易出国门。胡国柱极力说服，郭壮图根本不昕，以为可弃湖南，守险隘，犹可以在云南作夜郎王国。力阻吴世璠离开云南。胡国柱气急大哭，在城外东郊徘徊敷日，痛哭流涕，郭壮图丝毫不为所动。实际上，郭壮图有自己的打算。她有一个女儿嫁给了吴世璠，三桂一死，吴世璠必然即位，立皇后。与她的女儿争皇后的还有卫朴的女儿。郭壮图力图把吴世璠控制在自己手里，因此就不准他去衡州。胡国柱无奈，哭着离云南而去。
胡国柱走后，吴国贵召集并主持诸将会议，讨论今后的方针大计。吴国贵首先发表见解，说：从前所为大误！今日大计，应该台弃云南而不顾，北向以争天下：以一军图荆州，略襄阳，直趋河南；一军下武昌，顺流而下，经略江北口吾辈勿畏难，勿惜身，宁进死，匆退生。拼死决战，剜中原之腹心，断东南之漕运。即令不能混一，黄河以南，我当有之。
诸将都很持重，不敢赞同吴国贵的意见。马一宝率先表示反对，阻挠弃滇北之上议。诸将的家产、亲属都在云南，放弃云南，意味着家私破产，个人利益遭受最大损失。马一宝反对弃滇，正符合他们的利益。他首先反对吴国贵意见，一唱百和，吴国贵的意见很轻易地被否决了。
综观当时形势，吴国贵之计，带有相当大的冒险性。因为此时北上与初到湖南北上大不相同。那时吴军声势浩大，锐气正盛，大江南北，长城内外，直至京师，无处不有响应者。清朝对此事件原无准备，如趁此时它兵力未集，利用这个有利的形势，毅然北上，必然会所向无敌，至少可在黄河以北站稳脚跟，清朝必以重兵趋北京勤王，而南方空虚，可让耿精忠独挡南方数省之征剿。吴三桂计不出去，驻兵湖南不进，一则给清朝以喘息时间，使它有足够时间调兵遣将，倾注全国兵力于江南一羁之地，造成了自己的优势；吴军则年随一年地失去优势，变主动为被动，以致成现在之局而！吴国贵在吴三桂死后，敢于说吴三桂的所为是大误，表现出他的气魄和远见。他提出此时北上，一个不利的条件是，他们的军队已由盛而衰，锐气已失，斗志下降，多年征战，伤亡甚重，久经战斗的老兵急剧减员，新增的兵员，论素质和战斗力都不能跟老兵相比。从清朝方面看，它在征战中已完成了全而备战，兵员和兵器、火药等军需物资装备、粮饷都已相当充足，保证了前线的供给。特别是它的八旗兵已从战争初期的惊慌失措中恢复了战斗力，而且越战越强，显示出无坚不摧的威力。一句话，双方强弱之势各向其相反的方向发展变化。在这种情况下，如吴军毅然北上，必然充满了巨大的风险和困难，甚至有覆没的可能。这一不利条件，吴国贵似乎已充分地估计到了，正如他以巨大的决心所表示的：勿畏难，勿惜身，宁进死，勿退生！宁肯在前进中死去，也不在后退中括着！这是一种孜孜以求的进取精神，是要建功立业，而不图个人之私利、将个人生死置之度外。倘要干一番事业，此种精神必不可少！
如果再仔细推敲，反复惦量吴国贵的战略，并非全是冒险面无可行性。从全局考虑，清军几乎是倾巢南下，这在防御上就出现了一个巨大的漏洞；长江以北特别是黄河南北，已呈现真空状态，屡次征发禁旅，连驻守京师的兵力也为数不多，已到了无兵可发的极限。为了战争的需要，朝廷从东北地区征发了黑龙江宁古塔（今宁安）兵，直至黑龙江以北的索伦兵，还有吉林乌拉兵、今辽宁省的盛京兵、长城以北蒙古诸部的骑兵。在平息王辅臣叛乱后，又征调了陕西兵。各处援兵云集长江以南。北方各重点城镇驻兵为数不多。以康熙十三年十二月所报长江沿岸及以南一些重点城镇驻兵为例：如武昌府只有巡抚兵一千五百名、城守参将所属一千名，新近设水师剐将与官兵一千名，总计三千五百名。南昌现有总督标兵三千名、城守官兵五百名及水师官兵一千名，总计四千五百名。安庆有巡抚所属官兵一千五百名及城守官兵一千名，还有新设安徽提督官兵三干名，计五千五百名。这几处城镇是战略防御的重点，为防御和阻击吴军，陆续增加兵员，多者也只有五千余人，平均每城不过四千余人。如无战事，常驻兵不超过三千人。以此推算，北方一般城防至多不会超过二千人，有的可能更少，也仅有干百人罢了。这些驻防兵不足以应付战事，仅够维持地方治安秩序而已。圣祖于初期尚注意北方防务，当他看清吴三桂无意北上，便放心大胆地倾注全部兵力于江南。如果吴国贵的方针得以实行，乘虚而入，就会给清朝一个出其不意的打击，清军再从南方各地北调追逐，势必疲于奔命，一时难以应战。仍在陕西活动的叛军余部及固守兴安、汉中的大股叛军、据有四川的吴之茂等就会立即配合。当清军从南方北调，就会解除或减轻它对据守的叛军的军事进攻。台湾郑氏军队再乘虚占据福建、广东沿海城镇，可能会乘机向内地扩展，必然牵制清军的部分力量。吴军水陆齐出，攻打清军措手不及，便有可能直下河南、河北地区。以当时吴兵力，如集结各处兵员，至少可达十万人以上。不会成为问题。吴国贵的战略，剜中原之腹心，断绝清朝赖以生存的东南漕运，更致清朝于险境。他认为即使不能统一全国，也可得黄河以南而自立一国政权。完成此举，并非一件易事，必以困兽之斗，拼死决战的精神，一往无前，方有成功的希望。
