芜园耕读的平静日子并不长久。1868年2月，吴辛甲因病逝世，仅享年48岁。吴昌硕将父亲归葬故乡鄣吴的缪家坞。
由于父亲的早逝，吴昌硕心境异常凄苦惨痛，自此与他有血缘关系的亲人全部离世，天地间只剩下孑然一身。他更念起祖母严氏、母亲万氏殉难的往事，以至夜不能寐，决定远游。
就在父亲逝世后不久，由于家庭经济压力，吴昌硕料理完父亲后事，便出外寻师访友，离开安吉、来到州府的地方湖州游学谋生。
第二年，26岁的他更是携书箧行囊来到杭州，负笈西湖边、孤山脚下著名的诂经精舍，投名经学大师俞樾门下学习小学和辞章之学。
诂经精舍是乾嘉重臣阮元任浙江巡抚时所创。阮元是清代极博雅的学者大儒，也是很有影响的古文字学家。
阮元确立了以穷经致用、实事求是为要旨的诂经精舍学风，后又有王昶、孙星衍、陈寿祺、俞樾等一代学者来主持精舍，使精舍学风不堕。
这年是俞樾从苏州回到杭州，出任诂经精舍老师并兼管浙江书局的第二年。俞樾，字荫甫，号曲园，湖州府德清县城关乡南埭村人，乃是晚清著名文学家、教育家、书法家。一生孜孜不倦致力教育，辛勤笔耕，著有五百卷学术巨著《春在堂全集》。
吴昌硕和俞樾算是老乡。此时他已届知命之年，经历了多年宦海波澜，正是学问和精力鼎盛的时候。而吴昌硕只有他的一半年纪，来自小地方安吉。
即使如此，俞樾并没有轻看自己的这个年轻学生。俞樾后来还为吴昌硕的印存《篆云轩印存》署端并题词，并对他的金石文字功底非常为嘉许。
俞樾在学术上的成就是多方面的，在经学、史学、诸子学、文字学及音律、训诂、书法等方面都有不凡造诣。他的博采众长的为学态度和活跃的思想，对吴昌硕日后在艺术上的探索应是不无裨益的。
吴昌硕受俞樾的影响，主要是在他治经、子、小学方面。俞樾承高邮王念孙、王引之扬州学派一脉，用汉儒许慎、郑玄治经之道，属于经学正统派。
吴昌硕能精通经学、《说文》，成为篆印的基础，并以篆印、篆书、石鼓文独步天下，这些都是离不开俞樾教诲的。
但是，俞樾治小学，不取商周彝器上的古文字，以为多是后世诈托为之。以为古文字可以辨形体、识通假的，当止于秦汉碑铭。
这种后来被考古证明错误的保守态度对吴昌硕有一定影响。当然这主要是由于时代局限，没有来得及了解接触考古对远古文字的新发现、新看法。
吴昌硕日后对古文字的探索也大致只以石鼓文为界限，这大大限制了他向远古时代探索的脚步，使他的艺术止步于战国秦汉的高古，而得益于原始、上古艺术发轫期的天真质朴不够。这是很可惜的。
俞樾作古文不拘宗派，取径渊博。作诗温和典雅，清新活泼可喜，诗风近白居易或者说袁枚。作为清末浙派诗人的领袖，对吴昌硕有不小影响。
吴昌硕在诂经精舍学习了一年多时间，在1870年冬回到芜园过年，此后留在安吉，在1873年前后又曾回诂经精舍继续求学，后来在杭州、苏州还常向老师请教。
吴昌硕日后正是以在俞樾门下所学辞章和文字训诂为底子，将之与篆刻、书法、绘画融会贯通，自成大家。
诂经精舍的日子为吴昌硕打下了深厚的国学基础。从学俞樾，接触到当时学术的前沿与高峰，得入学问正途，可谓终身受益。
正是在杭州求学的时候，在曲园门下，和各路英才的切磋，才使吴昌硕树立了他的济世大志。
1870年，吴昌硕离开诂经精舍回乡。这主要是因为生活困难，还有家中的继母需要供养。回家后，吴昌硕就在城东面的茅庵寺设私塾课读邻人子弟，并以代人书写为生。此时乡间人称吴昌硕为芗圃先生。
此前的游学时间虽短，却获睹了众多历代名人书画、秦汉彝鼎文字，并由师长、朋友处得获许多深入研究诗、书、篆刻的门径。
此时，吴昌硕虽然只算是个乡村私塾先生，却仍能坚持苦读好学，并勤习书法、篆刻。就在这一年，吴昌硕将自己22到25岁在“朴巢”书斋里4年多来所刻200多方印稿选出103方结集出版，名为《朴巢印存》。
《朴巢印存》是两册线装，其中多是闲章，多是吴昌硕早年字、号、室名印。如此时的别号“芗圃”、“芗圃亦字香补”，还有表明他对梅花不同寻常喜爱的“梅花主人”等。
施旭臣为印存作了序，他在序中说：“汉魏之遗文，钟鼎之奇制，以及古籀之源流，白朱文之区别，莫不各尽其奇，灿然毕备。”
可见印章的类型涉猎很广，非常为不拘一格，有仿汉印的，也有学钟鼎文、古篆籀的。有朱文的，也有白文的。有受浙派西泠诸家影响的，也有受皖派影响的。
虽然《朴巢印存》以转益多师为主，没有形成自己的鲜明风格。但这部日后被誉为“中国印学第一人”吴昌硕的最早印谱、篆刻发轫之作，却仍体现了他早年在篆刻方面的可贵探索。