吴国贵的战略，既大胆，又冒险，而且不无实现的可能。肴得出来，他是吴三桂营垒中一个颇有眼光、有胆有识的统帅人物。但此议没经慎重讨论，就轻易地被否决了。
吴三桂死后，迟至十月才发丧，胡国柱等用棉裹吴三桂遗体，秘密载往常德，由此载运回贵州、云南，颇为方便。吴三桂孙吴世璠没有去衡州，只迎至贵阳，并在此即帝位，以贵阳府贡院为其行宫，定明年为洪化元年（康熙十八年），给其祖父上尊号太祖高皇帝，父吴应熊为孝恭皇帝。官制皆依吴三桂所定，对各将吏都有所封赏，以吴三桂所封大学士方光琛、新封国公郭壮图为腹心，吴三桂的侄、世璠的叔叔吴应期晋封楚王。经过一番明争暗夺，郭壮图的女儿嫁给吴世璠，被封为皇后。吴世瑶召顾命大臣曹申吉等人赴云南，只有曹申吉听调应命，其余皆托故不到。吴世璠即位时就遇有不祥之兆。在胡国柱奉命筑坛代条时，阴风疾起，灯烛皆灭。这一说法，不过是人们在吴军败后，追述前事，以此偶然现象来比喻吴必败而已。
吴三桂死后，诸将领否决了北上争天下之议，专力保守云贵，但也不想轻易丢弃湖南，还在尽一切力量力图保住湖南。这对保住云贵仍然是一大关键。愿望如此，却不能左右形势的逆转。自吴三桂一死，军心进一步涣散，愈发不可收拾。吴应期坚守岳州，勉强维持到康熙十八年正月，便弃城冲围而逃。丢弃岳州，湖南门户洞开，时刻待命渡江的荆州清军于正月二十七日蜂涌渡江，千帆竟发，漫江而来。圣祖下令展开总攻击，遂成破竹之势，吴军全线溃退……
吴应期自岳州撤出后。奔长沙，不敢多停留，于正月二十九日烧毁船只，弃城逃跑，率残部投向辰州，胡国柱也同吴应期撤出长抄，退屯辰龙关，与吴应期相犄角，企图力守。
吴军一撤出长抄，清军随后人城。长抄不战而得。圣祖指示：贼失岳州、长沙谱要地，正当惊惶骚动之时，乘机进取衡州，击灭逆贼，殊为要务！他命令大将军察尼，发水师营总兵官等率绿旗兵三千八百、沙船一百、快船八十赴长抄，除此，速发满洲兵，多带船炮，尽快至长沙。给广东尚之信发布进军命令：乘此各路贼寇涣散之际，平定广西。他要求尚之信、将军莽依图、舒恕、额楚、傅弘烈、总督金光祖等勿失时机，速定广西。下诏江西总督董卫国，率所部兵赴大将军岳乐处，协力攻取衡州等地。
荆州清军一路由署都统多谟克图等率师渡江，据守对岸的太平街、虎渡口等处的吴军放弃抵抗，悉数溃逃。一路由顺承郡王勒尔锦率领，比前一路迟二天，即于二十九日渡江，驻元始，前队官兵分路追剿，松滋、枝江、宜都（均在湖北省境，荆州上游，长江南岸），还有石门、慈利诸县与澧州的吴军不战而逃，尽被清军收复，守百里州（松滋附近），吴将洪福率舟师投诚。二月十四日，勒尔锦抵澧州，遣派固山贝子准达等率部进取常德。吴军不守，在清军未到之前，纵火焚烧城中房舍与船舰，然后逃遁。十八日，清军人常德府。大将军简亲王喇布先后攻下华容、安乡、湘潭，二月初七日收复衡山县（今仍名），令前锋统领希福等收衡州。吴军闻风丧胆，吴国贵、夏国相等自度难守，弃城面逃。十三日，喇布率清军开进衡州。这座曾被吴三桂即位时更名为定天府的行在，固守多年而一朝失掉，没有逃脱的官员一百余人投降。清兵没有停留，由衡州继取末阳、祁阳（今仍名），三月五日，再克宝庆（邵阳市）。
自正月吴军由岳州撤退，湖南战场形势为之一变：各处吴军不守，闻风即逃，其势如退潮，在不到两个月的时间里，自北而南，吴军毫不停歇地向后退去，清军马不停蹄地尾随紧紧追逐，几乎是兵不血刃，追到一处，得到一处。于是，在湖南的广阔战场上，出现了一种战争的奇观景象：一方铁骑如云，玉轴相接，似狂潮奔腾，似疾风骤雨，滚滚向前，席卷而来；一方丢盔卸甲，溃不成军，急急如丧家之犬，狂奔逃命。造成这种局面，其根本原因是吴军失去统一指挥，将帅们已完全丧失斗志，无心抵抗，清军未到，率先逃跑。至三月间，吴国贵、马一宝、夏国相弃衡州出逃，奔水州（零陵），被穆占部击败，逃向新宁（今仍名），再逃至湖南的西南部、接近贵州的武冈（今仍名），暂获喘息，驻扎下来。清军取永州后，南下取永明（江永）、道州（道县）、江华（永明东南侧）、东安（今东安南）等县城口吴应期、胡国柱、王绪等经长沙一口气逃到辰州，安营扎寨，依险据守。到这时，除了辰州、武冈、新宁，湖南绝大部分地区都被清军占领。
吴三桂的死直接导致吴军的败亡，清军攻下湖南。同时，他们也发动了对四川的攻击。
四川号称天险，山峻谷深，道路阻断，进兵不易，出兵亦难。因此，圣祖将四川叛军暂且不理，先突破陕西与江西、福建两翼，然后倾全力突击湖南，待湖南全境将要恢复，就命将领率师入川。趁此清兵大胜、吴军败亡的有利形势，一举收复兴安、汉中，再深入川中，除个别地方遇到抵抗，所到即降。王屏藩等被迫自杀、吴之茂等被捉，四川一省全人清军掌握之中。清朝重新占有四川，给八旗兵进云南又提供了一大方便条件。于是，清兵从西南包抄云贵。
十三、尸骨不存，吴氏灭族
夺取云贵是清朝平叛的最后一战，清军分三路，赴向贵州。吴军将领死的死，降的降。昆明城也于半年之后陷落。
进城后，章泰、蔡毓荣、哈占、赵良栋等主要统帅举行会议，讨论如何处理吴世璠以下的骨干分子。议决：投收吴世璠家产，把他头割下，传送京师示众；将首谋（反叛）献计的方光琛和他的儿子方学潜、侄儿方学范立即于军前凌迟处死。接着，又制定了处理逆藩人员条例：凡助贼肆恶、事迫投降的高启麈、张国柱、巴养元、郑旺、李继业等人皆处斩，妻女财产没收人官。将王永清、江义等人凌迟处死，他们的亲属一律处斩。
吴三桂已死去三年多，朝廷仍不放过他。清军一进城，就搜查他的棺柩，准备戳尸示众。但查找多处，不得其真假，问吴三桂手下的至近人，也说不清楚。据有的书载，清军迫昆明时，吴世璠和他的岳父郭牡图为防万一，极其秘密地把吴三桂的尸骨改葬它处，此事只有吴世王璠、郭牡图等极少数的几个人知道，可是他们都死了，他人无法知道吴三桂的真尸骨埋在何处。清军已挖掘过吴三桂的坟墓，但都是伪墓。清军到处搜寻，甚至一天中竟挖得十三具尸骨。连清统帅们也无法辨真伪，下令用火都烧掉。据传，吴三桂的真骸骨埋在远离昆明的中缅边界铜壁关外。有的书记载，清军搜查吴三桂尸骨，毫无踪迹可寻。这时，吴三桂的一个侄儿出面说：吴三桂的尸骨已焚化，骨灰匣藏在安福园石桥水底戽水。清军照此挖掘，果然找到一骨灰匣。然后将吴世瑶的头与吴三桂尸骨一并送到京师。康熙二十一年（1682年）正月十九日，议政王大臣会议做出决定：逆贼吴三桂骸骨分发各省，吴世璠首级交与刑部悬挂示众。另将已押送京师的夏国相凌迟处死，巴养元等五人斩首示众。
综合各书记载，朝廷所得吴三桂尸骨不一定是真的。因为吴世瑶临败前，必将他的祖父的尸骨妥为保存，免致败后遭戳，伪造几个疑墓是完全可能的。如果吴三桂尸体已焚化，更难分出真假。反正随便拿出谁人尸骨，就说成是吴三桂的，又有谁去辨伪存真！朝廷的目的，不过是作为惩治吴三桂尸骨，以做戒后人罢了，而对于一个死人，无任何实际意义！
最后，还须交代吴三桂最宠幸的爱妾陈圆圆的下落。当初，就是这个女人促使吴三桂冲冠一怒件，弃明投清，从而改变了自己的命运。清军人昆明后，在吴三桂的籍簿上确无陈圆圆的名字，亦不见其人。她到哪里去了？下落何处？这已成为至今未解的一个历史之谜。据《平滇始末》、《平吴录》等书所载，城破时，圆圆同郭皇后，还有一个叫印太太的，一同自缢面死；又一说陈沅（圆）不食死；还有的说，她当了尼姑隐居起来而得善终；还有的说投滇池面死。众说不一。清代野史说，陈圆圆的墓在昆明商山寺，甚至说她死于康熙二十八年（1689年）。墓已不复存在，也难辨真假。直到二十世纪八十年代初，据报载，在贵州岑巩县采尾乡马家寨发现了陈圆圆墓，有碑一块，上面镌刻：吴门聂氏之墓六字。
吴门非指为吴（三桂）家人，而暗示圆圆籍贯苏州，亦即吴门之意。至于聂氏，也是用他人之姓氏用。这大概是为了避讳政治嫌疑才隐姓埋名的。碑文明载当年圆圆由昆明来到贵州岑巩平西庵为尼（庵今仍存，在今岑巩县大有乡桐木寨）。何时到此？大抵是吴三桂反后，兵驻湖南，或许她为避祸，而悄悄远离昆明，来此僻地隐居，故能得以善终。又据报，这个寨子有三百多户人家，除一家之外，都姓吴。他们自称是吴三桂的后代，祖上有训，要为陈圆圆墓保密，所以墓才保存到今天。圆圆旁是吴三桂的心腹大将马一宝的衣冠冢。这一切，都表明此墓的真实性。这一事实如能成立，那么，可以认为，圆圆早在昆明城破前已离开这一危地，吴三桂的后人或于破城前后也躲过清军盘察和追索，而与圆圆来到贵州岑巩这一穷乡僻壤。在这里了此终生了。这只是推测，还缺乏足够的史实依据。因此，有关圆圆晚年及死后埋葬地之谜，有待于进一步揭开。
与吴三桂同时代的清代著名诗人吴伟业唱出了《圆圆曲》，只道出了吴三桂与圆圆的初期恋情和历经曲折面重新结合的一段艳史，却是以吴氏全家的白骨为代价换取的。三十多年后，吴三桂与圆圆各走一途，又以吴氏灭族的血的代价而最终结束了这一显赫世象的历史！吴氏家族的兴衰，乃是人间一出悲喜剧。清朝为保持它的统治地位，不遗余力地进行了这场战争，取得了最后的胜利。战争无疑消耗了它的实力，损失了巨大的物力、财力和人力。然而它的胜利，足以弥补所受到的损失，并且变得空前强大，使它成为不可争辩的中国统治者！圣祖和他的大臣们已充分估计到赢得这场战争胜利的深远意义，这从康熙的《滇平》一诗中，得到了充分的反映。这首诗是圣祖在得到清军克取昆明，吴三桂的余党投降的消息时，不由得感慨万端，挥毫而成：洱海昆池道路难，捷书夜丰到长安。未矜干羽三苗格，乍喜征输六诏宽。天末远收金马隘，军中新解铁表寒。回思几载焦芳意。此日方同万国欢。
通往云南的道路何等艰难！可是，胜利的捷报仍然在半夜传送到北京。赢得这场战争的胜利，并非是专用武力征讨，而是恩威并重，使云南的各民族受到感化。幸喜战事结束，开始减少对云南军队征调和物资的征收。在南天边收复了昆明，兵士们可以解下穿在身上感到寒冷的铠甲征衣了。回想起过去几年来的焦虑和艰辛，至今日才同天下百姓举国同欢。
这首诗，道出了圣祖接到捷报瞬间的奔涌的感情，充满了激情和无限的喜悦。他首先想到的是云南各族百姓从此可以获得安宁，广大兵士们解甲，不再遭受征伐的牺牲和痛苦。全国人民同他都忍受了数年的艰辛，终于迎来了与天下同欢的新局面！
彻底平息吴三桂发动的大规模的武装反抗斗争，从根本上消除三藩的隐患和威胁，国家重归一统，由大乱走向大治，大清江山从此得到巩固。圣祖和廷臣们都把这一件事，视为清建国史上特大盛事。京内外百官纷纷上表庆贺，行贺礼。圣祖则于康熙二十年（1681年）十二月二十日，颁诏天下，其文略日：
朕缵承丕绪，统御襄区，仰惟天地誊佑之麻，祖宗付托之重。圣祖母太皇太后慈训之殷，蚤夜孜孜，勤求化理，期于兵革寝息，海字犁安。不意逆喊吴三桂，负国深恩，倡为变乱，阴结奸党，同恶相援，抗违诏令，窃据疆土，滇、黔、闲、浙、楚、蜀、陇、两粤、豫章之间，所在释骚，肆骋病毒。吴三桂僭祢伪号，逆焰弥滋，负罪尤甚。
朕恭行天讨，分命六师，剿抚并师，德威五济，或繁颈于阙下，或骈戳于师中，擒扑诛除，以次收服。乃是三桂即膺神殛（措三桂病故），逆孙吴世璠，犹复鸱张。据大诏之一隅，延残喘以拒命。朕惟贼惠一日不除，则生民一日不靖，策励将士，屡趣师期。于是虎旅协心，进逼城下，贼焱计穷势蹙，通款军门，妁日献城，凶桑授首，师克之日，市肆不扰，边境晏如，捷书既至……神人胥悦，退连膺欢。
念自变乱以来。军民茶苦，如在水火，擅坚执锐。卒岁靡宁，行齐居送，千里相望，被兵之地，既罹于锋刃，供忆之众，复固于征精。朕悯恤民艰，不思辄加额赋，闻施权宜之令，用济征缮之需，意在除残，事非获已。而身处宫寝之内，外廑闻闽之依，中夜屡兴，旰食不眠，正焉思治，八载于兹。夸群逆削平，疆囤赢定，悉翦除历年之蟊喊，永消异日之隐忧。甩是荡涤烦苛，雏新庶正，大沛宽和之泽……诞告天下，成使闻知。
这是一篇典型的官样文章，完全是从清朝的立场对这一事件做了总结，观点未必尽正确，事实未必尽真切。不管怎么说，清朝胜利了，吴三桂失败了。清朝完全有理由也有权力来按自己的政治需要书写历史！
十四、诸逆授首，后代子孙永为奴
吴氏政权的覆亡，招致整个家庭的毁灭。吴氏是一个庞大的家庭，几乎没有一个善终的。除了吴三桂和他的妻子张氏死于昆明城陷之前，免受斧钺之苦，其余无不死于非命：其子吴应熊、其孙世霖、世璠，侄吴应期、女婿等等。或惨死于阙下，或毙命疆场，或饮刃于宫室，或相残于萧墙，而他们的家属或株连同死，或进人官府为奴，连吴三桂的美妾亦被夺占。他储积的庞大家产也于一日之间化为乌有，结局是很悲惨的。吴三桂的部属、同盟者，其首要分子和骨干也几乎难逃厄运，纷纷被押上断头台。这是吴三桂失败的直接后果之一。
吴氏满门灭绝，并未使圣祖和廷臣们感到丝毫怜悯，相反，他们认为必须这样做。他们看到吴氏家族一颗颗人头落地，报以满意的欣慰。政治斗争如同战场上两军格斗，你不杀他，他一定会杀你，二者必居其一。谁若手软，或稍一迟疑，性命就会被对方取去！所以，同自己的最危险的政敌作殊死之斗，根本不需要怜悯，也不需要有点滴的同情，要的是铁的手腕，流血的镇压。这才是一个政治家的特色。圣祖当之无愧！战争已经结束了，一切生死予夺大权重新操在圣祖和朝廷之手。本来，乱源业已清除，照理说，一切都成为过去，应面向未来，如何治理国家。但是，事情远未结束。他们还感到只镇压吴三桂一族还是不够的，必欲把其党羽全部干净、彻底地消灭掉，如斩草必须除根，不留一点令人不安的隐忧。于是，清洗与镇压同时进行……
在战争进行期间，圣祖为了分化、瓦解和孤立吴三桂，一再施以招抚之策，百般诱使归正。政策相当宽大，待遇相当优厚。不管谁在吴氏政权中任何种职务，犯有多么严重的罪过，只要放下武器，立即会得到极优厚的待遇，对以往之事，一概免究。圣祖表示，朕决不食言，可昭之日月。这些诺言，都行之于文字，载入件件诏书之中。可是，当战争胜负已成定局，特别是在攻下昆明之后，圣祖马上想到处置已降的吴三桂的党羽，时机已经来到。在他的指示下，朝廷开始甄别，以种种理由和口实，将已降的原属从叛的骨干分子逐一查出，定罪处死。举其要者，叙其原委，以明历史真相。
耿精忠与其子耿显诈及骨干分子曾养性等被凌迟处死，家产没收。对尚之信及有关人员作出判决：同谋者尚可喜、妻舒氏、胡氏从宽免死，并免家产籍投；尚之孝、之璋、之隆等都从宽，革职枷责。尚之信不忠不孝，罪大恶极，法应立斩，姑念曾接亲王，从宽赐死。
康熙十九年七月十七日，钦差奉命至广州，向尚之信宣读完旨意，赐一条帛，令其自尽。上午七时许，尚之信气绝身亡，葬于广州城西报资寺后山下。他的弟弟尚之节、长史李天植等人被押上刑场斩首。尚之信等人的妻子都籍没人官。圣祖又指示，尚之信所有资财，用来充作军饷；过去属平南王的私市私税每年所获银两，不下数百万两，当尽充国赋，以济军需。
从历史资料分析，我们有理由认为，康熙对耿精忠、尚之信的处置，是一场有组织、有计划、有预谋的政治谋杀。圣祖撤藩，是既定国策，体现了统治者的根本利益和要求，当然也符合封建中央集权的要求。耿、尚连同吴三桂及其子孙，再推而扩之，累及他们的部众，都成了撤藩的牺牲品。
圣祖对他们采取的政策，前赦而后治，不能不认为是言行不一，背信弃义。在战争进行中，圣祖千方百计地招抚，许以种种诺言，无论有多大罪过，概行宽免，一律不究，官复原职，待遇不变，甚至稍有微劳，即加官晋爵，极尽笼络之能事。他的目的，就是最大限度地孤立分化吴三桂，并借用他们的力量来消灭吴三桂。当他大功告成时，这些人已无使用价值；相反，又视此等曾从叛的人为心腹之患，痛恨起他们曾从恶反对朝廷，尤其对其首要分子和骨干不肯放过，必罗织罪名予以彻底消灭掉，才肯罢休！
三藩以外的人，还有一个重要人物王辅臣，他的结局，也朱能逃脱一死。不过死法不同而已。
据清官方史书记载，王辅臣系病故，未曾受刀斧之伐。其实不然。他这个人颇有政治头脑，当康熙二十年七月，清军正围困昆明时，圣祖下诏，令他随经略图海进京陛见，他便料知此去凶多吉少，打好了主意。行前，他命人取出库中银两，各分成一封，多的达百两，少的也有数袭，又罢免王继贞之职，其家属归旗。由此可知，圣祖令王辅臣进京陛见，是不怀好意的。他死后，其婿薛英等请携王辅臣骸骨及家口回平凉。兵部不准，令将王辅臣骸骨及家口一并送到京师。这不难看出，朝廷本意是把辅臣调来京师，准备拿问的。比较起来，耿精忠、尚之信却看不清楚狡兔死，走拘烹的道理，王辅臣倒有先见之明。早在奉命进京之前，王辅臣随图海驻汉中，圣祖频频给他父子俩加官进爵，他不但没有欣喜，却惶惶不安。越发疑惧朝廷此意不善，曾白缢死过一回，被救醒过来。直到这次叫他进京，便预感朝廷要跟他算总账，不会放过他，让他不得好死，这才决心以此死法，哄瞒朝廷。使各方都不受牵累。
祖泽清，是明束辽东明将祖大寿第四子，他据广东高州响应吴三桂，康熙十六年归正，次年叉叛。尚之信奉命率部迎击，曾一夜驰行一百八十里抵高州，祖泽清携家口遁入山中。十八年四月，圣祖明示：凡属从三桂叛的各处大小官员，不管出于何种情况，只要归降一概宽免。惟祖泽清父子受国家厚养，前叛时以为出于不得已，而降后复叛，可知他们父子甘心从逆，情罪重大，国法难容，不许招抚，亦不许其投诚，务令各路大军搜山擒获。至八月，祖泽清和他的儿子祖良梗等被搜出，押送京师。十九年二月，父子都被凌迟处死，他的几个儿子的家口也都被籍没为奴。
从康熙二十年年底攻下昆明后，至次年二十一年五月，圣祖又逐批处决了吴三桂属下已投诚的将吏，他们是：
原任贵州提督李本琛，以从逆论处，判磔刑，他的孙子李象乾、李象坤和民籍亲弟之子李济善、李济民一律处斩；
吴三桂任命的将军王公良、王仲礼、巡抚吴谠、侍郎刘国祥、太仆寺卿肖应秀、员外郎刘之延等，即行处斩。原任清镇远副将、受吴三桂封为将军、镇远伯江义，以情罪甚重凌迟处死。以上被处死者的首级皆悬示。他们各自的十六岁以上的儿子一并处斩，家产籍没，其妻及未及成年之子，查交内务府，其余一般人员可分发山东、河南、期广、江西安插。
胡国柱、王绪、李匡已自缢、自焚死，他们的家属投诚。圣祖以胡国柱三人情罪重大，伊等子弟法难宽宥竹，悉行处斩，妻女、家口、财物籍没，送交内务府。
彭时亨、谭天秘先叛于四川，后投诚，复叛，情急归降，以罪恶重大，即凌迟正法，割首级示众。
仅据清官方记录，满族人获逆罪被处死的有三人，原任布政使成额、笔帖式书舒处以绞刑，笔帖式巴席因参与甘肃巴三纲之乱，又系满洲人，情罪甚为可恶，判斩首，立即执行。
以上备案犯皆系要犯，而没有载人官方记录的被处决的从叛或胁从之人，又不知凡几！这从圣祖的原则规定，可以知道被处死的人非常之多。这条规定是：凡逆属旧人，及副将以上，悉令进京；参将以下，分插四省。（指河南、湖广、江西、山东四省）又补充规定，其云南或别省后投靠到藩下的，释放为民，免迁徙四省安插。这样做的目的，是因为他们都是为逆贼济恶之人，务使离逆贼旧踞之地，斯根株清而萌檗不复生也。这就是斩草除根的意思。
吴三桂藩中，副将以上的将官，究竟有多少手尚难统计，估计不会少于干名。所谓逆属旧人，是指吴三桂名下真正家仆旧人，在云南或别省投靠来的人，不在此内。一句话，清朝视为危险的是从早年就追随吴三桂、与他共命运的那批人。如在辽东时期，或入关后，辽东人投到他门下而被收留下来的人，清朝还把逆贼所属匠役人口，也包括在这批人之内。他们因为跟随最久，与吴三桂已结成了共同的利益，这些人才是吴三桂的真正家仆旧人。他们助逆最多，但未曾领过兵，未同清军对抗过，一律处死，处分太过；如留在云南，惟恐不知何时故态复萌，敌将这批人悉数迁移北京。他们的人数远比副将以上的人多。据平吴后任云贵总督范承勋报告，他通查伪包人（指王府服役人员）数，据原档册报官役人共一千一百六十四名，而实际起发京师的达六千三百零五名，还有续收候发的人口为一百二十名，原藩下兵士，原档册报为二万二千五百五十八名，而已起发赴京师的则有二万七千五百五十二名，还有一百八十一名尚待续发。这就是说。实际清查出来的真正家仆旧人，包括其兵丁，比原报官记录在册的人数要多出不少。这说明，吴三桂当初有意隐瞒了藩下大量人口。
圣祖把人数众多的副将以上的将吏和吴三桂的所有旧人、兵丁悉数调到京师，是给予妥善安排吗？不是。朝廷要对他们逐个进行甄别，分清每人从逆情罪轻重，把那些他们认为可恶的从逆者统统查出来，然后加以消灭。这些未载人清官方档案，因为杀的人太多了，有失清朝和圣祖的德政，故修史时，未编纂人。但至今当年被流放的吴三桂的部下兵了后裔们说：他们的祖先早就传下话，当年凡副将以上的将领都杀头了。他们并没有读清史，但说法却与清官方记载完全吻合。不过，清官方投说杀头。这是不言而喻的，无须说明，是尽人皆可以想见的。
该杀头处死的人员，包括其家属，依今天看，尚未成年的男孩（16岁）也在被杀之列，累计何止千百人！而被处死的人的家眷、亲属，无不受到株连，或死，或没官为奴，家产全被没收。要把这些人也算在内，又何止成千上万！圣祖及其统治集团这样做，实则是对已放下武器的投诚人员的一次血腥镇压，是一次胜利者对失败者的疯狂报复。圣祖的政策和行动，最深刻地反映了清朝封建统治者的阴险和刻毒的本性！
圣祖屠杀手无寸铁的人，株连无辜，又使幸免一死的成千上万的人被流放，世世代代遭受苦役，面永世不得翻身。吴三桂的藩众除被处死之外，不管官吏，还是士卒都被流放边地。东北是主要流放地。康熙末年，据羁官于辽东的王一元所见，沿途看到许多站丁。蓬头垢面，生活极苦，问及他们，都说原是吴三桂的部属，被发来塞外克站丁苦役。一些佐领一级的将官也同士卒一样地位，不过，这些士卒还保持着以往习惯，称他们为老爷。
一八八八年（光绪十四年），任职漠河矿局、办文案、交涉事的宋小濂，著有《北微纪游》，据他亲身经历，从伯都纳城（吉林省扶余市）至瑷珲计一千六七百里，共二十余个驿站，均为康熙年间抗击沙俄时所建。他曾询问过这些站丁，他们称：当年吴藩被平定后，其余党被遣发，赴极边充当站丁，他们是其后代。他们非满非汉，至今（指清朝末年）子孙不得人仕途，贫苦之状难以言喻。东北地区是发遣罪犯的理想之地，路远，荒凉，苦寒，足以实施惩罚。康熙二十一年初，圣祖东巡祭祖，至乌喇地方（吉林市），见其风气严寒，内地发遭流放犯苦不胜寒，颇动侧隐之心，指示以后发遣发到辽阳即可口但他强调，反叛案内应流人犯仍发乌喇地方，令其当差。吴三桂的余众自今辽宁、吉林，北至宁古塔、黑龙江沿岸，发遣东北各地为数相当多！
还有一些士卒被发遣到塞外喀喇河屯（今承德市滦河镇），从事看守行官的下贱职业。据调查，现居住承德市滦河镇一带，娄、刘、王、朴四姓，都来自云南，至滦河称宫省族，其祖先都是吴三桂的兵。平定叛乱后，他们被发遣到这里，不准当兵，只能看宫门打更，这一职业同站丁一样，为世袭，永远处卑贱地位！为谋生计，他们白天做小买卖，晚上打更。世代如此，直至清亡。
十五、盛衰成败，引得后人鉴
吴三桂掀起的一场政治的与军事的大动乱，在猛烈地持续丁八年之后，终于平息下来，又恢复了事变前的平静。它留下来的问题是，应当怎样看待这场大事变，以及怎样评价吴三桂。吴三桂起兵叛请，大致来自两个方面的原因。首先是主观的，以吴三桂为代表的原明朝一大批将吏，摇身一变而成为新朝的权贵、创建新朝的元勋。他们有自己的特殊利益。在他们看来，从清朝新主人那里得到的福贵、权力、地位都是理所应当的。他们与清朝的关系并非是休戚与共，鱼水交融，真正地融为一体，而是一种类似主顾的关系，他们受雇于清朝，自然要获取合理的报酬。面一旦停止这种报酬，如像对吴三桂等人那样，完全剥夺其利益，他们就会翻脸不认人，不惜孤注一掷，铤而走险。他们对清朝将损失掉什么，毫无痛惜之意。他们从半路加了这个政权，没有跟清朝结成那么深的关系。为保护政治上与物质上的特殊利益，是吴三桂悍然起兵的主观原因。
其次，从客观方面说，吴三桂起兵，有着广泛的甚至深厚的社会基础，这是推动他前进的基本动力。他在云南振臂一呼，天下响应，东西南北在在鼎沸。既然他反叛朝廷，何以如此得人心？这是因为刚刚建立起全国统治的清朝并未得天下之欢心，清兵南下屠杀过成千上万的汉人。前事不远，人们记忆犹新，那种亡国遗恨不会在短期内被消除。新来的统治者、清朝的封疆大吏、地方官府，并未给他们带来更多的光明，相反，想法鱼肉百姓。旧恨新仇，激起人们怒火中烧。他们响应吴三桂起兵，正是这种不满和愤怒的总爆发。这一点，圣祖也认识得很清楚，他说：吴三桂初叛时，散布伪札，煽惑人心，各省兵民，相率背叛，此皆德泽素未孚洽，吏治不能剔罄所致。这也是同题的症结之一。这就不难解释，为什么已降清的将吏纷纷倒戈，百姓纷纷参军参战，在很短的时间，把清朝置于空前孤立、空前危机的境地。发动和领导这场斗争的，既不是普通农民，也不是一般的士人，却是原明的显官，当时显赫的亲王，他的部属骨干也都届于统治阶层的人物。他们同清抗争，不过是为一己集团的利益，并利用了人民的抗清心理来达到自己的目的。
所以，吴三桂起兵不能说成是起义、抗清竹的正义事业。无论是吴三桂，还是耿精忠、尚之信及具有关联的一群人，无一例外地都是寄生的腐败的集团，他们还保持着原明的某些腐朽习性，力图维护以往的旧制度，保持着他们政治上经济上特殊权利。在他们的王府范围，实则带有农奴制的特征。不言而喻，以吴三桂为首掀起的这场斗争，最终不可能给人民带来好结果口广大人民群众中途抛弃了他们，原因即根源于此。
但是，战争具有一种伟力，它能把那些用行政命令而无法捎除的陈规旧迹一扫而尽。吴三桂发动内战，以巨大的力量冲击了清朝统治者强加给人民的某些不合时宜的枷锁，并打破它的统一，使之在新的基础上再统一，调整和修改以往不适应时代要求的政策，实行新的政策。无疑，这些都有利于社会生产的发展。同样，圣祖倾全国人力物力来进行这场战争，最终消灭了吴三桂等各个政治与军事政权。在中国土地上，彻底铲除了明末以来所形成的腐败的封建官僚兼地主的军阀集团。拔掉了植根在封建制度上的一个毒瘤，这也有利于社会的进步。
吴三桂以失败告终，是很可悲的。他本来有胜利的可能性。主要问题是吴三桂在军事上没有取得稳定的胜利，而所取得的胜利叉没能巩固下去。军事的失败，又根源于吴三桂的战略思想的错误。他从云南出兵，以闪电的速度直进至长江南岸，如果他能乘清兵未集，迅速渡江，进至黄河流域，截断清朝东南的漕运，号召黄河以北原明朝降官降将倒戈，进而再带动人民群众响应，将置清朝于极端孤立叉措手不及的困境中。如有可能，就进逼京畿，将迫使清朝统治者北迁，或许被逼回关东老家，也不是没有可能。可是，吴三桂没有这样做。他最大的失误是，驻足湖南而停止进兵，从而使清军集结，圣祖调兵遣将，从容部署赢得了时间。他在军事上陷入保守主义，消极防守巳得阵地，部队的锐气一落千丈。面圣祖则采取稳住长江防线，顶住湖南吴军的军事压力，从其两个德翼展开进攻，各个击破后，再集中全力对付湖南的吴军。这个战略击中了吴三桂的要害，可惜他至死不悟，听任清军的分进宰割！等到吴三桂死后，吴应期提出北进计划，为时已晚。
按照圣祖的战略计划，本来可以缩短战争的延续时间，有可能尽早结束。问题就出在他所任命的各路统帅、将军，大多是无能怯懦之辈，不敢向吴军进攻，以各种借口拖延进军时间。他们不以国事为忧，却如平日在京师那样恣意享乐，致使总攻时间一再延期，对峙局面也一再延续下去。从他们的怯懦无能，就给吴军战胜清军提供了难得的机会。吴三桂却没有利用！没有军事上的稳固胜利，就无法保持政治上的优势。
吴三桂的失败，还在于政治上的分散，没有形成一个核心力量。他跟各军事集团如耿精忠、孙延龄、王辅臣、郑之茂等，不过是一个松散的政治联盟，吴三桂的年号，并未获得他们的承认。因之也没有形成集中统一的指挥、统一的步骤，彼此不受约束，各立旗号，孤立作战。吴三桂仅仅以一纸之札，给某人一个名号，封个官职即万事大吉！就是说，没有一个统一的政纲。比如，他至湖南不进，意欲何为？是企图建立半壁江山？还是最终退回云南？人们并不清楚。没有目标的斗争，是盲目的、不清醒的、偏离方向的斗争。因此，他与耿精忠、王辅臣等都是各顾各的利益，形成不了一个有核心的统一支配的政治力量。王辅臣孤军战西北，终致被逼降；四川郑之茂等救援不成，也缩回四川束手待毙；孙延龄三心二意，被吴三桂干掉，自失一助；耿精忠独自挣扎于东南沿海，直至被歼灭，吴三桂爱莫能助，眼睁睁地看着自己的羽翼逐个被消灭，而他们被消灭之后，厄运便降临到他自己头上！
吴三桂这个人，反复无常，所谓见利忘义，备受人们谴责。明清之际的历史相当复杂，他处在这个环境中，以及他的特殊的机遇，思想不可能那么单一明了。在他身上，体现了时代的特征，构成了那个时代的集矛盾于一身的一大典型人物。他在明，有功于明，奋战山海关内外，阻击清军，保卫明朝江山社稷，人清，又建大功于清，首战山海关，大败李自成农民军，既为亡明报了仇，又为清人主中原首开胜利纪录。其后，他西征南讨，不遗余力。他为清朝打天下，清朝开国者和他们的子孙不应忘记，更不能一笔勾销！此事由于圣祖处理三藩问题不当，政策上有重大失误，即从根本上损害了三藩的利益，且违背已许下的诺言。圣祖即位时不过是一孩童，对前朝事没有经历，亦无体验，他还不懂得如何珍惜他们的利益，在不损害国家利益的情况下，如何加以保护。吴三桂顽强地维护他的特殊利益，当此利益一旦受到危害，便不惜孤注一掷，铤而走险。不管怎么说，激化成战争、并造成持续八年之久的战乱，圣祖和参与决策的人都不能逃脱责任。后来，圣祖的孙子乾隆颇有点求实精神，他对吴三桂的评价是：功者功之，罪者罪之。
清朝平定吴三桂之乱后，有一金陵人邵为章赴云南楚雄，调查有关吴三桂的事迹，题绝旬于壁上，表达了他的评说，现征引如下，作为结束：百万雄师睥睨间。先朝一胍绝南蛮。擒人即是人擒路，谁道天公不好还。行营历历草凄凄，铜柱摩崖手白题。虎豹无睛威尚在，老军犹说旧平西。
